Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00189400

Standard Name

SEN1 (putative helicase SEN1)

Aliases

PreTt08690 | 15.m00401 | 3697.m00113

Description

putative helicase required for processing of tRNAs, rRNAs, and small nuclear RNAs

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

• ( PF00580 ) UvrD/REP helicase
• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( TIGR00166 ) ribosomal protein S6
• ( TIGR00376 ) DNA helicase, putative
• ( TIGR02876 ) sporulation protein YqfD
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.9%

TetraMine Data

TTHERM_00189400

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_06264.1	9.997093137033517e-262	hypothetical protein (822 aa)
DictyBase	DDB_G0274399	4.001158060863534e-95	DDB_G0274399 on chromosome: 2 position 4681340 to 4684368
Oxytricha	Contig9372.0.1.g13	9.996907204735647e-62	AAA domain
SGD	YLR430W	3.0014802379878627e-60	SEN1 Presumed helicase require d for RNA polymerase II transc ription termination and proces sing of RNAs; homolog of Senat axin which causes Ataxia-Oculo motor Apraxia 2 and a dominant form of amyotrophic lateral s clerosis
WormBase	WBGene00004880	5.997865882830678e-40	locus:smg-2 Regulator of non sense transcripts 1 status:C onfirmed UniProt:O76512 pr otein_id:CCD73461.1
Stentor Coeruleus	SteCoe_14461	1.185064864233981e-27

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00189400(coding)
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AAAGTAGTTTTTGATGAAAATAGCAGCGACCCACGTAATTAAAAAATACTTAAAGTCATG
TAACAAGATGAAAGCGTTTGGAGAAATTGGTATGTGAAAAAGTTTTGCAGTATAGTTACT
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TCAATTCGTTTAAATTAGATTTATAATCCCTCCCAAATTCAAGCTATTAACTCAACACTA
AAGAAATAAGGTGTTACTTTAATTTAAGGTCCTCCTGGTACAGGTAAAACACGTACTGTG
CTAGGTACTGTTTCAGTGCTTATTAATTCATTTAATGAAGACTAGCTTAAGTAAAAGCAC
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TTAGCTATGCCATGGATGTAGCCTAATTATGTTGATTGGAGAGATAGTACTTTTGATCAC
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AGTAAGTTTATTTCTTAAACTTTTTACTAAGACAAAATTTCAGATGCCGAAAAAATTAAC
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GCTATTGTTGAAATTTATAATAAATTGAGAACTACCTTCCCTAATTTCGATTTGAATAAG
TTAGGTATTATTACTGCTTACTCTCGTTAAGTTAAGGAAATAGAAAAAAAAATTAAAGCT
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GAAAAGGATATAATTATATTCTCTACTGTGAGAGCTAGTTAGGTAAATGGAGAAAAAAAT
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GCAAGATTATGTGTTATAGTTGTGGGTGATCTCAAATAACTTAAATTTTCTAAATTATGG
AAAGGATTAGCAGAATATTCAATAGAATAAAGAAGTTGTTATAATATGGTTGCCCCATAT
TAAACTTTTGTTAGTAAATTAGAATTACACTTTGATTAATACAAAGTTTATAGGGCAACA
TAGAATTGA

>TTHERM_00189400(protein)
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PEETADKNADQVEQQNTLQQPQMSFTNLANIPLSFNDPEDYVKTFEQHLFSEAKAQIIKA
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IQREYEALHNFNDLLLKEFILNPEKLTQKKEEKFSIPEQLSIRLNQIYNPSQIQAINSTL
KKQGVTLIQGPPGTGKTRTVLGTVSVLINSFNEDQLKQKHSMEIEDKSKLVEQSGEFHFE
LAMPWMQPNYVDWRDSTFDHLHNDFSNFTKTKKYITADQTDKVIPILKAQEEHAPPEKIL
ICGPSNAAIDEIVRKMKKEGLLDKNGNIYDPSKIIVRIGENYDKDLEDVSLDYLVKQKLG
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PLQYQCTRLILIGDHNQLPATIFSKKCEKFNYHQSLFERFEKCKVEVHMLNQQYRMNPII
SKFISQTFYQDKISDAEKINELVGQPEIYQLRLFQPVVFFNVEGNEIFEKSSYKNEEESK
AIVEIYNKLRTTFPNFDLNKLGIITAYSRQVKEIEKKIKAHDKTDKCMVEVHTVDGFQGR
EKDIIIFSTVRASQVNGEKNTKKTIGFLNDRRRMNVSLSRARLCVIVVGDLKQLKFSKLW
KGLAEYSIEQRSCYNMVAPYQTFVSKLELHFDQYKVYRATQN

