Identifiers and Description
Gene Model Identifier
TTHERM_00825460
Standard Name
RAD4 (RADiation sensitive 4)
Aliases
PreTt04010 | 142.m00107 | 3683.m00040 | XPC1
Description
RAD4 DNA repair protein Rad4; DNA repair protein Rad4 containing protein; homolog of human XPC
Genome Browser (Macronucleus)
Genome Browser (Micronucleus)
Gene Ontology Annotations
Cellular Component Molecular Function Biological Process
Domains
( PF03835 ) DNA repair protein Rad4
( PF06696 ) Streptococcal surface antigen repeat
Gene Expression Profile
Tetrahymena Functional Genomics Database:
Change in Gene Expression
TMHMM
Signal Peptide
Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.8%
TetraMine Data
TTHERM_00825460
WebApollo
Fullscreen View
Tetrahymena Stock Center
No Data fetched for StockID
Homologs (v.2006 protein sequences)
Source Identifier Score Description
Tetrahymena borealis EI9_18272.1 9.997093137033517e-262 DNA repair protein Rad4 contai
ning protein (932 aa)
Oxytricha Contig15291.0.g9 9.003144504923815e-42 Rad4 beta-hairpin domain 3
DictyBase DDB_G0292296 1.000116773704384e-19 xpc on chromosome: 6 position
1414792 to 1417980
WormBase WBGene00022296 1.000361553249356e-16 locus:xpc-1 status:Partially
_confirmed UniProt:Q9N4C3
protein_id:CCD73179.1
SGD YER162C 0.0000009995106777214876 RAD4 Protein that recognizes a
nd binds damaged DNA (with Rad
23p) during nucleotide excisio
n repair; subunit of Nuclear E
xcision Repair Factor 2 (NEF2)
; also involved, with Rad23p,
in turnover of ubiquitylated p
roteins
General Information
No Data fetched for General Information
Associated Literature
Ref:23884606 : Gao S, Xiong J, Zhang C, Berquist BR, Yang R, Zhao M, Molascon AJ, Kwiatkowski SY, Yuan D, Qin Z, Wen J, Kapler GM, Andrews PC, Miao W, Liu Y (2013) Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation. Genes & development 27(15):1662-79Ref:SUPR000122 Ref:SUPR000123
Sequences
>TTHERM_00825460(coding)ATG GAT TCA AAT GAA GAT CTT GAT TTC AAT GAT GAA TTT GAA GAA GTA GAT GAA AAA TAA AAT GAA GAT AGG ATA AGC TTT GGA TCT GAT GAC GAA AAT AAT TAG TAG AAG TAA TCA GAT TCA GAA GAT AAT CTC TAT TTT GAT AAT AAA ATC AAA AAT AAT AAA AAA TAA AAA AAT AAA TTG GAA GAC AGC TAT GAA GAT GAT AGA ATG ATT AAT GAA GAT GAA AAT TAA GAT ATC GAT TTT TTA AAT GCC ATT TGT AAT AAA GAT GAA GAA GGT TAA AAA AAC ATG AGA GAA GAC TTT TTA AGT TTG ATT AAA ACT GCA GGA GAT GAT GAT ACA ATT CAG AAA TTA ATG TAA GAA AGA CAA CAA TTA GGT