Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00237490

Standard Name

RAD54 (Homolog of budding yeast RAD54)

Aliases

PreTt18793 | 20.m00257 | 3706.m00024

Description

SNF2 family N-terminal domain containing protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

• nucleic acid binding (IEA) | GO:0003676
• ATP binding (IEA) | GO:0005524
• helicase activity (IEA) | GO:0004386
• DNA binding (IEA) | GO:0003677

Domains

• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( PF00176 ) SNF2 family N-terminal domain
• ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.3%

TetraMine Data

TTHERM_00237490

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_07944.1	9.997093137033517e-262	SNF2 family domain-containing protein (1016 aa)
DictyBase	DDB_G0282997	3.0008389609965914e-128	rad54 on chromosome: 4 positio n 118731 to 121607
WormBase	WBGene00004298	6.001241942754875e-123	locus:rad-54 status:Partiall y_confirmed UniProt:G5EEN6 protein_id:CAA22254.2
SGD	YGL163C	1.999447289884935e-116	RAD54 DNA-dependent ATPase, st imulates strand exchange by mo difying the topology of double -stranded DNA; involved in the recombinational repair of dou ble-strand breaks in DNA durin g vegetative growth and meiosi s; member of the SWI/SNF famil y
Stentor Coeruleus	SteCoe_19439	3.917469664450395e-64
Oxytricha	Contig12570.0.g36	1.9999167998962255e-60	SNF2 family N-terminal domain

General Information

Paragraph No	Gene Name	Paragraph Text
53	RAD54	In yeast, DNA-dependent ATPase that stimulates strand exchange; modifies the topology of double-stranded DNA; involved in the recombinational repair of double-strand breaks in DNA during vegetative growth and meiosis

