Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00047550

Standard Name

RPA1 (RNA Polymerase I largest subunit)

Aliases

PreTt11234 | 3.m01913 | RPII | 3824.m02992

Description

shared largest subunit of RNA Polymerase I

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

• DNA binding (IEA) | GO:0003677
• DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (IEA) | GO:0003899

Biological Process

• transcription (IEA) | GO:0006350

Domains

No Data fetched for Domains

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.3%

TetraMine Data

TTHERM_00047550

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Stentor Coeruleus	SteCoe_9278	0
WormBase	WBGene00012999	9.997093137033517e-262	locus:rpoa-1 DNA-directed RN A polymerase status:Partiall y_confirmed UniProt:G5ED21 protein_id:CAB07687.2
Tetrahymena borealis	EI9_01697.1	9.997093137033517e-262	RNA polymerase Rpb1, domain 2 family protein (1722 aa)
DictyBase	DDB_G0275759	9.997093137033517e-262	rpa1 on chromosome: 2 position 5808489 to 5813651
Oxytricha	Contig17704.0.g32	9.997093137033517e-262	RNA polymerase Rpb1, domain 5
SGD	YOR341W	9.997093137033517e-262	RPA190 RNA polymerase I larges t subunit A190

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:15470252: Mochizuki K, Gorovsky MA (2004) RNA polymerase II localizes in Tetrahymena thermophila meiotic micronuclei when micronuclear transcription associated with genome rearrangement occurs. Eukaryotic cell 3(5):1233-40
2. Ref:8756729: Shen X, Gorovsky MA (1996) Linker histone H1 regulates specific gene expression but not global transcription in vivo. Cell 86(3):475-83

Sequences

>TTHERM_00047550(coding)
ATGAATGCTCATTGTGTGCAAAATTAATTTAGAGTATAAAAAATAGAATCAAAAAAAGAA
GCAATAAAAGAAAGAAATAAATAAGATAAATTAAAAGATAAAAAATAAAAATAAAAGGAA
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GACTATGAAGTTCCTTAAGGCTGGAATTTATATAACAGACCTAATTTTGTTCTCAACAGC
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GAAAATCCCATTCTTGAGTAAATTCAAAGAAAGCTCGTTCGTGATCCCCAACTTGCTGAA
GCTTAAGATAATGTTTATAAGTCAACTATGTCTTAAAAAGGTTCCAAAATTCTTAACACT
GCTCTCGGTGGTCTTATTAAAAAATTCCCTTTCAACAATTTCACTACAATGACTAATTCT
GGTGCTAAGGGTTCTAAAGTCAACCATACGTAAGTTTCTGCCTTACTTGGTCAATAAGAA
TTAGAAGGTCGTAGAGTTCCCGTTATGGCTACTGGTCGTACTCTTCCTTGCTTCTTACCA
TATGATCCCAACCCAAGAGCTGGTGGTTTTATTAGTGATCGTTTCTTGAGTGGTCTTAGA
CCTGCTGAATTCTTCTTCCATTGTATGGCTGGTAGAGAAGGTTTGATTGATACTGCTGTC
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GAAGACTCTATTGATCCCAATAAAGTTAAATATTTAGAAAAATTCCGTTTCTTAGCTGAA
AACTTTACTTCTTTCACTCAAAAATATGATCCTTATCACTTGAAAGACTCTCATGATTTC
GAATCTGTCAATCGTTTCTTGAAGAAAAGAAAGAGATAAGAAAGTTCTGAAACAGAAAAG
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GAACGTGTCTACAAGAATGTAAAGGAATACATTAAGAAAGAATAGCAAAGTGCTGATCCT
TACAGCAACATCTTCAACATAAAGTAGGATTAATTAAGTCCTTAAAAATTCCATATGCTT
TTCAATGTAAAATACCTTAACTCTCTCATTCATCCTGGTGATTCTGTTGGTTGTCTTGCA
GCCCAAGCTATCGGTGAACCATCTACATAGATGACATTGAATACTTTCCACTTGGCTGGT
CACGGTGGTGTTAACCTTACCTTGGGTATTCCTCGTCTAAGAGAAATCTTGATGACTGCT
ACAGACAAATTGAAGACTCCAGTCATGCTTTTAAATCTTTCAAATCCTGAAGTTGCTTAA
AACAAAGAATAAGTTCAAAATCATGCTCGTAAGCTCTAAAAAATTAATTTATTAGAACTT
GTTAATAACATCGAAGTCAAGGAACAAAAAATTATTGTTGTTGATAACAATATTTTACCC
TTCAATGAACGTTTCAGACACTATGAAATTAAAATCAACTTAGAAGACTTAGAAGCTATT
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CCTAACCTCTTCTAATACATTAACAAAGAACTTAAACGTGATTAAAAATCTGAACTTTAA
ACTAGAGTTCTTAAGAAGAAAGAAAATGAAAGCAGCGGTATGGAAACTGAAGGCTTAGTT
AGCGATTTCGACAAAGAAGCTGCTTCAGATGGTGAAGAATTAAAGAAAGCTGCTGATGCT
TTAGTAAGCGAAGTAGAATATGGCATATTTACTGAGACAGAAGATGAATTAAAATCTAAG
TCCAAACCTCAATCTGCAGAACCAGTAAAGAGAGTCCCAACTAGAACTTCCAAAGCAGAA
TTATTTGAAGCTTCTCCTTATTACAACGGTCATACTATAGAAGGTGAACGTATAGTTTGT
AACATTAAATTACCTTTAGATTCTAAGAAGTTATTGATGGTCAACTTGGTTGAAAAAATA
TTAAAGAAGACTTTGGTTTATGAAGTAAAGAATATCTCTAATGCAACTGTCCTCAAAAAG
GATAATAAAGGAGCCACTTCTTATCAAATTTAAACAGAAGGTGTTAATTTCAAGTAAATC
TGGAAAATGGATCACTTCGACTCTAATACTATAGACTCAAATGATATAGCTGCCTTAAAC
AAATGTTACGGTATTGAAGCTGCTAGAAATGCAATTGTAAAAGAAATCGTCACTGTGTTC
GGTGTTTATGGTGTCGTTGTTGATTACAGACACTTGTACTTAATTGCTGATTATCTTACT
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CTCAAGATGTCTTTCGAAACTTGTGTTAAATTCCTTACAAATGCTGCTACAAATAATGAA
ATCGATACTCTTTCTACTCCTTCTTCCTCAATTGTCTTAGGTAGAGTTCCCTAAGTAGGT
ACTGGTGTTTTCGACATTCTCCATAAGGTTTGA

>TTHERM_00047550(protein)
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>TTHERM_00047550(gene)
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GCCTTATAAGATTTTCTTAGTTCCTCCTGCTATTCAAAAACCCAAACCTTTGTGGACTGG
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TGAATAAGGTGTCTATATGGAAATGAAGGCAAAGCTTACTGCTGACGAATTGACTGGTAT
TTATAAGGACGATACAGTTGTCATAATCAGAGATAATGAACTTCTTTAGGGTGTTTTGGA
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TTCGACATTCTCCATAAGGTTTGAAAGAAATAAATAACTTCCTACTTTTGATAAAATCTA
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CTATAAAATCATTAAAACTAATTACTTTATAAGAGTGCATTCAATCATCCATCAAATCTT
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CCAAATTAAACAAAATTAATTGTTTATATACAAAAATATGTTTGTTGTATACCATTTTTA
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