AGA ACT GAA GGA GGG AGA GAG AAT CCT CAT ATT ATT AAA GAA TAA ATG ATT CTT GAG AAA ATG CTT GCA AAA CAA AAA AGA TAT GAT GAA ATT ATG TAT GAA AAA GAA AAG CTT GAA TTT CTA AAA AAA ACT AGA AAG ATT CGC TAA AAT CCA GAA GAA TAC AGG AAT TTT ATT AAG TGT TTT GTA TTA TGC GAA ATT TCT TCT ACT TTC TAC TTT CTA TAG TCT CAT TTG GAA GAT GAG TAT TTA AAA GCT AAG ATA ATA TCT TAA TTT TCT TTA AAA GAT TTA AAT TTT TTA CTT TCC ATG AAA AAC TAT CCT GAA AAA TAC TCA ACT AGA AGT ATT ATA AAA ACT GTT AAT TAT CAC ATA TAG CAA TAC TTT ACT TAT AAA TGG AAG AAA GAA TAA ATT GAA TTT CAT AAA AAT TTA GAT GAA GGA ATA GAG GTA GGC TAC TCT TAA ATG ACA TTA ATT GCC TTG ATC TTA TTT GAA TTT ATT GGT ATG AAA GTT AGA TTT TCC AAA ATT GTA GAC ATG AGA TAC CTC AAC CTT GAC AAA AAA CAC AAT TCA AGG ATC AAA GAA AGT AAA AGA AGT TCA AAT TAG TCT TAA GAA TCC ACA CAT AGC AAT TAA AAG CGT ACT AGA GAA TCT ATA GTA AGT AGT GTT GTT TAA AAT AAG AGA GCT GCA CGT TTT TCA GAT ATG GCT TCT AGA ATT ACT GCT AAA ATA ATG AAT TAG ACT TAA ATG ATA GAA GAT TAA ATA GAT AGT GAT TAA AGT GAC AGT GAT GAT GAA GAT TAT TAA ACA AAA AAA AAT GAT AAA AAA TAA TAA TAA AAA GAA AGC AAT GAT TTA TTT GAC CAA ATG CTG TCA AAT TTT AAG TTT GAT AAA AAA AGC ACT AAC AAT TCA TCA ATG ATT AGT TTT AGT AAT TAA AAA AAA AAT TAA CAA GAA GAA GAT TCA ATT GTT TCA ACT GCC TCA TCT ACC TTT TAG ACT GAT CCT AAA AAA TTT GAT TTT AGA AAG TAT TTA AAT AAA GGA AAA AAG CAA GAT GAT GAT AAA AGC TCC TTA TTG AAA ATA GAT AAC TAA ACA TAA AAA TAA GAA GAA GAA GAA ATT AAA TTA GTT AAT AAA AAA TTA AGT AAT TTG AAG AAG TTA GAT AGT TTA TCT GAT GTA GAA AAA TGC GAA AGC GAA GTT GAA AAA GAA GAG GAA ACT TTA AAT CCA TTT AAT TTT GCT TTT TCT AAA AAA AAA TTT AAA AAG ACT TAA CAG GAC TTA ATA TAG ACT TAG TAG ACA AAT TAA ACA GAA TAG GAT TCA AAG CTT TTG GAA AAT GAC TAA AAT TAA TAA CAA TAA AAG TTA TTA AAA AGT GAT TTC TAT CAA AGT TCT GAA ATA AAG TAT TGG CTT GAA GTT TAT GAT GAA AAG AGT TAG CAA TGG ATT TGT TTT GAT GCT GTT TAG AAT GAA ATT TTA GAA AGA TTC TAA ATT TTG TTA AAA TAA AAT AGT ATA CCT GTT TTA TTC ATA GTT GGA TAT AAT AAA TTA GAA TTT AAA AAT GAA AAA TTA AAA GAA TAT GTT CAT AAC AAA AGA TCT ATG AAA AAT TTG TTT TTA TTT GAT ATT ACT GAT ATA CAC TGT GAT AGG TAT CCG AAA ATT TAG GTA AGT AGA AGA GAG TTG AAT TTC GAT TAT TGG TGG AAA AAT CTT CTT TAA CAT GTT TCA TTT CTT GGA AAT CCA GAA TTA CTA TAA GAC GAA TAT AAA CCC TAA GTA ATT AGT GAA AGA GAA ACA AAA ATA TAA ATG TAA AAA TCT TAA ATC CCT TAA TCA TAT CCT GAG TTT AAA GCA AGT GAA ATT TAT ATT ACT AAG TCA ATG CTT