Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00023990

Standard Name

RRM63 (RNA recognition motif-containing protein 65)

Aliases

PreTt12012 | 1.m01060

Description

RRM63 splicing factor protein; Splicing factor 3B subunit 4

Genome Browser (Macronucleus)

GBrowse

Genome Browser (Micronucleus)

GBrowse

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

  • ( PF08199 ) Bacteriophage E2-like protein
  • ( TIGR01661 ) ELAV/HuD family splicing factor
  • ( TIGR01622 ) splicing factor, CC1-like family
  • ( TIGR01659 ) sex-lethal family splicing factor
  • ( PF00076 ) RNA recognition motif. (a.k.a. RRM,
  • ( TIGR01628 ) polyadenylate binding protein, human types

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.2%

TetraMine Data

TTHERM_00023990

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Tetrahymena borealisEI9_13866.13.999324360634196e-166splicing factor 3B subunit 4 (
326 aa)
OxytrichaContig15452.0.g396.001435805040647e-94RNA recognition motif_ (a_k_a_
RRM, RBD, or RNP domain)
WormBaseWBGene000047238.995576032080571e-85locus:sap-49 Splicing factor
3B subunit 4 status:Confirm
ed UniProt:Q09442 protein_
id:CAB60993.2
DictyBaseDDB_G02677141.0004249259458435e-52sf3b4 on chromosome: 1 positio
n 676187 to 677352
Stentor CoeruleusSteCoe_1834.0795586671775603e-41
SGDYOR319W4.001714826231863e-32HSH49 U2-snRNP associated spli
cing factor with similarity to
the mammalian splicing factor
SAP49; proposed to function a
s a U2-snRNP assembly factor a
long with Hsh155p and binding
partner Cus1p; contains two RN
A recognition motifs (RRM)

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00023990(coding)
ATGCTTACTTTTTTAAGACTGATGAATTTTAATATATCAGAAAGAAATTCTGATGCCACT
CTCTATGTAGGTGGTTTAGATTAGAAAGTCACTTAAGAAGTTTTATGGGAATTATTTTCT
TAATGCGGTATAGTAATCAACGTACATTTACCTAGAGATAAAATCACTGGAGAGCATTAG
GGTTATGGATTCGTTGAATATAAAACAGAAGAAGATGCAGATTATGCTATCAAAATTTTG
CATTTAATTAAGTTGTATGGAAAACCTATAAAAGTAAACAAAGCATCCTAAGATAAAAGA
ACCTAGGAAGTTGGTGCTAATATATTTATTGGAAATTTAGATCCTTCAGTTACAGAGATG
TAGTTATAGGAAACATTTTCTACTTTTGGTCTCATCATTGGCCGTAGAATTGTTCGTGAT
TCTGACAATAACTAATCTAAAGGGTATGCTTTTATTTCTTATGATAATTTCGAATCCTCT
GATAATGCTATATCTGCAATGAACGGTTAATATTATGGAAGTTAAAAAATTAGTGTTTAA
TATGCCTTTAAGAAAGACTCTAAAGGAGAAAGACATGGTTCTGCTGCAGAAAGACTTCTT
GCTGCAAACAGACCTCAACCTTTGTAGTCAGGTATGGGTATGAACGCACCTGCCCCTCTT
GTCCCAAGCAACAAGGGTATCAATAGATCATCGATTCCTATGGCAGAAGGATTAATATAG
CCTAATCCTATTGTTCCTCAAAATGCATATGCTTAACCTCCTAACTTTGCTCCTCCTATG
CCAGGTTATAACATGCCCCCAAATATGCCACCTAACATGCCTCCTCCTCCAATGTATATG
CCTCAATAAATGCCCCCTGGTTATCCTCCTCTTCCTCCAAATATGCCCCCTCCTCCTATG
GGTATGCCTCCTCTTCCTCCAGGTTAGTACATGCCTCCTCCTCCAGGTTTTATGCCTCCA
AACATGCCAAACTTGCCAATACCCCCAAGACTTAATTGA