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00237490(coding)
ATGTTAAAAAAACCATTCAAACCTCCTGGATCTAAAGATGGTTCAGAAAATACAAGCGGT
TTATCAAAACCATTTTAAAAGCCATTGCTGAAATAAACTATTTCTGCTCCTTCTAACTTA
GAGTCAGCAAAAGCTACTAAGAAAGAAGAGTCAGTTGACTCAAAAGAATAGCCTATTAGT
GATTCAGAAAATTTAAAAGAAAACAAAGAAAAAACTACTCCTGTAATTTAAAATAAACCA
TAGGGCTTATTAGGATTGAAGTCAAAGCCATTCAAACCTTTAGTAAGTAAGTTAGAAGTT
AAAAGTAATACTGATACTAAAACTTAAATGAAACCTAGCTCAACTTTTAGCACAAATCCT
ACAGCAAAAAATTAACCACCATAATAAGAAGAAAAAAATAGTCCTGAAGAATTTTATAAA
TGCTTTTGGTCGAAAGACGTTAAGAAAAAACACAAAGTATTAGATGATGGTATTATAGTA
TTTACTTCTAGTAAAGTATAAATATATAACTCAGATGGAGAAAAAATTTACGATAGCTAC
AAATCAAAACTGTATTGTCCTAATCCAGATAATGGAAACTAATACATAGTAGGTTAATAT
TTTGTTGAGCAGGATGATAAAATATCAAAAGATGATTTCTTAAGTGGAAGATGCTTTGTC
AAGGCCAAAATGACTTATGAAAAAGATTAAACAATCGCCAAAAAAAAAATAGCCCCAATG
AAGAAAAATACATAGTCTGAAGGGCCTAAACCCTCAGATATAGTTGTTCCTGAAAACTCG
TATTTGCTCACTGACCCTTCTAATAAATAACTTTTTCCTGTTTACATCGATGTTTACTTG
AATAATAGCATGAGAATTCATCAAAGATTGGGTGTTAAATTTATGTTTGAGTGTATTTCA
GGCCTTAGAGGACCTGATATTGGTGGTTGCATTTTAGCTGATAGTATGGGTCTCGGTAAG
ACACTTCAAACAATAGCATTAATCTGGACTTTGATAAGAAGAAATCCACATTCAGGAACT
TCACCTTTAATTAGAAAAGTTGTAGTAGTAGCACCAGTAAGTCTATTAGGAAGTTGGAAT
AAAGAAGTAAAAAAATGGCTAGGAGATGCACGTTTAATCCCTAAAATAGCTTTAGGCAAA
AGAGAAACAGTAATCAGAATTTGCAAAGAATTCGCAAGTAGCTCAGCTAAAATGCTTCTA
ATTTCTTACGAGTAATTTAGAATGCATGTAGAGACTTTATCTAATGCTTGTGACCTCTTA
ATTTTCGATGAAGGTCACAGACTCAAAAACATGAATATCAAAACATTTAGATCTTTTAAT
TCAATTAAATGCAATAGGCGTATTATACTAACTGGTACACCACTTCAGAACTCTTTAGAT
GAATTCTACTCTTGTGTTAAGTTTGTTAACCCGAATATCTTTGAAAACGAAAAGTAGTTT
AAATTTGTTTTTTCAGATCCTATTTTGGCAGCTTTAAAAAGTGATGCTTCTGCAGATGCT
GTCGAAAAGGCTGCTGTAAGAAGTAAAGAACTCACTCATATAATCAGTAGATTCGTTTTA
AGAAGAAAGGCTGATATTTTGGAAAAATTATTACCTCCTCGTTCTGAATACTTTATCTTT
TTGAAGCTTACACCTTTTTAAAACATGTTATATAAGAAGATGATATAAGCAAGATATAAT
AAAAGCGAACTTGATACTGGTGAAGGTGCTTTTGGCCTTCTGACTATAATGAGAAAGTTA
CTCAATCACCCTTAGCTTATATACACTGATGTAGGCAACCAAACGTCTTAAGAGTTTAAG
CAATATTTCCCTTAAGATTATCAACTTGATGATTGGGAAGCTTCTTTTAAGTTTAAATTT
ATTTCAGATTTACTAGATTAAATGAGATAGATTGAAATAGCCTAAAAATCAACTGAAAGA
ATAATTATCGTATCTTATTGGACTTAAACTCTTGATGTTCTATAAATTATGATCAAATAA
AAAAATTTAAAATTTGTCCGTCTTGATGGTTCAGTGAATGCACAAAAAAGATAAGAATTG
ATTGATAGATTCTAAGACCCCACTAATGACATCAAAGTTTTCTTGCTTTGTGGTAGTGCA
GGTGGTACAGGTTTAAATCTTAGTGCAGCAAACAGAATGGTTTTAATGGAAGCTAACTGG
AATCCTTCAAACGATTTATAGGTTATGGGAAGAATTTGGAGAGATGGATAAACAAAACCA
GTGCATATTTACAGATTAGTTGCTTGTGGCACTATGGAAGAAAAAGTTCTACAGAGATAG
TTCTTGAAAGAAGACTTAAGTTAAAATGTAGTTGATGAAAAAATGATTGTTAAACAATAT
AATAATGATAAACTAAAATAACTTTTTGAATTTAAGGGAGATAATTAATGTACCAGCTTT
AAAGAAGATGAAAATTAATTAAATTAATTAAAAGAGTTTACTCCTGATTATGTTGATACT
ATGGAGAAATATATAACTTTTGTAAAGAGAACAATTAAGGGAGAAAAGAAAGATTAGGAG
TAAGAGAGTGAAAATGTAATTGATAATGCTTTTGATGAAGGAAATATTTTCTTAAAACCA
GAAGCCTAAAATGAAGATGAAGCTGATGGAGAAGATTCATTAGATGATAAAGAAATTAAT
GAAGAAGAGGAAGAAAAAATAAGAGAAGAATTAACTAAAGACATCTCTGAATCCACAGCA
GCAACAGGAGAGCTAAGCAGAATAATAGAGGAAGATGATAAAAATGTTAAAGAGTGTAAT
GAGAGTGATGATGATTTTGCTATATTTAATTATGCTAAAAAAAAGGATTCAGATAATGAA
TAACCCATAAAAGAAATAAAGAATGAAGATCTTATAGATAACTAAATTGCAGCTGAAAAG
GAGGAAGAATCATAAAATAAAGATAATAAAGAAGCAGATATGCAAGTTGAAGAAAAAGCT
GAAGATGAAGATGAAGTTGTTGTAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGAAGAAAAGCAACTACA
ACAAGTGATACTAATCCAGCCAAAAATATACTTAAAAAATTAAAAAAATGA

