Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00421020

Standard Name

RRM20 (RNA Recognition Motif-containing protein 20)

Aliases

PreTt07227 | 46.m00282 | 3679.m00132

Description

RRM20 RNA recognition motif protein

Genome Browser (Macronucleus)

GBrowse

Genome Browser (Micronucleus)

GBrowse

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Domains

  • ( PF00397 ) WW domain
  • ( TIGR01661 ) ELAV/HuD family splicing factor
  • ( TIGR01622 ) splicing factor, CC1-like family
  • ( TIGR01648 ) hnRNP-R, Q splicing factor family
  • ( TIGR01659 ) sex-lethal family splicing factor
  • ( PF00076 ) RNA recognition motif. (a.k.a. RRM,
  • ( TIGR01628 ) polyadenylate binding protein, human types

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.4%

TetraMine Data

TTHERM_00421020

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Tetrahymena borealisEI9_10972.19.997093137033517e-262hypothetical protein (797 aa)
WormBaseWBGene000068079.99967697349061e-30locus:unc-75 status:Confirme
d UniProt:G5EE68 protein_i
d:CAB03896.4
DictyBaseDDB_G02914867.002116201343823e-26DDB_G0291486 on chromosome: 6
position 413873 to 415521
OxytrichaContig18677.0.g102.000769134519826e-18RNA recognition motif_ (a_k_a_
RRM, RBD, or RNP domain)
SGDYGR250C0.000000000003998907168546896YGR250C Putative RNA binding p
rotein; localizes to stress gr
anules induced by glucose depr
ivation; interacts with Rbg1p
in a two-hybrid
Stentor CoeruleusSteCoe_102590.00000000003775134544279098

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00421020(coding)
ATGCAATTTTAACAATATTCAAGTTCCAGTAGCAAATCAAATAAATTGGGAGGTCAGTAA
TACTATCATCAAGAAAAGCATTATAAAAACGCTGAATAAGAAGATTCTAATTCCTCTCTT
GAAAACAAATCAAAAGGCGGCTAAAAATATAAAAGAAAATAAGTTGAAATAAAGCTATTT
GTAGGCCAAATCCCTAAAACATGGGAAGAGAATGATTTGAAAACATTTTTTGAGAAGTAT
GGTGAAATTGTGAAAGTTTAAGTAATCAGAGACAAAAATAATTAGCACAAAGGGTGTGCT
TTTGTTGTTTTTGCCTCTATTTTATGCGCCAATATTGCAATTGAAGCTCTCAAAGCAACT
AAATTGCCTGGAATGTAAAACAACATACAGGTTAAGTGGGCTGATAATGAGCCTGATAGG
CTAGGAATCAGACAAGACCAAGACTATGTCTTATATGTAGCTCATATTCCTAAAAATGCA
TCAGAGCCTGAAATAAGAAATGTTTTTGAAAACTATGGAATTGTTAAAGAAGTTGATATC
CCTAAAGATTAATCTGGAACAAGCAGAGGATTTGTTTTTGTGAAATTTGAAAATATTGAA
CAAGCTATTTTAGCCAAATAGGCTCTCCATGAAAAATAAGTTTTAAATAATCAAACACAG
TCCTTAGTGGTCAAGTTTTATGATCCTAAAAAGAAATAAACTCAAGGAAATTAAGGACCA
TAGTAAGGTCAATCTGGCAATTCTTCAAACAATTACAACAACAATGGACAGGGATAGCCT
CATCACTCAAATAGGGATAACTAAGGACAGTCTAATTATTATCCATCTTCTTCATAGCCT
TAAATGTACTCATAAGGTTAATAGCCTAACCAAAGAAACTCTGACAATTATAATTACCAA
AGAGAATAGCACTCTAATTATAACTAAGGAAGCTAGTCATAAGGATATAGAGGAGGATAA
GGAAATTATCACGGGCATCATGAAAGCAAAGGGTCCTATAACTAAAATAATTAAAATTAC
CCAAGAGAAAGTGCCAATTTAAACAACAGTGAACATTATGATTAGCCAAGCTAGTCGTTC
GATAGCTTCTAAAGTCACTCTTCTAATTTTAGAGAGTAATATGGCAATCAAAATCTCCAA
TAATCATAACATAATAACGGTTATCCTCACCATAATCGTAACAACAACAGCAACAACAAT
AACAGTAATAATAGCAGCAACAATAACTTTTAGTATAGCAGTAGCTACCCCTCTAATTAG
CCTGCTGGAAATAATTTGAGCAATTAGCAATTTAATTAAACTTATAATAACAGCAACTAG
AGTAATGACTATAACTACCAAAACCCTTAGTAAAACGACTATGTTCCTCCACCACAAGGA
CAAAATAACTTTTAGTTTAATGATTATTAACAGCAGCATCACAGTAATAATAATGGACCT
GTTCCAAATAGTGCTAATAATAATTAAATTTAATAGTTTAATCCATACTATAATAACGAA
AATTTTGATAACTATAACAATCCTTAGATTCACAACGAATAGCCCAGCTTTACTCCAAAT
TAACCTCCATAATAAATACCTTAACATGAAATAAATTAACCTCCATTATTCAATATGCCA
TAATAATAACAACAACCAATAAACCCATAGCCTTCATTAGACATTTCTTAGCCTAGTAGT
GGTTACTAAGAGCCAATCCCTGCTGTAGAACCTAATTAATAGCCAATTTAACAAAAAGCC
TATATTAAGTATTACACTGATGACAAAGTCCCTTATTACTATGATACTCAAACTTAATCT
ACATCATATGACTAACCTCCTTTAGGATCGATAATATATAATCCAGATGGAACACAAGAA
CATGTATAACCAGAAAGCATCGAACAACTGCAAAAATTTTAACAAGAAACAGGATTAGCA
GAAAATAAAGAACTTGAAATTTTATCCTAAAAAACAACAGGACCTCCAGGAGCTAATTTA
TTCATTTTCCATCTTCCAAACGACTACCGTGATTCAGATCTTTTAAGACTCTTCAAAAAA
TTCGGTGATTTGCTCTCCGCAAGAGTTATCACACGTCCTGATGGTTCTAGCAAAGGCTAT
GGTTTTGTAAGTTATACAAGCCCAGATGGTGCTCAACAAGCTATACAGTAAATGAATGGC
CTATAAGTTGGAAGTAAATAAAAATTAAAGTATGAGTTTTAAATTAAATATAATTTACAT
TAAATAGAGAAAAAGCTAAAAGTAGAAGTAAAAAAAGGTCAAGGTGATGGAGATTTACCA
CCTAGTCTTAGTTAAAATGGATATTAACCCTTTTGA