>TTHERM_00023990(protein)
MLTFLRLMNFNISERNSDATLYVGGLDQKVTQEVLWELFSQCGIVINVHLPRDKITGEHQ
GYGFVEYKTEEDADYAIKILHLIKLYGKPIKVNKASQDKRTQEVGANIFIGNLDPSVTEM
QLQETFSTFGLIIGRRIVRDSDNNQSKGYAFISYDNFESSDNAISAMNGQYYGSQKISVQ
YAFKKDSKGERHGSAAERLLAANRPQPLQSGMGMNAPAPLVPSNKGINRSSIPMAEGLIQ
PNPIVPQNAYAQPPNFAPPMPGYNMPPNMPPNMPPPPMYMPQQMPPGYPPLPPNMPPPPM
GMPPLPPGQYMPPPPGFMPPNMPNLPIPPRLN


>TTHERM_00023990(gene)
ATGCTTACTTTTTTAAGACTGGTAAAAGTAATAGCTTTCTATATCATACTCTTTTTTTTA
TTTAATAATCAGATTCTTTTTTTTTGATTTATTATTAATTAAAAGGGTATTTCTTAATTC
CTCTTAAGCAGAATTTGTGAGAAAAATTAATTCATAATTTTTATATGTACAAAAAATTAA
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GGATGGATTTACTATAATAATGAAAGAAAAAAGAAAGAAAAATCTGAACAATACTTTGAT
TTATTTATTCACTCATTAATTTTGCTCTTCATTCATAGAATTATTTTAATTATTATTTTA
AATTTTATATCCTTTTATCTGAAATATTCTTCTATTTTGTAAGTAACTATTTTCTTCTTA
ATTCTAGTCACTTGTAAAATTATTTGACTGCTACTATATTTATTGATTATTATTATTTTC
ATAATTTAAGGTATTTAAATTTTATTAAATCTAATTTTAATTATGTTATACATTAGGAAC
AAATTATTATTGCTAAGTATTCTACTAAATATTTTAATTATTATTCACATTAAAAGCTCC
TTAAAGGTTAAAACTATTAAAAGAAATTTAACCATTCTACTAATTTGTATTAACATTTTA
GGTCATTTAAATGTTATTTTATAACTCAAACTTTTGTTAATTTAAATGGAGAGGATTGTT
TATTGATTATTAGACTTAAATATTAGATTATCTTCCTATTTATTCTAAAATTTATTGTTG
TTAATTCTATTTTTCTTATATTTTATTCAGTTTATCCTGTAGAAAAACCTCTAATTTCTA
CAACTCAATAGTCTTTAAATTATTGTTTTCTTACAAGCAAAACTATACTATTTCATTTAT
CATATCTTTCTGTCCTTTTGCATACGCCTCTTTGTACTGCTAGTTTGCCGAGTTAAATAA
ATTTGCTAGCATTTTAGCAGCTTGTGAAAAATTATTTTTTAAATCCTATTAGTTCATTTA
TTTATTAATAAAAAGTTTCTACCAGAACCTACTAATTTTTGTTAATATCTAATCTTATAA
TTTACAAAGAATTTATCAAACTAACAAATAAATTTTCTAAGGAGAATTTAGGATTTATTT
ATATAAAAAATAAAATAAATCTAGCATTAATGTTAGAAGTAACCATAATTAATTCTTAAG
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TAAAAAGCTTTAACAAATATTTGTGTAAAGTATCAAAAAAAAAAATACAATTTTAAGTTA
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TATTTGCGATTTAAATTTTGCAAATATCTTAAAAAAAGATTGAATTACTTATTAATTAAT
TATTTAATTTATTAAGATATCTTTGCAAAAACAAACATATTATTTAATTAATTAAATAAG
TAGCAATATAATATTAATTTATCTTAGTCACTTACTTATATTTAATTTAAAGATGAATTT
TAATATATCAGAAAGAAATTCTGATGCCACTCTCTATGTAGGTGGTTTAGATTAGAAAGT
CACTTAAGAAGTTTTATGGGAATTATTTTCTTAATGCGGTATAGTAATCAACGTACATTT
ACCTAGAGATAAAATCACTGGAGAGCATTAGGTAATTGCAGATATATTTAATTTTTATTA
