Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00474750

Standard Name

SEC23 (protein transport protein Sec23)

Aliases

PreTt02275 | 57.m00214 | 3709.m00074

Description

Sec23/Sec24 trunk domain containing protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• COPII vesicle coat (IEA) | GO:0030127

Molecular Function

• zinc ion binding (IEA) | GO:0008270
• protein binding (IEA) | GO:0005515

Biological Process

• ER to Golgi vesicle-mediated transport (IEA) | GO:0006888
• intracellular protein transport (IEA) | GO:0006886

Domains

• ( PF00626 ) Gelsolin repeat
• ( PF04810 ) Sec23/Sec24 zinc finger
• ( PF04811 ) Sec23/Sec24 trunk domain
• ( PF04815 ) Sec23/Sec24 helical domain
• ( PF08033 ) Sec23/Sec24 beta-sandwich domain

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.8%

TetraMine Data

TTHERM_00474750

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Stentor Coeruleus	SteCoe_35301	0
Tetrahymena borealis	EI9_13151.1	9.997093137033517e-262	Sec23/Sec24 trunk domain-conta ining protein (751 aa)
Oxytricha	Contig21712.0.g108	9.997093137033517e-262	Sec23/Sec24 trunk domain
SGD	YPR181C	9.997093137033517e-262	SEC23 GTPase-activating protei n, stimulates the GTPase activ ity of Sar1p; component of the Sec23p-Sec24p heterodimer of the COPII vesicle coat, involv ed in ER to Golgi transport
DictyBase	DDB_G0281985	1.0000509032773212e-171	sec23 on chromosome: 3 positio n 5216752 to 5219266
WormBase	WBGene00004754	2.9990837046884738e-127	locus:sec-23 status:Confirme d UniProt:Q9U2Z1 protein_i d:CAB60476.2

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00474750(coding)
ATGATAGATATTTACGAAATAGAGTAAAAAGACGGTGTTAGATGTGTATGGAATAATATA
CCTCCTACTAAACTTGCAGCAACAAGGGCTGTTGTTCCAATTGGTATCCATTACACACCT
TATAAGGAATTAGATCCTAGCAATAGAATGGAATATGAAGCTTTACGTTGCAGATGCCAA
GCAATTTTGAATCCCTACTGCTAAGTTGATTTTAATCAAAAGTTCTGGATTTGCCCTTTT
TGTACTTCCAGAAATCCATTCCCTTAAATTTATCATCAAATTACTCCTTAAAATCTTCCT
GCAGAATTAATGGAAGACTATTCGACTATCGAATATGTTTATTCAAAGGAAAAGCCCGTT
CCAAATATCTTCTTATTAGTTGTTGATGTTAGTTTAGAATAGATTGAATTAGAAGCATTA
AGAGATTCTATTTAGCAATCATTGAATATTATTCCTCCTGATTCATATGTCGGTTTAATT
ACATTCGGAAAGTTTGTTTTTGTTCATGAATTAGGCTTTTAGGAGTGTCCTAAATCATAT
GCATTTAAAGGAAGCAAAGACTATACTACTACATAAGTTTAAGAAATGCTTGGTCTTATT
GCTCCTGGTACTTAGCCAAAGCCTGGAAAAAATATGGACGTTATTAAACGTTTCTTACTT
CCATTGAACGAATGTGAATTTACTTTAAATAGTATTCTTGATGATCTTCAACCTGATCCT
TGGAACGTTCCTTAAGGAGAAAGAGAATAGCGTGCTTCAGGCGTTGCTATCAATGCTGCT
ATCAGCTTAATTGAAGCTTGCCCTATCCCTGGCTCTAGAGTTATGTTCTTCACTGGTGGT
CCTTGCACTATTGGTCCAGGTTAAGTTTTTGGAATCAAGTAAGAGGAAACTCCTCGTTCT
TACTTGGATATCGGCCAAGATAATAGTATTGCTTAATACGTTAAAAAAGCAACTAAATAC
TATCAAACTCTTGCTCTTAGAGCTATAAAAAGCTAGATAACAGTAGATATTTATGGTTTT
TGCCCTGATCAATTTGGTTTGTACGAAATGAAATATATGGCAGAAAAGACTGGAGGTTAC
ATTGTTTTTAATGAAGAATTCAATTCAGATCCTTTCAGAGAAACATTTAGAAAAATATTT
GATAAGGATTAAAATGATGAATTAAGATTTGCATCAGCAGCTAGAATAGATATGTTTGTT
TGCAAGGAAGTTAAGATCTAAGGCGCTTTTGGTTCATGCTCTTCACTAAAGAAGGGTGGC
CCAATGGTTGCTGAAACTCCTATTGGTTAAGGTGGTACCACTCAATGGTATATTGGTGGT
ATGGATAGAAACTCAACATTGACTTTCATGCTAGATTTATCTGCTCACAACAAAGAATAA
AACTAAGCAAAGAGAGCTTTCTTCTAATTCTAAACAACTTACAAATCACCTTCTGGAGAG
ACAAAATTAAGAGTCACAACTTTCTTTAGAAAGTTTGCTGATCCTATAAGTAACTTTGAG
TTAGTTCAAGGTTTTGATTAAGAAGCTGCTTGTGTCTTAATGGCTCGTTTAGGTATTTAA
AAATCTGAATCTGAAGAGCCTATAGAAATTTTAAAATGGCTTGATAGAACCTTAATTAGG
TTTGTAACTCGTTTTGCTGAATATAAGCCAAATATAACTGATTCATTTAAATTACATGAT
AATTTAGCATTGTATCCTTAATTTATGTATCATTTAAGAAGAAGTCACTTCACTTAAATT
TTTGGTTTAAATCCTGATACAATCTCTTATTATCGTTGCACTTTTAATAGAGAAAATGTC
TCTAACTGTTAAGTTATGATTCAACCTGCTATATTCTCTTATTCAATTTAAAATCCAAGT
CCATCTCCTGTTAGTCTCGATGACACAGCTATGAGAAAAGACGTCATTTTATTGCTTGAT
AATTATTTCTAAGTTATTACTTGGTTAGGTCCTCAAATTAAATAATGGAAAGATAAGGAA
TATCATTTGGATCCCACTTATATTTCATTTAAGAACTTGTTAGATTCTCCAATGGAAGAT
GTTAAAGCTATTCTTGAAGATAGATTCCCTACTCCCATTTTTTATGAAACTTACGAAAAT
CATACAAAAGAAAGATATTTAAAATCAAGAATCAATCCTACAGGAAAAAATCAAGACCTT
ATAGATAGTGGTCATACATAAACTGATGATGCCTCATTAAACTAATTTATGGATCATTTA
ATAAAATTAGCTGTTTCCTAACCAAATAGTTGA

