Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00047550

Standard Name

RPA1 (RNA Polymerase I largest subunit)

Aliases

PreTt11234 | 3.m01913 | RPII | 3824.m02992

Description

RPA1 DNA-directed RNA polymerase I protein; shared largest subunit of RNA Polymerase I

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Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Biological Process

Domains

No Data fetched for Domains

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.3%

TetraMine Data

TTHERM_00047550

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Stentor CoeruleusSteCoe_92780
WormBaseWBGene000129999.997093137033517e-262locus:rpoa-1 DNA-directed RN
A polymerase status:Partiall
y_confirmed UniProt:G5ED21
protein_id:CAB07687.2
Tetrahymena borealisEI9_01697.19.997093137033517e-262RNA polymerase Rpb1, domain 2
family protein (1722 aa)
DictyBaseDDB_G02757599.997093137033517e-262rpa1 on chromosome: 2 position
5808489 to 5813651
OxytrichaContig17704.0.g329.997093137033517e-262RNA polymerase Rpb1, domain 5
SGDYOR341W9.997093137033517e-262RPA190 RNA polymerase I larges
t subunit A190

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:15470252: Mochizuki K, Gorovsky MA (2004) RNA polymerase II localizes in Tetrahymena thermophila meiotic micronuclei when micronuclear transcription associated with genome rearrangement occurs. Eukaryotic cell 3(5):1233-40
  2. Ref:8756729: Shen X, Gorovsky MA (1996) Linker histone H1 regulates specific gene expression but not global transcription in vivo. Cell 86(3):475-83