TAA AAG TAT TAA GGT TTA CAT CCA AAT GCA TAA AAG ACA AAT CTT ACA TTT AAA GAC GAA GAC GTA TAT TTT AAA GAA TAT GTC GTT GAT TTG CAT GCA AAA ACT AGA TGG AGA TCC TAC TAA AGA TCA GTT AAG CCT GAT GAG AAG CCT GTT AAA TAG GTT CAA TCG ATT TTA GGT AAC AAA AAA ATG GTA GAT TTG TTT GGA TTC TGG TAA ACT GAA GAG TTA GTA TAC AAA ATC AGA GAT GAT GGA ACT CTC CCA AGA AAT GAA TAT GGT AAC TGG GAG ACG TTT GCT GGT GAT CCA CCT GAA GGA ACA GTT TTG ATT GAA ATC TAA GGA TTA CCT AAG TTG CTA AAA AAA CAT AAC ATA GAG TAT GTA GAA GCA GTT TGC GGA TTT GAA TCG ACA GCA TCT GGT AGA TCT CAT GTG GTT AAA AAT GGT ATA CTA GCC CAC AAG AAA GAT GAA GAA AGA ATA AGA TAA ATT TAT TAA GAT AAC TAT GAA ATT ATG AAA GCT CAG TAA GCA GAA AAT CTT AAA AAA GAG CTT ATG GGA TTT TGG AGA AAA ATA TTT AAA GGA GTT TTA CTG AAA AAG AGT ATT TCA GAT AGA TAA AAT AAA ATA AGT ATG TGA >TTHERM_00825460(protein)M D S N E D L D F N D E F E E V D E K Q N E D R I S F G S D D E N N Q Q K Q S D S E D N L Y F D N K I K N N K K Q K N K L E D S Y E D D R M I N E D E N Q D I D F L N A I C N K D E E G Q K N M R E D F L S L I K T A G D D D T I Q K L M Q E R Q Q L G R T E G G R E N P H I I K E Q M I L E K M L A K Q K R Y D E I M Y E K E K L E F L K K T R K I R Q N P E E Y R N F I K C F V L C E I S S T F Y F L Q S H L E D E Y L K A K I I S Q F S L K D L N F L L S M K N Y P E K Y S T R S I I K T V N Y H I Q Q Y F T Y K W K K E Q I E F H K N L D E G I E V G Y S Q M T L I A L I L F E F I G M K V R F S K I V D M R Y L N L D K K H N S R I K E S K R S S N Q S Q E S T H S N Q K R T R E S I V S S V V Q N K R A A R F S D M A S R I T A K I M N Q T Q M I E D Q I D S D Q S D S D D E D Y Q T K K N D K K Q Q Q K E S N D L F D Q M L S N F K F D K K S T N N S S M I S F S N Q K K N Q Q E E D S I V S T A S S T F Q T D P K K F D F R K Y L N K G K K Q D D D K S S L L K I D N Q T Q K Q E E E E I K L V N K K L S N L K K L D S L S D V E K C E S E V E K E E E T L N P F N F A F S K K K F K K T Q Q D L I Q T Q Q T N Q T E Q D S K L L E N D Q N Q Q Q Q K L L K S D F Y Q S S E I K Y W L E V Y D E K S Q Q W I C F D A V Q N E I L E R F Q I L L K Q N S I P V L F I V G Y N K L E F K N E K L K E Y V H N K R S M K N L F L F D I T D I H C D R Y P K I Q V S R R E L N F D Y W W K N L L Q H V S F L G N P E L L Q D E Y K P Q V I S E R E T K I Q M Q K S Q I P Q S Y P E F K A S E I Y I T K S M L Q K Y Q G L H P N A Q K T N L T F K D E D V Y F K E Y V V D L H A K T R W R S Y Q R S V K P D E K P V K Q V Q S I