Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00446400

Standard Name

SMC4 (Structural Maintenance of Chromosomes )

Aliases

PreTt03907 | 51.m00273 | 3704.m00129

Description

Condensin subunit

Genome Browser (Macronucleus)

GBrowse

Genome Browser (Micronucleus)

GBrowse

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF01576 ) Myosin tail
  • ( PF06519 ) TolA protein
  • ( PF00435 ) Spectrin repeat
  • ( PF02370 ) M protein repeat
  • ( PF04702 ) Vicilin N terminal region
  • ( TIGR00634 ) DNA repair protein RecN
  • ( PF00769 ) Ezrin/radixin/moesin family
  • ( PF02463 ) RecF/RecN/SMC N terminal domain
  • ( PF06470 ) SMC proteins Flexible Hinge Domain
  • ( TIGR02890 ) sporulation protein, yteA family
  • ( PF08946 ) Osmosensory transporter coiled coil
  • ( PF00005 ) ABC transporter, ATP-binding protein
  • ( TIGR01635 ) phage virion morphogenesis protein
  • ( TIGR02168 ) chromosome segregation protein SMC
  • ( TIGR02169 ) chromosome segregation protein SMC
  • ( PF04508 ) Viral A-type inclusion protein repeat
  • ( TIGR03185 ) DNA sulfur modification protein DndD
  • ( TIGR00255 ) conserved hypothetical protein TIGR00255
  • ( TIGR00157 ) ribosome small subunit-dependent GTPase A
  • ( TIGR00650 ) GTP-binding conserved hypothetical protein

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

TetraMine Data

TTHERM_00446400

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Stentor CoeruleusSteCoe_101640
Tetrahymena borealisEI9_10809.19.997093137033517e-262SMC family domain-containing p
rotein (1358 aa)
SGDYLR086W9.997093137033517e-262SMC4 Subunit of the condensin
complex; reorganizes chromosom
es during cell division; forms
a complex with Smc2p that has
ATP-hydrolyzing and DNA-bindi
ng activity; required for tRNA
gene clustering at the nucleo
lus; potential Cdc28p substrat
e
DictyBaseDDB_G02864038.997196413234262e-140smc4 on chromosome: 4 position
4414331 to 4418910
OxytrichaContig19312.0.g1121.0001366335892501e-125RecF/RecN/SMC N terminal domai
n
WormBaseWBGene000048749.999565105288807e-71locus:smc-4 Structural maint
enance of chromosomes protein
4 status:Partially_confirmed
UniProt:Q20060 protein_id
:CAA86336.1

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:16738332: Cervantes MD, Coyne RS, Xi X, Yao MC (2006) The condensin complex is essential for amitotic segregation of bulk chromosomes, but not nucleoli, in the ciliate Tetrahymena thermophila. Molecular and cellular biology 26(12):4690-700