GCTTAAAATGTCATTGAAACTTTTAAATTCAAGCAAAATTTATAAAATAAACTTAAAAGC
ATTCAATAATTATTATTTTAGCATGTTAAAGTATAATGAAAAGTTAAGAAACCATCAATA
ATTAAGATAATTTAAGATAGAAATGATATCATTTATTTAAACTTTTGTTAGAAATTAGTT
CAAGCTTCAAAAATGCATAATTGAATTCAAGGAATATTTACAATTCTATAAAAAATAAAC
ACTTTAAAGAAAGCCTATTAAGAATATAAAATATAATTTTAGCTATCATAATATCAGCAT
TTTCATTTTCAATTTTAGATTTTGCTTTTATTTAAAAAGTTATTTTAAAAATTATCGAAT
AGACGCTGTTTCTTATATAAATTAAATTGAAATCTAATTATGTTATGCAATGCTAAAATT
GAAAATAAATAAAAAATAATAGATATATTAATCAAATATTTTTATATAAATCAAATTAAC
AATTATTTTATTTTTTTTAAAAGGGTTATGGATTCGTTGAATATAAAACAGAAGAAGATG
CAGATTATGCTATCAAAATTTTGCATTTAATTAAGTTGTATGGAAAACCTATAAAAGTAA
ACAAAGCATCCTAAGATAAAAGAACCTAGGAAGTTGGTGCTAATATATTTATTGGAAATT
TAGATCCTTCAGTTACAGAGATGTAGTTATAGGAAACATTTTCTACTTTTGGTCTCATCA
TTGGCCGTAGAGTAATAAATAATTCAAATATATAAATAAGACACTAAGTTACTATTTTTA
TCAAAAATCTAAAATCATCAAGCTGTATAATTCTTCTCTAAAAGATTGCTTAGCAAATAG
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AAATGATTTTTGCACATGCCTTTATTTTCATTTGAGGAGTAGGAATAAAATAATTAATTC
TAAATTTAAAGCAATAATATCTAAATTTTTAAATAGTCTCAAAAGCAATTTACTTGCCAT
AAAAGATGATTTAAATAAAATCAAGTTGAAATTCTTTGAATAATTCACACTCTTACCAAT
AAAATAATATTAAATTTTACTTAAATCATTTTTATAAACACAACAATTACTTATGTTGAA
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CTTTCTATACTTTAGAGGAAATCAAGAAATATTTATTTATTTTATTTTATTAGAGAAATA
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AATCCTCTGATAATGCTATATCTGCAATGAACGGTAAATAAATCTGATTTTATACTGTGA
ATATTTATAAACTTTAAAATTTTTAATTAGGTTAATATTATGGAAGTTAAAAAATTAGTG
TTTAATATGCCTTTAAGAAAGACTCTAAAGGAGAAAGACATGGTTCTGCTGCAGGTAAAA
TTAACTAAATACATTTAATTTTAAAAAACTTTTTTGCAATTGCTTCTTAATTTAATGAGT
TTTTTAACAACCAAATTTTAATTTAATAGAAAGACTTCTTGCTGCAAACAGACCTCAACC
TTTGTAGTCAGGTATGGGTATGAACGCACCTGCCCCTCTTGTCCCAAGCAACAAGGGTAT
CAATAGATCATCGATTCCGTAAATAAAAAATATATCATAATTTAGATTTTTAATTTTTAA
AGATTAAAATAAATTTTTTTATTTTTAAACAAATAGTATGGCAGAAGGATTAATATAGCC
TAATCCTATTGTTCCTCAAAATGCATATGCTTAACCTCCTAACTTTGCTCCTCCTATGCC
AGGTTATAACATGCCCCCAAATATGCCACCTAACATGCCTCCTCCTCCAATGTATATGCC
TCAATAAATGCCCCCTGGTTATCCTCCTCTTCCTCCAAATATGCCCCCTCCTCCTATGGG
TATGCCTCCTCTTCCTCCAGGTTAGTACATGCCTCCTCCTCCAGGTTTTATGCGTAATAA
AATGAAATTATTTAGCTATTTAACAAATATAAATTTTTTTTGAATAAATAAATAGCTCCA
AACATGCCAAACTTGCCAATACCCCCAAGACTTAATTGA