>TTHERM_00189400(gene)
ATGAGTAATTAGAATCCTAAAGAAGAGATAGAAAAAAAGGATAACAGAATCTTAGATGGT
CTTCATTATTATTTGTGCTCTAGGGATTATAACATTAATTTTGATGAATCTATTGACAAC
ATTAATTTAAATGTAGAAGGAGATGATGAGAATAAAAATAGTGATTTAAATAATATAATT
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CAAGTTACAGAAGTAAGTTTACTACAATTAAACAATATAGATTTGTTTTAAAATAAATAT
AAAATGTTTAAAAAAGTCAAGAGCTCCTGAAATTATGAGATTAAAAAACTCTTAGGTAAT
TGCTCTAAAAAATAATTCAGAGCTTTTCTTCAGAAAGCTAACTATGGAGAAAGTTGCTGA
CTCAGAAACAAAATATGGAACTCATGATTTTATAGTTATATCATTACAAGATGTAAATCA
AATATTTTATTTCTACATAAATTGCAATCAATTTAAGATTAAAAATTTAATTGATTGTTG
AATTTTAAAATATATTTTATTTTTAATCAATAAAGCCTTCCAAAGTAATATCAGGAGAAC
ATATGTTAGGTGTAGTAGAAAGAGCTGAAGGAAATGAAATTTTAGTCAAAGTAGTTTTTG
ATGAAAATAGCAGCGACCCACGTAATTAAAAAATACTTAAAGTCATGTAACAAGATGAAA
GCGTTTGGAGAAATTGGTATGTGAAAAAGTTTTGCAGTATAGTTACTATTCAAAGAGAAT
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AGTTTTATGATTTGATTTCGAAGTTATTAAAACTATTTTTATTATCGTAAAGGCTCTACA
CAATTTTAATGATTTGCTTTTAAAAGAGTTCATACTTAATCCTGAAAAGTTAACTCAGAA
GAAAGAAGAGAAGTTTTCTATCCCTGAATAGCTTTCAATTCGTTTAAATTAGATTTATAA
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AGGTCCTCCTGGTACAGGTAAAACACGTACTGTGCTAGGTACTGTTTCAGTGCTTATTAA
TTCATTTAATGAAGACTAGCTTAAGTAAAAGCACTCTATGGAGATTGAAGATAAATCAAA
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TTTAAAAACTAATTAAAATTTTTAAAAATTAGAGCTATGCCATGGATGTAGCCTAATTAT
GTTGATTGGAGAGATAGTACTTTTGATCACTTGCATAATGATTTTTCTAATTTTACTAAA
ACAAAAAAATATATCACTGCTGATTAAACTGATAAAGTCATTCCTATCCTAAAAGCTTAG
GAAGAGCATGCACCCCCTGAAAAAATTTTAATTTGTGGTCCTTCAAATGCAGCTATAGAT
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TTAAAAAATAAATAATTCAACTATTTTGATTTAAATAATATGTTTATTTTCATCAAGAAA
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TTTAATTTAATAATATTTTTAGTAACAATATAGAATGAACCCCATTATTAGTAAGTTTAT
TTCTTAAACTTTTTACTAAGACAAAATTTCAGATGCCGAAAAAATTAACGAGCTTGTAGG
TTAACCTGAAATTTATTAGTTAAGACTATTTTAGCCTGTCGTTTTCTTTAACGTTGAAGT
AATTTTTTATATATAAATTAAGATAGGTTAAATTAAAAATCAATTAAAAATTATAGGGTA
ATGAAATATTTGAAAAATCTTCATATAAGAACGAGGAAGAGTCAAAAGCTATTGTTGAAA
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CTGCTTACTCTCGTTAAGTTAAGGAAATAGAAAAAAAAATTAAAGCTCACGATAAAACAG
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TTATATTCTCTACTGTGAGAGCTAGTTAGGTAAATGGAGAAAAAAATACTAAAAAAACTA
TTGGTTTCTTAAATGACAGAAGAAGAATGAATGTCAGTTTAAGTAGAGCAAGATTATGTG
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