>TTHERM_00237490(protein)
MLKKPFKPPGSKDGSENTSGLSKPFQKPLLKQTISAPSNLESAKATKKEESVDSKEQPIS
DSENLKENKEKTTPVIQNKPQGLLGLKSKPFKPLVSKLEVKSNTDTKTQMKPSSTFSTNP
TAKNQPPQQEEKNSPEEFYKCFWSKDVKKKHKVLDDGIIVFTSSKVQIYNSDGEKIYDSY
KSKLYCPNPDNGNQYIVGQYFVEQDDKISKDDFLSGRCFVKAKMTYEKDQTIAKKKIAPM
KKNTQSEGPKPSDIVVPENSYLLTDPSNKQLFPVYIDVYLNNSMRIHQRLGVKFMFECIS
GLRGPDIGGCILADSMGLGKTLQTIALIWTLIRRNPHSGTSPLIRKVVVVAPVSLLGSWN
KEVKKWLGDARLIPKIALGKRETVIRICKEFASSSAKMLLISYEQFRMHVETLSNACDLL
IFDEGHRLKNMNIKTFRSFNSIKCNRRIILTGTPLQNSLDEFYSCVKFVNPNIFENEKQF
KFVFSDPILAALKSDASADAVEKAAVRSKELTHIISRFVLRRKADILEKLLPPRSEYFIF
LKLTPFQNMLYKKMIQARYNKSELDTGEGAFGLLTIMRKLLNHPQLIYTDVGNQTSQEFK
QYFPQDYQLDDWEASFKFKFISDLLDQMRQIEIAQKSTERIIIVSYWTQTLDVLQIMIKQ
KNLKFVRLDGSVNAQKRQELIDRFQDPTNDIKVFLLCGSAGGTGLNLSAANRMVLMEANW
NPSNDLQVMGRIWRDGQTKPVHIYRLVACGTMEEKVLQRQFLKEDLSQNVVDEKMIVKQY
NNDKLKQLFEFKGDNQCTSFKEDENQLNQLKEFTPDYVDTMEKYITFVKRTIKGEKKDQE
QESENVIDNAFDEGNIFLKPEAQNEDEADGEDSLDDKEINEEEEEKIREELTKDISESTA
ATGELSRIIEEDDKNVKECNESDDDFAIFNYAKKKDSDNEQPIKEIKNEDLIDNQIAAEK
EEESQNKDNKEADMQVEEKAEDEDEVVVTKGRRGRRKATTTSDTNPAKNILKKLKK

