Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00388440

Standard Name

RPN9 (26S proteasome regulatory subunit N9)

Aliases

PreTt24839 | 41.m00246

Description

PCI domain containing protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• proteasome regulatory particle (ISS) | GO:0005838 | Ref:21637855

Domains

• ( PF01399 ) PCI domain

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.4%

TetraMine Data

TTHERM_00388440

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_04469.1	9.997093137033517e-262	PCI domain-containing protein (379 aa)
DictyBase	DDB_G0285105	1.0002758036576784e-62	psmD13 on chromosome: 4 positi on 2852779 to 2854360
Oxytricha	Contig746.1.g14	5.999013395827003e-54	PCI domain
SGD	YDR427W	1.0003292389192957e-45	RPN9 Non-ATPase regulatory sub unit of the 26S proteasome, ha s similarity to putative prote asomal subunits in other speci es; null mutant is temperature sensitive and exhibits cell c ycle and proteasome assembly d efects
WormBase	WBGene00004465	3.000619078166531e-39	locus:rpn-9 status:Confirmed UniProt:Q22253 protein_id :CAA88971.1
Stentor Coeruleus	SteCoe_8781	1.0530617357553812e-20

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:21637855: Xiong J, Yuan D, Fillingham JS, Garg J, Lu X, Chang Y, Liu Y, Fu C, Pearlman RE, Miao W (2011) Gene network landscape of the ciliate Tetrahymena thermophila. PloS one 6(5):e20124

Sequences

>TTHERM_00388440(coding)
ATGGATTCAGATCTTTTGTAATAATTATAAGCTCAATTCCCTCAACAATAAACAATTTTA
GAATAGCTAGCCTTGTTATATACTTAAAAATTGTGGCATGAAATTACCTTAAATTTGAAT
ATTTTGTTGCAAGATGAAAATGTCCTTTAGGAGAGAAAAGCCTTATTAAAATTATATGAT
GGCTTTGTCAAAAAATTCATTAATAAGCTTGATTAACTTTTGTTAGCTAGATTCTTGACA
TTCGTAGCTAATGCATTTGACACTAATGAAGAGAAGTTTAATTTCTTAGAATAAGCTAGA
TCTAATTTCTCAGAAGATAATGCCAGATATATAATCTAATTGCAACAAATTAGTTACAGA
TTAGATGATAAGCACAGTGAATAAAATGATATTGAGTTGACTGAATTAAAAGAAAAAATT
GAAAAGCAACAAGTAATTGAACCTCTTGCTTATTCCTTCTTATATAGAGTTAGCTACGAG
TTCTATTCCCAAAAGAAAAATTATGAACTTTTATATTTAAATGCTCTTTAATTCCTTGCT
TACACCCAACCTTAAGATATTCCTATTAGCTATTAACAAGATATCTCTCTTAAGATGGCT
ATAGCTATTTTAGTCTCACCTAAGATCTACAATTTCAGTGAACTTCTTCAACAAAGTGTT
GTTAAATCTCTTCAAAACACTACTTACTCATGGTTGTACACTTTGATTGAAACTTTTAAT
AGTGGAAACGTGGATAAGTATTACTAAGATCTTAAATCTTTTGATGCATAAATTAAATAA
AATGCCTTATTAGTTAGCAATCAAAAATTATTAGAAGAAAAAATTAGAATTATGGCCTTC
CTTGATTTGGTATTTAATTTACCTAAAAATGATAGAACCATATCCTTCTAGAAAGTAGCT
GAAAGAACTAAATAACCAGTCAACGAAATCGAATATTTGCTTATGAGAAGTATGGCTTTA
GGATTAGTTAAAGGATCTATAAATTAGGTTTAAGGCAACGTAACAATAAGTTGGATGATT
CCTAGAATCTTAGATAACTCAAGAATATAAATTATGAAAAATAAATTCGATGAATGGACT
AATAGTCTTAGAAATTTAATTTAATTAGTAGAATAAGAACCAGTACCTCTTTATTGA