>TTHERM_00421020(protein)
MQFQQYSSSSSKSNKLGGQQYYHQEKHYKNAEQEDSNSSLENKSKGGQKYKRKQVEIKLF
VGQIPKTWEENDLKTFFEKYGEIVKVQVIRDKNNQHKGCAFVVFASILCANIAIEALKAT
KLPGMQNNIQVKWADNEPDRLGIRQDQDYVLYVAHIPKNASEPEIRNVFENYGIVKEVDI
PKDQSGTSRGFVFVKFENIEQAILAKQALHEKQVLNNQTQSLVVKFYDPKKKQTQGNQGP
QQGQSGNSSNNYNNNGQGQPHHSNRDNQGQSNYYPSSSQPQMYSQGQQPNQRNSDNYNYQ
REQHSNYNQGSQSQGYRGGQGNYHGHHESKGSYNQNNQNYPRESANLNNSEHYDQPSQSF
DSFQSHSSNFREQYGNQNLQQSQHNNGYPHHNRNNNSNNNNSNNSSNNNFQYSSSYPSNQ
PAGNNLSNQQFNQTYNNSNQSNDYNYQNPQQNDYVPPPQGQNNFQFNDYQQQHHSNNNGP
VPNSANNNQIQQFNPYYNNENFDNYNNPQIHNEQPSFTPNQPPQQIPQHEINQPPLFNMP
QQQQQPINPQPSLDISQPSSGYQEPIPAVEPNQQPIQQKAYIKYYTDDKVPYYYDTQTQS
TSYDQPPLGSIIYNPDGTQEHVQPESIEQLQKFQQETGLAENKELEILSQKTTGPPGANL
FIFHLPNDYRDSDLLRLFKKFGDLLSARVITRPDGSSKGYGFVSYTSPDGAQQAIQQMNG
LQVGSKQKLKYEFQIKYNLHQIEKKLKVEVKKGQGDGDLPPSLSQNGYQPF