>TTHERM_00474750(protein)
MIDIYEIEQKDGVRCVWNNIPPTKLAATRAVVPIGIHYTPYKELDPSNRMEYEALRCRCQ
AILNPYCQVDFNQKFWICPFCTSRNPFPQIYHQITPQNLPAELMEDYSTIEYVYSKEKPV
PNIFLLVVDVSLEQIELEALRDSIQQSLNIIPPDSYVGLITFGKFVFVHELGFQECPKSY
AFKGSKDYTTTQVQEMLGLIAPGTQPKPGKNMDVIKRFLLPLNECEFTLNSILDDLQPDP
WNVPQGEREQRASGVAINAAISLIEACPIPGSRVMFFTGGPCTIGPGQVFGIKQEETPRS
YLDIGQDNSIAQYVKKATKYYQTLALRAIKSQITVDIYGFCPDQFGLYEMKYMAEKTGGY
IVFNEEFNSDPFRETFRKIFDKDQNDELRFASAARIDMFVCKEVKIQGAFGSCSSLKKGG
PMVAETPIGQGGTTQWYIGGMDRNSTLTFMLDLSAHNKEQNQAKRAFFQFQTTYKSPSGE
TKLRVTTFFRKFADPISNFELVQGFDQEAACVLMARLGIQKSESEEPIEILKWLDRTLIR
FVTRFAEYKPNITDSFKLHDNLALYPQFMYHLRRSHFTQIFGLNPDTISYYRCTFNRENV
SNCQVMIQPAIFSYSIQNPSPSPVSLDDTAMRKDVILLLDNYFQVITWLGPQIKQWKDKE
YHLDPTYISFKNLLDSPMEDVKAILEDRFPTPIFYETYENHTKERYLKSRINPTGKNQDL
IDSGHTQTDDASLNQFMDHLIKLAVSQPNS

