Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00421020

Standard Name

RRM20 (RNA Recognition Motif-containing protein 20)

Aliases

PreTt07227 | 46.m00282 | 3679.m00132

Description

RNA recognition motif-containing protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

• protein binding (IEA) | GO:0005515
• nucleic acid binding (IEA) | GO:0003676

Domains

• ( PF00397 ) WW domain
• ( TIGR01661 ) ELAV/HuD family splicing factor
• ( TIGR01622 ) splicing factor, CC1-like family
• ( TIGR01648 ) hnRNP-R, Q splicing factor family
• ( TIGR01659 ) sex-lethal family splicing factor
• ( PF00076 ) RNA recognition motif. (a.k.a. RRM,
• ( TIGR01628 ) polyadenylate binding protein, human types

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.4%

TetraMine Data

TTHERM_00421020

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_10972.1	9.997093137033517e-262	hypothetical protein (797 aa)
WormBase	WBGene00006807	9.99967697349061e-30	locus:unc-75 status:Confirme d UniProt:G5EE68 protein_i d:CAB03896.4
DictyBase	DDB_G0291486	7.002116201343823e-26	DDB_G0291486 on chromosome: 6 position 413873 to 415521
Oxytricha	Contig18677.0.g10	2.000769134519826e-18	RNA recognition motif_ (a_k_a_ RRM, RBD, or RNP domain)
SGD	YGR250C	0.000000000003998907168546896	YGR250C Putative RNA binding p rotein; localizes to stress gr anules induced by glucose depr ivation; interacts with Rbg1p in a two-hybrid
Stentor Coeruleus	SteCoe_10259	0.00000000003775134544279098

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00421020(coding)
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GAAAAGCATTATAAAAACGCTGAATAAGAAGATTCTAATTCCTCTCTTGAAAACAAATCA
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AAGCTAAAAGTAGAAGTAAAAAAAGGTCAAGGTGATGGAGATTTACCACCTAGTCTTAGT
TAAAATGGATATTAACCCTTTTGA

>TTHERM_00421020(protein)
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ANNNQIQQFNPYYNNENFDNYNNPQIHNEQPSFTPNQPPQQIPQHEINQPPLFNMPQQQQ
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QPPLGSIIYNPDGTQEHVQPESIEQLQKFQQETGLAENKELEILSQKTTGPPGANLFIFH
LPNDYRDSDLLRLFKKFGDLLSARVITRPDGSSKGYGFVSYTSPDGAQQAIQQMNGLQVG
SKQKLKYEFQIKYNLHQIEKKLKVEVKKGQGDGDLPPSLSQNGYQPF

>TTHERM_00421020(gene)
ATGAGTAATTTTATGATTTATGAAATTTATGAACCTCTTTTAATATAGGAAGAAATTTTA
TATACAAAAAAAGAAGAATATTTGATTGATTGACTCAGTATTAATAATTGTTACATGCAT
GCTATTATTCTCTACATTACAGCAATCAAATTCATTTTATATTATATTTCAAATGCAATT
TTAACAATGTGAAATTTGATTTAATCTTCATTACAATAATGAGGATATTATTTTACATGC
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AAACAAATCAAAAGGCGGCTAAAAATATGTGCGAAACAATCATATAATTTATTTATTTAT
TTGCATATTTTATGAAAGTATCTGCAAGAGATTGATAAACAATTTCAAAATTCTCAAAAA
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AAGAAAATAAGTTGAAATAAAGCTATTTGTAGGCCAAATCCCTAAAACATGGTATCATTT
TCTTTTTGCATTTCTATTTTATATTTTTATGTAGGATGACACTACTAACTAACCTTGGGT
GATGCTGCAAAAAATTAAGATTAAGAAAGAATACATTTCATTTCATTACATGCATGAATC
AATCAATCAATAACTTATTTTTAATTATAATCAAAAATAAATAACACAAAATTTATTTCA
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ATTTAATCAAATTCTGTACTGCACCTTTTTTACAGTTTAATTAAATTTTGATTCTTTCTC
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TGTGAAAGTTTAAGTAATCAGAGACAAAAATAATTAGCACAAAGGGTGTGCTTTTGTTGT
TTTTGCCTCTATTTTATGCGCCAATATTGCAATTGAAGCTCTCAAAGCAACTAAATTGCC
TGGAGTATATTTGAAATTATATATAAATATATATACATATACATTTTTTCAACCAATATT
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ACAAAATAACTTTTAGTTTAATGATTATTAACAGCAGCATCACAGTAATAATAATGGACC
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TGGTTACTAAGAGCCAATCCCTGCTGTAGAACCTAATTAATAGCCAATTTAAGTAAAATC
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ATTACACTGATGACAAAGTCCCTTATTACTATGATACTCAAACTTAATCTACATCATATG
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AAGCCCAGATGGTGCTCAACAAGCTATACAGTAAATGAATGGCCTATAAGTTGGAAGTAA
ATAAAAATTAAAGTATGAGTTTTAAATTAAATATAATTTACATTAAATAGAGAAAAAGCT
AAAAGTAGAAGTAAAAAAAGGTCAAGGTGATGGAGATTTACCACCTAGTCTTAGTTAAAA
TGGATATTAACCCTTTTGA