Sequences

>TTHERM_00047550(coding)
ATGAATGCTCATTGTGTGCAAAATTAATTTAGAGTATAAAAAATAGAATCAAAAAAAGAA
GCAATAAAAGAAAGAAATAAATAAGATAAATTAAAAGATAAAAAATAAAAATAAAAGGAA
TTATTATTATATACTTATAGATATTAAATGAGTAATAGTTTAGGCTAATTCCAAGAGGTC
ATTAGTAGACGTCTCGCTGGTGTAGGCTTTTCTTATTACACTGCTGACGAAATCCGTAAA
TTGTCAGTAAAGGAAATAACTAATCCTATTGCATTCGACTCATTAAATAGACCTATCAAA
GGTGGTTTATATGATCCTTGTATGGGTGTATCTCCTTACGATAAATTTACTCGTTGCGAA
ACTTGTGGTTGTGAAGGATTGGAATGTCCTGGTCATATGGGTCACGTAGAACTCCTCTTA
CCTGTTTATAACCCTTTCTTAATTGATAAGTTGCTCAAGTTATTAAGAGCCTAGTGTTTA
AAATGCAATAAGTTTAGAATGACAAATTAAAAACTCAAGATGTTTGCTAATGTTTTTACT
CTTATTAAGCTTGGTTACATCTTCGAAGCTAAAGAATATAAATAAACATGTGAAAGTTTG
AGTATCCTTTAAATTTAAAATAATAAAGAAACAACTCAAATATAGTCATATGCTGACAAG
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CAAAAGAAACACTAAGATGACTACACTTCTGATGATGATCAAAGTGAGTCTGGTCACTCT
AAGGCTGAAAAAGCTAATGCTAATTAAAAATATCTTGATCCTTTAGAAGTAAAAGAATTA
ATGAGAAGATTTTGGGATGAAGAAAGAAAATTGCTTAACATCATTTACGGTACTATCGAA
GTTACTCCTTAAACTTTAAAAAACTCTTCTAAAGGTTTTATGATAAGAAGAAATGACTAT
AATATGTTCTTTATTGAAGTTATTCCAGTAACTCCCAATAGATTTAGACCTGAAAATAAG
CTTGGAGAATAAACATTCTTGCATGGACATACTGTAGTTTTGACAAAAATTTTATAATTC
AATGTTGAATTAAGACGTATGATTGTCTTGCAAAGACAAAGTTTAAGCGAAGAAAAGAAA
AAGAAATTAATAGATTAGCTTGATTCTCGCTTTTAAAATTAATTATAATTAAAGCAAAAC
TAGAATTTCTAGCAAACTATTAACAATATTGTTAAGCTTAATGATGTCATCACTAAGTGG
TTAGATATACAAGAAGCTGTTAACTGCTTTTTAGATTCTTCTAAGGCTACTAAGACTTAA
GATCGTGAAGGTACAGGTATTCGTTAACTCCTTGAAAAGAAGGAAGGTCTCTTTAGAATG
AAAATGATGGGTAAGCGTGTTAACTACGCAGCTAGATCAGTTATTTCTCCTGATCCTAAT
TTAAACACTAATGAAGTCGGTGTTCCACTTTTTGTTGCAAAAAAACTTACTTTCCCTGAA
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GAGCAATAAAGAATAGGTCTTGCTAAGACTCTTTTAAATAACTCTAAAAATAAAGTTGTC
TATCGTCATTTATAATCTGGTGATGTCCTCCTTTTCAATAGACAACCTACCCTACATAAA
GCTTCATTGATGAGTCATATAGCTAGAGTACTTCCCAGAGAATAAACTATTAGAATGCAC
TATGCAAACTGTAAATCATATAATGCAGATTTCGATGGTGATGAAATGAACTTGCATTTC
CTTTAATCTCATTTAGCCAGAGCTGAAGGTTATCACATTAGTTTAAATGATCGTTAATTC
ATTAACACCACTAACGGTAATCCTTTGAGAGAATTGATTCAAGATACTATTGTTTCAGCT
GTATTCTTGACTCATAAGGAAAAATTCTTACAAAAAGAAGAATTCTAAGAGCTTGTCTAC
GCTGCTACTTGGAACATGTTTGAAAAGAATAATAATTCTACCACAAAGCCTTATAAGATT
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ACAAACATCATCAAGATTGTAGTCTAATAGAATCAAAAGAAAGATTATGAATAAGGTGTC
TATATGGAAATGAAGGCAAAGCTTACTGCTGACGAATTGACTGGTATTTATAAGGACGAT
ACAGTTGTCATAATCAGAGATAATGAACTTCTTTAGGGTGTTTTGGATAAAAACTAATTT
GGTGCTGGTGCCACTTATGGTCTTATGCACGCTTTTTATGAATTATATGGAGCATCTCTA
ACAGGTAAGCTTTTCACTGCTCTTGCTAAATTACTCAGTGCCCATCTCTAAATGCATGGT
TTTACTTGCGGTATGGATGATCTTCTTGTCAGCAAAGAGAGTGATGAATAACGTCTTCAA