>TTHERM_00474750(gene)
ATGATAGATATTTACGAAATAGAGTAAAAAGACGGTGTTAGATGTGTATGGAATAATATA
CCTCCTACTAAACTTGCAGCAACAAGGGCTGTTGTTCCAATTGGTATCCATTACACACCT
TATAAGGAATTAGATCCTAGCAATAGAATGGAATATGAAGCTTTACGTTGCAGATGCCAA
GCAATTTTGAATCCCTACTGCTAAGTTGATTTTAATCAAAAGTTCTGGATTTGCCCTTTT
TGTACTTCCAGAAATCCATTCCCTTAAATTTATCATCAAATTACTCCTTAAAATCTTCCT
GCAGAATTAATGGAAGACTATTCGACTATCGAATATGTATAAATATTTTTATTTAAAAAT
TGAATAATAACAGCTTCAAATTGTGAAATTAAACTTCAAGCAAAATAAATTTAAAACTAG
AATAAAATATTTTTCTTAATTTTTGATAAAATATTTAATAAAAAATATGTTTAAATTCTA
TTTTAAAAGAAATTTCTATCTTTTCTTAACAGTTTTTTAAGTTATCATTTAAAAATAAAA
ATAAAGGTTTATTCAAAGGAAAAGCCCGTTCCAAATATCTTCTTATTAGTTGTTGATGTT
AGTTTAGAATAGATTGAATTAGAAGCATTAAGAGATTCTATTTAGCAATCATTGAATATT
ATTCCTCCTGATTCATATGTCGGTTTAATTACATTCGGAAAGTTTGTTTTTGTTCATGAA
TTAGGCTTTTAGGAGTGTCCTAAATCATATGCATTTAAAGGAAGCAAAGACTATACTACT
ACATAAGTTTAAGAAATGCTTGGTCTTATTGCTCCTGGTACTTAGCCAAAGCCTGGAAAA
AATATGGACGTTATTAAACGTTTCTTACTTCCATTGAACGAATGTGAATTTACTTTAAAT
AGTATTCTTGATGATCTTCAACCTGATCCTTGGAACGTTCCTTAAGGAGAAAGAGAATAG
CGTGCTTCAGGCGTTGCTATCAATGCTGCTGTAATTATTTTATATTTTTCAATTATCAAA
TACACTTAAATACTAGCTTTTATTTCAATTAAATGTAAAAATAAGAAAAAAAATGTTTTT
AATAAATTCAAAGAAATATATTAATCTTATTTTAATATTTAATAGATCAGCTTAATTGAA
GCTTGCCCTATCCCTGGCTCTAGAGTTATGTTCTTCACTGGTGGTCCTTGCACTATTGGT
CCAGGTTAAGTTTTTGGAATCAAGTAAGAGGAAACTCCTCGTTCTTACTTGGATATCGGC
CAAGATAATAGTATTGCTTAATACGTTAAAAAAGCAACTAAATACTATCAAACTCTTGCT
CTTAGAGCTATAAAAAGCTAGATAACAGTAGATATTTATGGTTTTTGCCCTGATCAATTT
GGTTTGTACGAAATGAAATATATGGCAGAAAAGACTGGAGGTTACATTGTTTTTAATGAA
GAATTCAATTCAGATCCTTTCAGAGAAACATTTAGAAAAATATTTGATAAGGATTAAAAT
GATGAATTAAGATTTGCATCAGCAGCTAGAATAGATATGTTTGTTTGCAAGGAAGTTAAG
ATCTAAGGCGCTTTTGGTTCATGCTCTTCACTAAAGAAGGGTGGCCCAATGGTTGCTGAA
ACTCCTATTGGTTAAGGTGGTACCACTCAATGGTAATTTTTTTTATGCAATTTAAAATAA
GAAATTAATATTATTTTTTTTAGGTATATTGGTGGTATGGATAGAAACTCAACATTGACT
TTCATGCTAGATTTATCTGCTCACAACAAAGAATAAAACTAAGCAAAGAGAGCTTTCTTC
TAATTCTAAACAACTTACAAATCACCTTCTGGAGAGACAAAATTAAGAGTCACAACTTTC
TTTAGAAAGTTTGCTGATCCTATAAGTAACTTTGAGTTAGTTCAAGGTTTTGATTAAGAA
GCTGCTTGTGTCTTAATGGCTCGTTTAGGTATTTAAAAATCTGAATCTGAAGAGCCTATA
GAAATTTTAAAATGGCTTGATAGAACCTTAATTAGGTTTGTAACTCGTTTTGCTGAATAT
AAGCCAAATATAACTGATTCATTTAAATTACATGATAATTTAGCATTGTATCCTTAATTT
ATGTATCATTTAAGAAGAAGTCACTTCACTTAAATTTTTGGTTTAAATCCTGATACAATC
TCTTATTATCGTTGCACTTTTAATAGAGAAAATGTCTCTAACTGTTAAGTTATGATTCAA
CCTGCTATATTCTCTTATTCAATTTAAAATCCAAGTCCATCTCCTGTTAGTCTCGATGAC
ACAGCTATGAGAAAAGACGTCATTTTATTGCTTGATAATTATTTCTAAGTTATTACTTGG
TTAGGTCCTCAAATTAAATAATGGAAAGATAAGGAATATCATGTAAATAATTTAATAAAA
AATTCAAAAAATATTTATAAATTTTATTTTTAAATTAGTTGGATCCCACTTATATTTCAT
TTAAGAACTTGTTAGATTCTCCAATGGAAGATGTTAAAGCTATTCTTGAAGATAGATTCC
CTACTCCCATTTTTTATGAAACTTACGAAAATCATACAAAAGAAAGATATTTAAAATCAA
GAATCAATCCTACAGGAAAAAATCAAGACCTTATAGATAGTGGTCATACATAAACTGATG
ATGCCTCATTAAACTAATTTATGGATCATTTAATAAAATTAGCTGTTTCCTAACCAAATA
GTTGA