>TTHERM_00421020(gene)
ATGCAATTTTAACAATGTGAAATTTGATTTAATCTTCATTACAATAATGAGGATATTATT
TTACATGCAAACATTTTTTATGAACGATTTTAACTTATTATTCAACCTAACCTTCCTTTT
CTATTATTTGTACAATTCTTAGATTCAAGTTCCAGTAGCAAATCAAATAAATTGGGAGGT
CAGTAATACTATCATCAAGAAAAGCATTATAAAAACGCTGAATAAGAAGATTCTAATTCC
TCTCTTGAAAACAAATCAAAAGGCGGCTAAAAATATGTGCGAAACAATCATATAATTTAT
TTATTTATTTGCATATTTTATGAAAGTATCTGCAAGAGATTGATAAACAATTTCAAAATT
CTCAAAAAAAAAAAAATAAACTCATTTGAGAAATTATTAAAACTTAGAAAGCAGATACCA
AAAAAATTTGATGCACAAGCTCATAGACTATAATAATATATTGATGTATTTTTCTTTTAA
ATATAGAAAAGAAAATAAGTTGAAATAAAGCTATTTGTAGGCCAAATCCCTAAAACATGG
TATCATTTTCTTTTTGCATTTCTATTTTATATTTTTATGTAGGATGACACTACTAACTAA
CCTTGGGTGATGCTGCAAAAAATTAAGATTAAGAAAGAATACATTTCATTTCATTACATG
CATGAATCAATCAATCAATAACTTATTTTTAATTATAATCAAAAATAAATAACACAAAAT
TTATTTCATTTGCTCTATTAATAAAATATGTATAAAATTTTATTAATAGACACATATAAA
CAATTAATATTTAATCAAATTCTGTACTGCACCTTTTTTACAGTTTAATTAAATTTTGAT
TCTTTCTCTTGTTTTTTTTGAAAGCTATCACCCTAGCAAATAAATTTTCATTTATAATTA
ATTATTTTTTGATCTTTCTTTCTTACTTACTTACATTTATTTTGTTTGTAAACTTAAAAA
ATTTCATTTATATTTGATTTAAGGGAAGAGAATGATTTGAAAACATTTTTTGAGAAGTAT
GGTGAAATTGTGAAAGTTTAAGTAATCAGAGACAAAAATAATTAGCACAAAGGGTGTGCT
TTTGTTGTTTTTGCCTCTATTTTATGCGCCAATATTGCAATTGAAGCTCTCAAAGCAACT
AAATTGCCTGGAGTATATTTGAAATTATATATAAATATATATACATATACATTTTTTCAA
CCAATATTTTGTGAAAGAATAAATTCTATTGTTGAATGGCAAACCCATTTTCTATCAACA
TTTATTGAAATTATGTTTTCAATAAATTAATTCATTCACTCATTAACTGTTTATTTATTT
AAAATCCCATTTTTTTCAAAGGTTTGTAGGCAAACAATTTTTTTTTCAATTGTTTATTGA
AAATCCAATTTTGTTTATATTTTTTTTATGGGCTTTTCGTTTTTTGTTTGTCAAGTTTTA
TTTGAAACTTACACACCAACCAACAATAAAAATGTTTTAATCCTTTTTAAGATGTAAAAC
AACATACAGGTTAAGTGGGCTGATAATGAGCCTGATAGGCTAGGAATCAGACAAGACCAA
GACTATGTCTTATATGTAGCTCATATTCCTAAAAATGCATCAGAGGTGAGCTATTTATTT
TTTCAAACTTTGAATTTATGCTCTATCTATTTTAAAAATAAATCAAGTGATATTTTTTAC
ATTTATATAATACTAGCCTGAAATAAGAAATGTTTTTGAAAACTATGGAATTGTTAAAGA
AGTTGATATCCCTAAAGATTAATCTGGAACAAGCAGAGGATTTGTTTTTGTGAAATTTGA
AAATATTGAACAAGCTATTTTAGCCAAATAGGCTCTCCATGAAAAATAAGTTTTAAATAA
TCAAACACAGTCCTTAGTGGTCAAGTTTTATGATCCTAAAAAGAAATAAACTCAAGGAAA