GAAATCAAGGCTGCACACGTTGATGGTGTCCTTGCATGTGCTGAATTCGTTGGTATGAAA
GACTATGAAGTTCCTTAAGGCTGGAATTTATATAACAGACCTAATTTTGTTCTCAACAGC
AAAGGTAGATTCTCTTCTAATGTTCTTAAACGTAAGCCCGAAGTTGACTATCTTTCAAAT
GAAAATCCCATTCTTGAGTAAATTCAAAGAAAGCTCGTTCGTGATCCCCAACTTGCTGAA
GCTTAAGATAATGTTTATAAGTCAACTATGTCTTAAAAAGGTTCCAAAATTCTTAACACT
GCTCTCGGTGGTCTTATTAAAAAATTCCCTTTCAACAATTTCACTACAATGACTAATTCT
GGTGCTAAGGGTTCTAAAGTCAACCATACGTAAGTTTCTGCCTTACTTGGTCAATAAGAA
TTAGAAGGTCGTAGAGTTCCCGTTATGGCTACTGGTCGTACTCTTCCTTGCTTCTTACCA
TATGATCCCAACCCAAGAGCTGGTGGTTTTATTAGTGATCGTTTCTTGAGTGGTCTTAGA
CCTGCTGAATTCTTCTTCCATTGTATGGCTGGTAGAGAAGGTTTGATTGATACTGCTGTC
AAAACAAGTAGATCCGGATATCTCCAAAGATGCTTAATGAAGCACTTAGAAGCACTTAAA
GTTGCATATGACTACACTGTCAGAGATGCTGATGGCTCAGTTGTCCAATTCTATTATGGT
GAAGACTCTATTGATCCCAATAAAGTTAAATATTTAGAAAAATTCCGTTTCTTAGCTGAA
AACTTTACTTCTTTCACTCAAAAATATGATCCTTATCACTTGAAAGACTCTCATGATTTC
GAATCTGTCAATCGTTTCTTGAAGAAAAGAAAGAGATAAGAAAGTTCTGAAACAGAAAAG
AAAACTTGTGACACTATTATGAACAACTTTTTACCTGGTAAACACATTGGCTCTGTTTCT
GAACGTGTCTACAAGAATGTAAAGGAATACATTAAGAAAGAATAGCAAAGTGCTGATCCT
TACAGCAACATCTTCAACATAAAGTAGGATTAATTAAGTCCTTAAAAATTCCATATGCTT
TTCAATGTAAAATACCTTAACTCTCTCATTCATCCTGGTGATTCTGTTGGTTGTCTTGCA
GCCCAAGCTATCGGTGAACCATCTACATAGATGACATTGAATACTTTCCACTTGGCTGGT
CACGGTGGTGTTAACCTTACCTTGGGTATTCCTCGTCTAAGAGAAATCTTGATGACTGCT
ACAGACAAATTGAAGACTCCAGTCATGCTTTTAAATCTTTCAAATCCTGAAGTTGCTTAA
AACAAAGAATAAGTTCAAAATCATGCTCGTAAGCTCTAAAAAATTAATTTATTAGAACTT
GTTAATAACATCGAAGTCAAGGAACAAAAAATTATTGTTGTTGATAACAATATTTTACCC
TTCAATGAACGTTTCAGACACTATGAAATTAAAATCAACTTAGAAGACTTAGAAGCTATT
CACTTCGCATTCTAATTAAACATTGACACAATTAATCGTAGAATTGAAAAGGTCTTCCTT
CCTAACCTCTTCTAATACATTAACAAAGAACTTAAACGTGATTAAAAATCTGAACTTTAA
ACTAGAGTTCTTAAGAAGAAAGAAAATGAAAGCAGCGGTATGGAAACTGAAGGCTTAGTT
AGCGATTTCGACAAAGAAGCTGCTTCAGATGGTGAAGAATTAAAGAAAGCTGCTGATGCT
TTAGTAAGCGAAGTAGAATATGGCATATTTACTGAGACAGAAGATGAATTAAAATCTAAG
TCCAAACCTCAATCTGCAGAACCAGTAAAGAGAGTCCCAACTAGAACTTCCAAAGCAGAA
TTATTTGAAGCTTCTCCTTATTACAACGGTCATACTATAGAAGGTGAACGTATAGTTTGT
AACATTAAATTACCTTTAGATTCTAAGAAGTTATTGATGGTCAACTTGGTTGAAAAAATA
TTAAAGAAGACTTTGGTTTATGAAGTAAAGAATATCTCTAATGCAACTGTCCTCAAAAAG
GATAATAAAGGAGCCACTTCTTATCAAATTTAAACAGAAGGTGTTAATTTCAAGTAAATC
TGGAAAATGGATCACTTCGACTCTAATACTATAGACTCAAATGATATAGCTGCCTTAAAC
AAATGTTACGGTATTGAAGCTGCTAGAAATGCAATTGTAAAAGAAATCGTCACTGTGTTC
GGTGTTTATGGTGTCGTTGTTGATTACAGACACTTGTACTTAATTGCTGATTATCTTACT
TTCAGCGGAGAAATGAAGGCCATGAATAGAGTTTGGATGGATGAAAGCATCAGTCCTTTC
CTCAAGATGTCTTTCGAAACTTGTGTTAAATTCCTTACAAATGCTGCTACAAATAATGAA
ATCGATACTCTTTCTACTCCTTCTTCCTCAATTGTCTTAGGTAGAGTTCCCTAAGTAGGT
ACTGGTGTTTTCGACATTCTCCATAAGGTTTGA