Sequences

>TTHERM_00446400(coding)
ATGAATTAAGAATCAACTTCAAAAGTATAAGCATAAATGGAAGAAGAAATACCCACTGCT
AAATCAGTTGTTAAACATACTTAAAGTCTGCTCAAAAATTCGGTTCTGAGATAAAATTTA
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ATTTCACTTATGAAGCCTCGTTCTGGAGATCCAGAAAAACCTGGTTTGCTTGAATATTTG
GAAGATATTATAGGTTCTAATTAATTCAAAGAAGATATTGAAAAGAAAGACGAAGAATAT
GAAGTCCTCTAGAATGAAAGAAGAGAAAAGGGAGAAAGAATGAGAATACACGAAGCTGAT
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GAAGATTAGCATACATTGATTAAATAAATTGCTTAAGCTATTTAAGCCATTGAAGCAGGA
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GAACATAATAGATAATATATGGAAAAATAATTCTAATGTCCTAGAGGATCATAGAGATTA
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CATAGAGTAGTCACTAAAAAAGGAGAATTAATTGATGATTCTGGTGTTATGTCTGGTGGT
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GTTGAAAGATATCAAGCAGAATATAGCAGAAACTAATAAGACTTAGAATAAATTAGAGAA
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AAGTAGCTCGAAGCTAAGAAGTTTGATTAATAATTGTAGGAAGATAATGTAACCAGATGC
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TTGCAAGCAGACGTCAACAAAAAAACTGCTAAATTAAAAGACTTAGAAAAAACTTTAAAG
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TAAAAGGCTGGAATTGAAAAAATTATTAAAGATATGAAGGATGCTTTAGAGAAATTAAAA
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GAACATGTTATTGCCAATAACAGAAATACTTACAAAGAAATTACTAAATCATATGATTTC
TTACAATTCATTGATGAAATTGCTGGCTATTAAATTAATGAGAGTGAGGATAAGAAATCT
GATGACCAAAATAATTTAGATAATATTTCTATCCTTGAAGAATCTATCATGCAATCTATG
ATGGATGAAGAGAAAAACACTTAAGATAAAGAGGATGATGAAGAAATTCCAGAAAATAAT
GATAAATAAAATAAAAAAATTAGATCAAGCAAAAACACTAAGAAAATAAGTAGTATTGAT
GTTTATGATGATATTGGTTAAGAATTGATTGAATAACTTGAAAATCACAGAGAATCATTA
AAAATTGAAAAGGCTAAGGCTGAAGAAAAATTAAAGAGCATGACTAACGATGCCAACATC
ACTACTATTACTGAATTTAAAAATAAGTACATTGAATTTAAGTCCAAAAAGGAAGAATTT
GAAAGAGTTAAAAATAGAATCTCAGAGCTTAAAGTAGATATTGATCGTCTTAAAAAAGAA
AGATTTGAAAAATTCATGAGCGGCTTTAACCTTATCTCAGCTAAGCTAAAAGAAACATAT
TAAACATTAACAAATGGTGGTGATGCTGAACTTGAATTAATTGACTCTCTCGATCCTTTC
TCAGATGGTGTTAATTTCACAGTAAGACCTCCTAAAAAATCTTGGAAATAAATCTCAAAG
CTATCAGGTGGTGAAAAGACTTTAAGTTCTCTTTCTTTAGTTTTTGCTTTGCATTATTAC
AAGCCAACTCCATTATACTTTATGGATGAAATCGATGCTGCCTTAGATTTCAAGAATGTA
TCAATTGTTGGTAATTATATCCAAGAAAGAACTAAAAATGCACAATTCATTATTATTTCC
TTAAGAAATAATATGTTTGAGCTTGCCAACAAATTAGTTGGAGTCTACAAAACATACGAT
ACTACTAAAACTATTGCAATCATTCCTGAATTAATTTATTAAAAAATTCAACACTTGAAT
GATGATAAGACTGACACTAATTAAAACTAGAATGAAGATAAAGACAATAAGAGCAACTGA


>TTHERM_00446400(protein)
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>TTHERM_00446400(gene)
AAAAACAATACTCTATTTATAAATATCAAAATTTCGGCAAAAAATAAATATTCAAATCTT
TATTAAGATTAATAAGAAGCAGATTTTTTAATTTTTCAGATTAAGAAGAATATCTATTAA
TAATTTAGATCAAAAAATTTATTATTTAGCGATATTTCAAATCAATTCTATTCTTATTTT
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AATAAAAACATAGACATTAACAAATGGTGGTGATGCTGAACTTGAATTAATTGACTCTCT
CGATCCTTTCTCAGATGGTGTTAATTTCACAGTAAGACCTCCTAAAAAATCTTGGAAATA
AATCTCAAAGCTATCAGGTACATAATTTAAAACATTTTTTAGAAATAAAATTTGATTAAT
AATTAATTAATTGTAAAGGTGGTGAAAAGACTTTAAGTTCTCTTTCTTTAGTTTTTGCTT
TGCATTATTACAAGCCAACTCCATTATACTTTATGGATGAAATCGATGCTGCCTTAGATT
TCAAGAATGTATCAATTGTTGGTAATTATATCCAAGAAAGAACTAAAAATGCACAATTCA
TTATTATTTCCTTAAGAAATAATATGTTTGAGCTTGCCAACAAATTAGTTGGAGTCTACA
AAACATACGATACTACTAAAACTATTGCAATCATTCCTGAATTAATTTATTAAAAAATTC
AACACTTGAATGATGATAAGACTGACACTAATTAAAACTAGAATGAAGATAAAGACAATA
AGAGCAACTGA