Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00446400

Standard Name

SMC4 (Structural Maintenance of Chromosomes )

Aliases

PreTt03907 | 51.m00273 | 3704.m00129

Description

Condensin subunit

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• membrane (IEA) | GO:0016020
• chromosome (IEA) | GO:0005694

Molecular Function

• ATP binding (IEA) | GO:0005524
• protein binding (IEA) | GO:0005515

Biological Process

• chromosome organization (IEA) | GO:0051276

Domains

• ( PF01576 ) Myosin tail
• ( PF06519 ) TolA protein
• ( PF00435 ) Spectrin repeat
• ( PF02370 ) M protein repeat
• ( PF04702 ) Vicilin N terminal region
• ( TIGR00634 ) DNA repair protein RecN
• ( PF00769 ) Ezrin/radixin/moesin family
• ( PF02463 ) RecF/RecN/SMC N terminal domain
• ( PF06470 ) SMC proteins Flexible Hinge Domain
• ( TIGR02890 ) sporulation protein, yteA family
• ( PF08946 ) Osmosensory transporter coiled coil
• ( PF00005 ) ABC transporter, ATP-binding protein
• ( TIGR01635 ) phage virion morphogenesis protein
• ( TIGR02168 ) chromosome segregation protein SMC
• ( TIGR02169 ) chromosome segregation protein SMC
• ( PF04508 ) Viral A-type inclusion protein repeat
• ( TIGR03185 ) DNA sulfur modification protein DndD
• ( TIGR00255 ) conserved hypothetical protein TIGR00255
• ( TIGR00157 ) ribosome small subunit-dependent GTPase A
• ( TIGR00650 ) GTP-binding conserved hypothetical protein

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.2%

TetraMine Data

TTHERM_00446400

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Stentor Coeruleus	SteCoe_10164	0
Tetrahymena borealis	EI9_10809.1	9.997093137033517e-262	SMC family domain-containing p rotein (1358 aa)
SGD	YLR086W	9.997093137033517e-262	SMC4 Subunit of the condensin complex; reorganizes chromosom es during cell division; forms a complex with Smc2p that has ATP-hydrolyzing and DNA-bindi ng activity; required for tRNA gene clustering at the nucleo lus; potential Cdc28p substrat e
DictyBase	DDB_G0286403	8.997196413234262e-140	smc4 on chromosome: 4 position 4414331 to 4418910
Oxytricha	Contig19312.0.g112	1.0001366335892501e-125	RecF/RecN/SMC N terminal domai n
WormBase	WBGene00004874	9.999565105288807e-71	locus:smc-4 Structural maint enance of chromosomes protein 4 status:Partially_confirmed UniProt:Q20060 protein_id :CAA86336.1

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:16738332: Cervantes MD, Coyne RS, Xi X, Yao MC (2006) The condensin complex is essential for amitotic segregation of bulk chromosomes, but not nucleoli, in the ciliate Tetrahymena thermophila. Molecular and cellular biology 26(12):4690-700

Sequences

>TTHERM_00446400(coding)
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GATGACCAAAATAATTTAGATAATATTTCTATCCTTGAAGAATCTATCATGCAATCTATG
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GTTTATGATGATATTGGTTAAGAATTGATTGAATAACTTGAAAATCACAGAGAATCATTA
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TTAAGAAATAATATGTTTGAGCTTGCCAACAAATTAGTTGGAGTCTACAAAACATACGAT
ACTACTAAAACTATTGCAATCATTCCTGAATTAATTTATTAAAAAATTCAACACTTGAAT
GATGATAAGACTGACACTAATTAAAACTAGAATGAAGATAAAGACAATAAGAGCAACTGA

>TTHERM_00446400(protein)
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>TTHERM_00446400(gene)
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CGATCCTTTCTCAGATGGTGTTAATTTCACAGTAAGACCTCCTAAAAAATCTTGGAAATA
AATCTCAAAGCTATCAGGTACATAATTTAAAACATTTTTTAGAAATAAAATTTGATTAAT
AATTAATTAATTGTAAAGGTGGTGAAAAGACTTTAAGTTCTCTTTCTTTAGTTTTTGCTT
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TTATTATTTCCTTAAGAAATAATATGTTTGAGCTTGCCAACAAATTAGTTGGAGTCTACA
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AACACTTGAATGATGATAAGACTGACACTAATTAAAACTAGAATGAAGATAAAGACAATA
AGAGCAACTGA