>TTHERM_00047550(protein)
MNAHCVQNQFRVQKIESKKEAIKERNKQDKLKDKKQKQKELLLYTYRYQMSNSLGQFQEV
ISRRLAGVGFSYYTADEIRKLSVKEITNPIAFDSLNRPIKGGLYDPCMGVSPYDKFTRCE
TCGCEGLECPGHMGHVELLLPVYNPFLIDKLLKLLRAQCLKCNKFRMTNQKLKMFANVFT
LIKLGYIFEAKEYKQTCESLSILQIQNNKETTQIQSYADKRRKSSDYKSSDTEQIMPKKS
QIEQEGAKIYQNNINNLEDKKKQLLSLINVKQNNTEQFSKGVSYTNAMNSAFEQALKEFW
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LQSHLARAEGYHISLNDRQFINTTNGNPLRELIQDTIVSAVFLTHKEKFLQKEEFQELVY
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TGKLFTALAKLLSAHLQMHGFTCGMDDLLVSKESDEQRLQEIKAAHVDGVLACAEFVGMK
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IDTLSTPSSSIVLGRVPQVGTGVFDILHKV


>TTHERM_00047550(gene)
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TTGTCAGTAAAGGAAATAACTAATCCTATTGCATTCGACTCATTAAATAGACCTATCAAA
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AGCATCTCAGAAAACTTATTATCAATGGTCCTTTCTAACATCCTGGTGCAAATTTCATTG
TTGAAAACGGAAACAAGATTTCCCTTGAAGCTCTCAATGAGCAATAAAGAATAGGTCTTG
CTAAGACTCTTTTAAATAACTCTAAAAATAAAGTTGTCTATCGTCATTTATAATCTGGTG
ATGTCCTCCTTTTCAATAGACAAGTAATTTTTAACAAATTTATTTTTTAACTCAAACTTT
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CTATTGTTTCAGCTGTATTCTTGACTCATAAGGAAAAATTCTTACAAAAAGAAGAATTCT
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TTTATAAGGACGATACAGTTGTCATAATCAGAGATAATGAACTTCTTTAGGGTGTTTTGG
ATAAAAACTAATTTGGTGCTGGTGCCACTTATGGTCTTATGCACGCTTTTTATGAATTAT
ATGGAGCATCTCTAACAGGTAAGCTTTTCACTGCTCTTGCTAAATTACTCAGTGCCCATC
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ACTATCTTTCAAATGAAAATCCCATTCTTGAGTAAATTCAAAGAAAGCTCGTTCGTGATC
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TTGGTCAATAAGAATTAGAAGGTCGTAGAGTTCCCGTTATGGCTACTGGTCGTACTCTTC
CTTGCTTCTTACCATATGATCCCAACCCAAGAGCTGGTAATAAAAAAATTTATTTACTTG
TTTTATTAATTTAATTAAATATATATTAAAATAAATAGGTGGTTTTATTAGTGATCGTTT
CTTGAGTGGTCTTAGACCTGCTGAATTCTTCTTCCATTGTATGGCTGGTAGAGAAGGTTT
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CTTAGAAGCACTTAAAGTTGCATATGACTACACTGTCAGAGATGCTGATGGCTCAGTTGT
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CATTGGCTCTGTTTCTGAACGTGTCTACAAGAATGTAAAGGAATACATTAAGAAAGAATA
GCAAAGTGCTGATCCTTACAGCAACATCTTCAACATAAAGTAGGATTAATTAAGTCCTTA
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TGTTGGTTGTCTTGCAGCCCAAGCTATCGGTGAACCATCTACATAGATGACATTGAATAC
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AATCTTGATGACTGCTACAGACAAATTGAAGACTCCAGTCATGCTTTTAAATCTTTCAAA
TCCTGAAGTTGCTTAAAACAAAGAATAAGTTCAAAATCATGCTCGTAAGCTCTAAAAAAT
TAATTTATTAGAACTTGTTAATAACATCGAAGTCAAGGAACAAAAAATTATTGTTGTTGA
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TGAAAAGGTCTTCCTTCCTAACCTCTTCTAATACATTAACAAAGAACTTAAACGTGATTA
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TATAGTTTGTAACATTAAATTACCTTTAGATTCTAAGAAGTTATTGATGGTCAAGTAATA
ATTCTTTACTATTTTTTATTTATTTGTGCTTTCTTCAATTTTAAAAAAACACTTATTAAT
TCTCATTTTACATAAAATAGCTTGGTTGAAAAAATATTAAAGAAGACTTTGGTTTATGAA
GTAAAGAATATCTCTAATGCAACTGTCCTCAAAAAGGATAATAAAGGAGCCACTTCTTAT
CAAATTTAAACAGAAGGTGTTAATTTCAAGTAAATCTGGAAAATGGATCACTTCGACTCT
AATACTATAGACTCAAATGATATAGCTGCCTTAAACAAATGTTACGGTGTAAGAAATTCA
TTTTTTTTAACAAAAAAATATTTTATTTTGATTATTTACATATTAATTATATTTTAATAA
TTAGATTGAAGCTGCTAGAAATGCAATTGTAAAAGAAATCGTCACTGTGTTCGGTGTTTA
TGGTGTCGTTGTTGATTACAGACACTTGTACTTAATTGCTGATTATCTTACTTTCAGCGG
AGAAATGAAGGCCATGAATAGAGTTTGGATGGATGAAAGCATCAGTCCTTTCCTCAAGAT
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TCTTTCTACTCCTTCTTCCTCAATTGTCTTAGGTAGAGTTCCCTAAGTAGGTACTGGTGT
TTTCGACATTCTCCATAAGGTTTGA