Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00492460

Standard Name

TKU80 (Tetrahymena KU80 ortholog )

Aliases

PreTt04182 | 61.m00169 | 3711.m00017

Description

Ku70/Ku80 beta-barrel domain containing protein; component of KU heterodimer; repairs non-homologous end breaks in DNA

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• nucleus (IEA) | GO:0005634

Molecular Function

• DNA binding (IEA) | GO:0003677
• ATP-dependent DNA helicase activity (IEA) | GO:0004003

Biological Process

• double-strand break repair via nonhomologous end joining (IEA) | GO:0006303

Domains

• ( PF04212 ) MIT domain
• ( TIGR02772 ) Ku protein
• ( PF08785 ) Ku C terminal domain like
• ( PF02735 ) Ku70/Ku80 beta-barrel domain
• ( PF00092 ) von Willebrand factor type A
• ( PF03731 ) Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain
• ( TIGR00578 ) ATP-dependent DNA helicase ii, 70

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 17%

TetraMine Data

TTHERM_00492460

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_12939.1	9.997093137033517e-262	Ku70/Ku80 beta-barrel domain-c ontaining protein (759 aa)
Oxytricha	Contig9679.0.g87	5.999773492405769e-126	Ku C terminal domain like
DictyBase	DDB_G0286303	2.0006821221283624e-88	ku80 on chromosome: 4 position 4329334 to 4331844
Stentor Coeruleus	SteCoe_28760	5.0345753587649823e-45
SGD	YMR106C	0.00000000030007160092483236	YKU80 Subunit of the telomeric Ku complex (Yku70p-Yku80p), i nvolved in telomere length mai ntenance, structure and telome re position effect; relocates to sites of double-strand clea vage to promote nonhomologous end joining during DSB repair

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:SUPR000167
2. Ref:SUPR000185

Sequences

>TTHERM_00492460(coding)
ATGGCAGGAAAAGAAGCTACTATTATCCTATTAGATATGGGTAGTTCTATGCAATAGTAT
TTAGGTGATAGAGGAACTAATGGTTAAAAAAGAATCGAAATAGCCGTTAATTGCATAAAA
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GGCTTAAAAATGTATTCATTAGCTGTTGACTTTAATCCTCATTGTGAAAGCGGATAAATC
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AACATAACTAAGGCATATCATTATGGAAAATAACTCATTCCTGTTACTTAAGCTTTGGAG
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>TTHERM_00492460(protein)
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>TTHERM_00492460(gene)
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TTAGGTGATAGAGGAACTAATGGTTAAAAAAGAATCGAAATAGCCGTTAATTGCATAAAA
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CTATCATAATTTGAATTTTTTCCCCTTCATTAGAAGCTCTATCCAAACCTCCCCCTTTAG
AATTAACTATAATTTTACTCTGATCTTTTTTTTTTTCAAAATTAATAAATTAGCATTTTA
AAAGTTTTAAAGTATATTAAACACATTTTTTTTAATTTTTCTAGGAGGGCAAGATTTATT
TTTAATTAAGTGTATTAATTGTTTCAAAATATCATTTTTTCATATCAAAAAATTTCAAAA
AATAATTATTTATTTTTCATTTATTTAATAATAGAAATATTCAAAAATTTAATATATTTT
TAAATATTTAAACAGGTTCAAACTAAAATTAATGTTATTGGTTTTGACTTCTTAAAGAAA
TATAATCCTGAAGAAAGCAATACTGATGTGTTGAAAAAAGACGATGCTGCATAAAATACC
AGATAAAATTTAAATTAAAAGCTATTCTCAGTTGTTAAAGATGAATTAGGTGAACAAATT
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AATCTTAGATCAAAGTTTAATGGTGATTTGTAGCTTGCTCCTAATCTCAATATAGCAGTG
CAAATGTTCACAAAAACTTCAGAGGAAAAACTCCCTGGCTTAAAAATGTATTCATTAGCT
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TAAGAAGATCCAAACTTGAATCCTATTGATAAATCTAACATAACTAAGGCATATCATTAT
GGAAAATAACTCATTCCTGTTACTTAAGCTTTGGAGGCTTAAATGAATTATACTTCAAAT
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AATAATGGTGCTCCCAAGCTTTGCGTTTTGACTCCATAAATTGGTAAAGACTATGAATGC
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ATTCCTCCACTTGATCCTAATATCAGAGACTATATAACTCCTGAAAAGAAGGTTTACCCC
AAAGCTGCAGAAGAGTTAAAGAAAATAAAAGAGTCTTTCTAACTTTAAGAGCAAGAAATT
AAAGACGAAATTTCAAAGAAAATTTTTTGGTAATAACTCTTTAATCCTAACTATCAAGTA
CCTGCTGCAAATATTAATGCTCCTCAAGTCTAAATTAAGATGGAAAACGGCTAGATGGAG
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ATTCCTATCTCAAAGAAATTTGCTTTCGACGATTATAACAAAGACGATGTAGTACGCAAG
GTTTCATCAGTATCGCCTGTTGATGATTTCTTCAAGATGATGACAAACAAGCGCGAAGAT
CTCGTTTCTGATGCTATATCACAAATATAAGGTATGATATCTCAGTTAATAGAAACAAGT
ATCCGTGGCTCTTATTATGAAAAAGCTCTTGAATGTATCAAAGCATTTAGAAAAGGTTGT
ACTTCAGAATACGAACAGTTAGAAGCACCCAAATTTAATAATTTCCTTAATACTTTCAAA
GACAAGTTGTTAAAGTCAGATTAAAAAGGATTTTGGAAAATGCTCATATAATAAGGTATA
ACTCTAATTACAGATAAAGAAAGCACAAAATCTAATTTTACCACTAAAGAAGCTCTCTAG
GTAAACAATATTTTAATTACTTTTAACCAGTTTTGGAATTCGCTCAATATTAATCACACA
TTTAATTATAAAGTTAAATTGTAAATTTGCTTATTTTTTAATTATTATTTAATATTAAAA
GTTTTTGCACTAAGAAGAAGATGTCATTTAAAATATACCTGAAGTAAGAAAATAAATCGA
AGATTATGATATCATGGACGAACTAGAATGA