>TTHERM_00388440(protein)
MDSDLLQQLQAQFPQQQTILEQLALLYTQKLWHEITLNLNILLQDENVLQERKALLKLYD
GFVKKFINKLDQLLLARFLTFVANAFDTNEEKFNFLEQARSNFSEDNARYIIQLQQISYR
LDDKHSEQNDIELTELKEKIEKQQVIEPLAYSFLYRVSYEFYSQKKNYELLYLNALQFLA
YTQPQDIPISYQQDISLKMAIAILVSPKIYNFSELLQQSVVKSLQNTTYSWLYTLIETFN
SGNVDKYYQDLKSFDAQIKQNALLVSNQKLLEEKIRIMAFLDLVFNLPKNDRTISFQKVA
ERTKQPVNEIEYLLMRSMALGLVKGSINQVQGNVTISWMIPRILDNSRIQIMKNKFDEWT
NSLRNLIQLVEQEPVPLY

>TTHERM_00388440(gene)
ATGGATTCAGATCTTTTGTAATAATTATAAGCTCAATTCCCTCAACAATAAACAATTTTA
GAATAGCTAGCCTTGTTATATACTTAAAAGTACATATTTATTTTATTAAGTCACTATTAG
ATTACTTAGTAAATAATAAAGTGATAAATGATTTCTATTCCAATCTCAAAGAAATCATCA
ACATAATATTTCGAATATTAGTTATTATTGCACAGTATTTGTATATTAAGCATTTTATAA
TATTTAATTATAGATTGTGGCATGAAATTACCTTAAATTTGAATATTTTGTTGCAAGATG
AAAATGTCCTTTAGGAGAGAAAAGCCTTATTAAAATTATATGATGGCTTTGTCAAAAAAT
TCATTAATAAGCTTGATTAACTTTTGTTAGCTAGATTCTTGACATTCGTAGCTAATGCAT
TTGACAGTAAAATATATTACTTTAAATAAAATATTCAATGAAAATTATAATTATTTACTA
TCTTTTTAAAAATAAAGCTAATGAAGAGAAGTTTAATTTCTTAGAATAAGCTAGATCTAA
TTTCTCAGAAGATAATGCCAGATATATAATCTAATTGCAACAAGTAATACATTAACACAT
ACTTAGCTATAATAATTCACTATCAGCATTTAATGTAACTTATAAATATTTTCTATAAAA
AATAGATTAGTTACAGATTAGATGATAAGCACAGTGAATAAAATGATATTGAGTTGACTG
AATTAAAAGAAAAAATTGAAAAGCAACAAGTAATTGAACCTCTTGCTTATTCCTTCTTAT
ATAGAGTTAGCTACGAGTTCTATTCCCAAAAGAAAAATTATGAACTTTTATATTTAAATG
CTCTTTAATTCCTTGCTTACACCCAACCTTAAGTAAAATATATTGTTTCAAAATATTCTA
TGGTTAATCTTTATTTAATAAAAGGATATTCCTATTAGCTATTAACAAGATATCTCTCTT
AAGATGGCTATAGCTATTTTAGTCTCACCTAAGATCTACAATTTCAGTGAACTTGTAATA
AATTAATAAAATTTTAAGCAAAAACAGCTAGTTAAAAAGTTAATTTAAATATTTTATATA
GCTTCAACAAAGTGTTGTTAAATCTCTTCAAAACACTACTTACTCATGGTTGTACACTTT
GATTGAAACTTTTAATAGTGGAAACGTGGATAAGTATTACTAAGATCTTAAATCTTTTGA
TGCATAAATTAAATAAAATGTAATTAATTAATTATTTATTGTAAATTCTTTTTTGATAAA
CATGTATCAAATAACTGTTAAATAAATAGGCCTTATTAGTTAGCAATCAAAAATTATTAG
AAGAAAAAATTAGAATTATGGCCTTCCTTGATTTGGTATTTAATTTACCTAAAAATGATA
GAACCATATCCTTCTAGAAAGTAGCTGAAAGAACTAAATAACCAGTCAACGAAATCGAAT
ATTTGCTTATGAGAAGTATGGCTTTAGGATTAGTTAAAGGATCTATAAATTAGGTAAATT
TAAATAAATTTTTAAAGCAAACTCATTCATTATTTCTTTATTTATTATTAATTTGTTAAC
AGGTTTAAGGCAACGTAACAATAAGTTGGATGATTCCTAGAATCTTAGATAACTCAAGAA
TATAAATTATGAAAAATAAATTCGATGAATGGACTAATAGTCTTAGAAATTTAATTTAAT
TAGTAGAATAAGAACCAGTACCTCTTTATTGA