>TTHERM_00237490(gene)
ATGTTAAAAAAACCATTCAAACCTCCTGGATCTAAAGATGGTTCAGAAAATACAAGCGGT
TTATCAAAACCATTTTAAAAGCCATTGCTGAAATAAACTATTTCTGCTCCTTCTAACTTA
GAGTCAGCAAAAGCTACTAAGAAAGAAGAGTCAGTTGACTCAAAAGAATAGCCTATTAGT
GATTCAGAAAATTTAAAAGAAAACAAAGAAAAAACTACTCCTGTAATTTAAAATAAACCA
TAGGGCTTATTAGGATTGAAGTCAAAGCCATTCAAACCTTTAGTAAGTAAGTTAGAAGTT
AAAAGTAATACTGATACTAAAACTTAAATGAAACCTAGCTCAACTTTTAGCACAAATCCT
ACAGCAAAAAATTAACCACCATAATAAGAAGAAAAAAATAGTCCTGAAGAATTTTATAAA
TGCTTTTGGTCGAAAGACGTTAAGAAAAAACACAAAGTATTAGATGATGGTATTATAGTA
TTTACTTCTAGTAAAGTATAAATATATAACTCAGATGGAGAAAAAATTTACGATAGCTAC
AAATCAAAACTGTATTGTCCTAATCCAGATAATGGAAACTAATACATAGTAGGTTAATAT
TTTGGTAAGCAGAAAGTAATTTAAAGTGATGATTTCAATTGATTTTTTTAATAAAATTTA
GTTGAGCAGGATGATAAAATATCAAAAGATGATTTCTTAAGTGGAAGATGCTTTGTCAAG
GCCAAAATGACTTATGAAAAAGATTAAACAATGTAATTTAGTTTATTTTTAGCTACTCTT
TTGATAAAGATTTCTTACTAAAACTAAAATTTAACTCTTTTTTGTCTAAAATACATTAAA
AGCGCCAAAAAAAAAATAGCCCCAATGAAGAAAAATACATAGTCTGAAGGGCCTAAACCC
TCAGATATAGTTGTTCCTGAAAACTCGTATTTGCTCACTGACCCTTCTAATAAATAACTT
TTTCCTGTTTACATCGATGTTTACTTGAATAATAGCATGAGAATTCATCAAAGATTGGGT
GTTAAATTTATGTTTGAGTGTATTTCAGGCCTTAGAGGACCTGATATTGGTGGTTGCATT
TTAGCTGTAAATTATTAAAATATTATTCAAATAACTAATTAATTGATTTTATAATCAATT
TTAGGATAGTATGGGTCTCGGTAAGACACTTCAAACAATAGCATTAATCTGGACTTTGAT
AAGAAGAAGTAATGCTAAAAATTTATTTTAGGTTATAAATAGTTTATAAAAAAATAATTA
ATTAATTAATAGATCCACATTCAGGAACTTCACCTTTAATTAGAAAAGTTGTAGTAGTAG
CACCAGTAAGTCTATTAGGAAGTTGGAATAAAGAAGTAAAAAAATGGCTAGGAGATGCAC
GTTTAATCCCTAAAATAGCTTTAGGCAAAAGAGAAACAGTATAAAATATATTTAATTTAA
CAAAATTTGATTAAATTAAACTGCTAAATTTAATAAATATTAGGTAATCAGAATTTGCAA
AGAATTCGCAAGTAGCTCAGCTAAAATGCTTCTAATTTCTTACGAGTAATTTAGAATGCA
TGTAGAGACTTTATCTAATGCTTGTGACCTCTTAATTTTCGATGAAGGTCACAGACTCAA
AAACATGAATATCAAAACATTTAGATCTTTTAATTCAATTAAATGCAATAGGCGTATTAT
ACTAACTGGTACACCACTTCAGAACTCTTTAGATGAATTCTACTCTTGTGTTAAGTATAA
ATTATAATATCTTTTTATTATGAACTTAATTTTTTCTAATTAAAGGTTTGTTAACCCGAA
TATCTTTGAAAACGAAAAGTAGTTTAAATTTGTTTTTTCAGATCCTATTTTGGCAGCTTT
AAAAAGTGATGCTTCTGCAGATGCTGTCGAAAAGGCTGCTGTAAGAAGTAAAGAACTCAC
TCATATAATCAGTAGATTCGTTTTAAGAAGAAAGGCTGATATTTTGGAAAAATTATTACC
TCCTCGTTCTGAATACTTTATCTTTTTGAAGCTTACACCTTTTTAAAACATGTTATATAA
GAAGATGATATAAGCAAGATATAATAAAAGCGAACTTGATACTGGTGAAGGTGCTTTTGG
CCTTCTGACTATAATGAGAAAGTTACTCAATCACCCTTAGCTTATATACACTGATGTAGG
CAACGTAAATAAAATAATTATTTTTATATTTGATTAAATTAATAATCTATAATAAAAATA
GCAAACGTCTTAAGAGTTTAAGCAATATTTCCCTTAAGATTATCAACTTGATGATTGGGA
AGCTTCTTTTAAGTTTAAATTTATTTCAGATTTACTAGATTAAATGAGATAGATTGAAAT
AGCCTAAAAATCAACTGAAAGAATAATTATCGTATCTTATTGGACTTAAACTCTTGATGT
TCTATAAATTATGATCAAATAAAAAAATTTAAAATTTGTCCGTCTTGATGGTTCAGTGAA
TGCACAAAAAAGATAAGAATTGATTGATAGGTTAGAAATTTTTTTTGATTTTTCCAATAA
ATAGAAATATTTTCAACAAAAAGATTCTAAGACCCCACTAATGACATCAAAGTTTTCTTG
CTTTGTGGTAGTGCAGGTGGTACAGGTTTAAATCTTAGTGCAGCAAACAGAATGGTTTTA
ATGGAAGCTAACTGGAATCCTTCAAACGATTTATAGGTAATTAATCTTCATTAATTTTAG
AAAAATAAATTTTGGTTTAGTATCAAATTTTCACAGTTTGTATTGAAAAATGTTGTAATA
TTAATGCTTTTTTAATTTAAATTTCCTTTTTTAAATAATTTTTAAATATATTTAATTATC
TTTGGGTGATTTTTATAGATCATTATTGAATTTAATAGAATTATTAATTATATCAAATTT
TATCAATTAAGGTTATGGGAAGAATTTGGAGAGATGGATAAACAAAACCAGTGCATATTT
ACAGATTAGTTGCTTGTGGCACTATGGAAGAAAAAGTTCTACAGAGATAGTTCTTGAAAG
AAGACTTAAGTTAAAATGTAGTTGATGAAAAAATGATTGTTAAACAATATAATAATGATA
AACTAAAATAACTTTTTGAATTTAAGGGAGATAATTAATGTACCAGCTTTAAAGAAGATG
AAAATTAATTAAATTAATTAAAAGAGTTTACTCCTGATTATGTTGATACTATGGAGAAAT
ATATAACTTTTGTAAAGAGAACAATTAAGGGAGAAAAGAAAGATTAGGAGTAAGAGAGTG
AAAATGTAATTGATAATGCTTTTGATGAAGGAAATATTTTCTTAAAACCAGAAGCCTAAA
ATGAAGATGAAGCTGATGGAGAAGATTCATTAGATGATAAAGAAATTAATGAAGAAGAGG
AAGAAAAAATAAGAGAAGAATTAACTAAAGACATCTCTGAATCCACAGCAGCAACAGGAG
AGCTAAGCAGAATAATAGAGGAAGATGATAAAAATGTTAAAGAGTGTAATGAGAGTGATG
ATGATTTTGCTATATTTAATTATGCTAAAAAAAAGGATTCAGATAATGAATAACCCATAA
AAGAAATAAAGAATGAAGATCTTATAGATAACTAAATTGCAGCTGAAAAGGAGGAAGAAT
CATAAAATAAAGATAATAAAGAAGCAGATATGCAAGTTGAAGAAAAAGCTGAAGATGAAG
ATGAAGTTGTTGTAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGAAGAAAAGCAACTACAACAAGTGATA
CTAATCCAGCCAAAAATATACTTAAAAAATTAAAAAAATGA