Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00189400

Standard Name

SEN1 (putative helicase SEN1)

Aliases

PreTt08690 | 15.m00401 | 3697.m00113

Description

SEN1 AAA domain protein; putative helicase required for processing of tRNAs- rRNAs- and small nuclear RNAs

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

• ( PF00580 ) UvrD/REP helicase
• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( TIGR00166 ) ribosomal protein S6
• ( TIGR00376 ) DNA helicase, putative
• ( TIGR02876 ) sporulation protein YqfD
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.9%

TetraMine Data

TTHERM_00189400

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_06264.1	9.997093137033517e-262	hypothetical protein (822 aa)
DictyBase	DDB_G0274399	4.001158060863534e-95	DDB_G0274399 on chromosome: 2 position 4681340 to 4684368
Oxytricha	Contig9372.0.1.g13	9.996907204735647e-62	AAA domain
SGD	YLR430W	3.0014802379878627e-60	SEN1 Presumed helicase require d for RNA polymerase II transc ription termination and proces sing of RNAs; homolog of Senat axin which causes Ataxia-Oculo motor Apraxia 2 and a dominant form of amyotrophic lateral s clerosis
WormBase	WBGene00004880	5.997865882830678e-40	locus:smg-2 Regulator of non sense transcripts 1 status:C onfirmed UniProt:O76512 pr otein_id:CCD73461.1
Stentor Coeruleus	SteCoe_14461	1.185064864233981e-27

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00189400(coding)
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CTTCATTATTATTTGTGCTCTAGGGATTATAACATTAATTTTGATGAATCTATTGACAAC
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TTAGGTATTATTACTGCTTACTCTCGTTAAGTTAAGGAAATAGAAAAAAAAATTAAAGCT
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GAAAAGGATATAATTATATTCTCTACTGTGAGAGCTAGTTAGGTAAATGGAGAAAAAAAT
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AAAGGATTAGCAGAATATTCAATAGAATAAAGAAGTTGTTATAATATGGTTGCCCCATAT
TAAACTTTTGTTAGTAAATTAGAATTACACTTTGATTAATACAAAGTTTATAGGGCAACA
TAGAATTGA

>TTHERM_00189400(protein)
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PEETADKNADQVEQQNTLQQPQMSFTNLANIPLSFNDPEDYVKTFEQHLFSEAKAQIIKA
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LAMPWMQPNYVDWRDSTFDHLHNDFSNFTKTKKYITADQTDKVIPILKAQEEHAPPEKIL
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PLQYQCTRLILIGDHNQLPATIFSKKCEKFNYHQSLFERFEKCKVEVHMLNQQYRMNPII
SKFISQTFYQDKISDAEKINELVGQPEIYQLRLFQPVVFFNVEGNEIFEKSSYKNEEESK
AIVEIYNKLRTTFPNFDLNKLGIITAYSRQVKEIEKKIKAHDKTDKCMVEVHTVDGFQGR
EKDIIIFSTVRASQVNGEKNTKKTIGFLNDRRRMNVSLSRARLCVIVVGDLKQLKFSKLW
KGLAEYSIEQRSCYNMVAPYQTFVSKLELHFDQYKVYRATQN

>TTHERM_00189400(gene)
ATGAGTAATTAGAATCCTAAAGAAGAGATAGAAAAAAAGGATAACAGAATCTTAGATGGT
CTTCATTATTATTTGTGCTCTAGGGATTATAACATTAATTTTGATGAATCTATTGACAAC
ATTAATTTAAATGTAGAAGGAGATGATGAGAATAAAAATAGTGATTTAAATAATATAATT
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AATATTTTATTTCTACATAAATTGCAATCAATTTAAGATTAAAAATTTAATTGATTGTTG
AATTTTAAAATATATTTTATTTTTAATCAATAAAGCCTTCCAAAGTAATATCAGGAGAAC
ATATGTTAGGTGTAGTAGAAAGAGCTGAAGGAAATGAAATTTTAGTCAAAGTAGTTTTTG
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TTTAATTTAATAATATTTTTAGTAACAATATAGAATGAACCCCATTATTAGTAAGTTTAT
TTCTTAAACTTTTTACTAAGACAAAATTTCAGATGCCGAAAAAATTAACGAGCTTGTAGG
TTAACCTGAAATTTATTAGTTAAGACTATTTTAGCCTGTCGTTTTCTTTAACGTTGAAGT
AATTTTTTATATATAAATTAAGATAGGTTAAATTAAAAATCAATTAAAAATTATAGGGTA
ATGAAATATTTGAAAAATCTTCATATAAGAACGAGGAAGAGTCAAAAGCTATTGTTGAAA
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CTGCTTACTCTCGTTAAGTTAAGGAAATAGAAAAAAAAATTAAAGCTCACGATAAAACAG
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TTATATTCTCTACTGTGAGAGCTAGTTAGGTAAATGGAGAAAAAAATACTAAAAAAACTA
TTGGTTTCTTAAATGACAGAAGAAGAATGAATGTCAGTTTAAGTAGAGCAAGATTATGTG
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GTAAATTAGAATTACACTTTGATTAATACAAAGTTTATAGGGCAACATAGAATTGA