TTAAGGACCATAGTAAGGTCAATCTGGCAATTCTTCAAACAGTAAATGCTTTTTTTTTTT
AAAGAGATAAATAAAATATATTATTTAAAAAAAATAGATTACAACAACAATGGACAGGGA
TAGCCTCATCACTCAAATAGGGATAACTAAGGACAGTCTAATTATTATCCATCTTCTTCA
TAGCCTTAAATGTACTCATAAGGTTAATAGCCTAACCAAAGAAACTCTGACAATTATAAT
TACCAAAGAGAATAGCACTCTAATTATAACTAAGGAAGCTAGTCATAAGGATATAGAGGA
GGATAAGGAAATTATCACGGGCATCATGAAAGCAAAGGGTCCTATAACTAAAATAATTAA
AATTACCCAAGAGAAAGTGCCAATTTAAACAACAGTGAACATTATGATTAGCCAAGCTAG
TCGTTCGATAGCTTCTAAAGTCACTCTTCTAATTTTAGAGAGTAATATGGCAATCAAAAT
CTCCAATAATCATAACATAAGTAAATTTTTTATTTTTATTTTTAACTTGTAAAAAGTATT
TAAGTATTTTCATTTTTAATTAGTAACGGTTATCCTCACCATAATCGTAACAACAACAGC
AACAACAATAACAGTAATAATAGCAGCAACAATAACTTTTAGTATAGCAGTAGCTACCCC
TCTAATTAGCCTGCTGGAAATAATTTGAGCAATTAGCAATTTAATTAAACTTATAATAAC
AGCAACTAGAGTAATGACTATAACTACCAAAACCCTTAGTAAAACGACTATGTTCCTCCA
CCACAAGGACAAAATAACTTTTAGTTTAATGATTATTAACAGCAGCATCACAGTAATAAT
AATGGACCTGTTCCAAATAGTGCTAATAATAATTAAATTTAATAGTTTAATCCATACTAT
AATAACGAAAATTTTGATAACTATAACAATCCTTAGATTCACAACGAATAGCCCAGCTTT
ACTCCAAATTAACCTCCATAATAAATACCTTAACATGAAATAAATTAACCTCCATTATTC
AATATGCCATAATAATAACAACAACCAATAAACCCATAGCCTTCATTAGACATTTCTTAG
CCTAGTAGTGGTTACTAAGAGCCAATCCCTGCTGTAGAACCTAATTAATAGCCAATTTAA
GTAAAATCTTTGTTTCCAATTAAATTATTTATTCTTTTTTATTTAATAGCAAAAAGCCTA
TATTAAGTATTACACTGATGACAAAGTCCCTTATTACTATGATACTCAAACTTAATCTAC
ATCATATGACTAACCTCCTTTAGGATCGATAATATATAATCCAGATGGAACACAAGAACA
TGTATAACCAGAAAGCATCGAACAACTGCAAAAATTTTAACAAGAAACAGGATTAGCAGA
AAATAAAGAACTTGAAATTTTATGTAATAAAAAGTTTTTAATTAAAGTTAAATTAAATTA
ATTAATTAAATTTTTTAAAGCCTAAAAAACAACAGGACCTCCAGGAGCTAATTTATTCAT
TTTCCATCTTCCAAACGACTACCGTGATTCAGATCTTTTAAGACTCTTCAAAAAATTCGG
TGATTTGCTCTCCGCAAGAGTTATCACACGTCCTGATGGTTCTAGCAAAGGCTATGGTAA
AAAAAAAAATTAAAATAAATTTAATTTAAACATTTAATTTTATTTGAACTAGGTTTTGTA
AGTTATACAAGCCCAGATGGTGCTCAACAAGCTATACAGTAAATGAATGGCCTATAAGTT
GGAAGTAAATAAAAATTAAAGTATGAGTTTTAAATTAAATATAATTTACATTAAATAGAG
AAAAAGCTAAAAGTAGAAGTAAAAAAAGGTCAAGGTGATGGAGATTTACCACCTAGTCTT
AGTTAAAATGGATATTAACCCTTTTGA