L G N K K M V D L F G F W Q T E E L V Y K I R D D G T L P R N E Y G N W E T F A G D P P E G T V L I E I Q G L P K L L K K H N I E Y V E A V C G F E S T A S G R S H V V K N G I L A H K K D E E R I R Q I Y Q D N Y E I M K A Q Q A E N L K K E L M G F W R K I F K G V L L K K S I S D R Q N K I S M >TTHERM_00825460(gene)ATG GAT TCA AAT GAA GAT CTT GAT TTC AAT GAT GAA TTT GAA GAA GTA GAT GAA AAA TAA AAT GAA GAT AGG ATA AGC TTT GGA TCT GAT GAC GAA AAT AAT TAG TAG AAG TAA TCA GAT TCA GAA GAT AAT CTC TAT TTT GAT AAT AAA ATC AAA AAT AAT AAA AAA TAA AAA AAT AAA TTG GAA GAC AGC TAT GAA GAT GAT AGA ATG ATT AAT GAA GAT GAA AAT TAA GAT ATC GAT TTT TTA AAT GCC ATT TGT AAT AAA GAT GAA GAA GGT TAA AAA AAC ATG AGA GAA GAC TTT TTA AGT TTG ATT AAA ACT GCA GGA GAT GAT GAT ACA ATT CAG AAA TTA ATG TAA GAA AGA CAA CAA TTA GGT AGA ACT GAA GGA GGG AGA GAG AAT CCT CAT ATT ATT AAA GAA TAA ATG ATT CTT GAG AAA ATG CTT GCA AAA CAA AAA AGA TAT GAT GAA ATT ATG TAT GAA AAA GAA AAG CTT GAA TTT CTA AAA AAA ACT AGA AAG ATT CGC TAA AAT CCA GAA GAA TAC AGG AAT TTT ATT AAG TGT TTT GTA TTA TGC GAA ATT TCT TCT ACT TTC TAC TTT CTA TAG TCT CAT TTG GAA GAT GAG TAT TTA AAA GCT AAG ATA ATA TCT TAA TTT TCT TTA AAA GAT TTA AAT TTT TTA CTT TCC ATG AAA AAC TAT CCT GAA AAA TAC TCA ACT AGA AGT ATT ATA AAA ACT GTT AAT TAT CAC ATA TAG CAA TAC TTT ACT TAT AAA TGG AAG AAA GAA TAA ATT GAA TTT CAT AAA AAT TTA GAT GAA GGA ATA GAG GTA GGC TAC TCT TAA ATG ACA TTA ATT GCC TTG ATC TTA TTT GAA TTT ATT GGT ATG AAA GTT AGA TTT TCC AAA ATT GTA GAC ATG AGA TAC CTC AAC CTT GAC AAA AAA CAC AAT TCA AGG ATC AAA GAA AGT AAA AGA AGT TCA AAT TAG TCT TAA GAA TCC ACA CAT AGC AAT TAA AAG CGT ACT AGA GAA TCT ATA GTA AGT AGT GTT GTT TAA AAT AAG AGA GCT GCA CGT TTT TCA GAT ATG GCT TCT AGA ATT ACT GCT AAA ATA ATG AAT TAG GTA TAA TAA TTA GTT AAA TAT TAA AAA AAG GAA TAT TTA TTT AAT TTT TAT AGA CTT AAA TGA TAG AAG ATT AAA TAG ATA GTG ATT AAA GTG ACA GTG ATG ATG AAG ATT ATT AAA CAA AAA AAA ATG ATA AAA AAT AAT AAT AAA AAG AAA GCA ATG ATT TAT TTG ACC AAA TGC TGT CAA ATT TTA AGT TTG ATA AAA AAA GCA CTA ACA ATT CAT CAA TGA TTA GTT TTA GTA ATT AAA AAA AAA ATT AAC AAG AAG AAG ATT CAA TTG TTT CAA CTG CCT CAT CTA CCT TTT AGA CTG ATC CTA AAA AAT TTG ATT TTA GAA AGT ATT TAA ATA AAG GAA AAA AGC AAG ATG ATG ATA AAA GCT CCT TAT TGA AAA TAG ATA ACT AAA CAT AAA AAT AAG AAG AAG AAG AAA TTA AAT TAG TTA ATA AAA AAT TAA GTA ATT TGA AGA AGT TAG ATA GTT TAT CTG ATG GTA AAT TAA AAT TAG ATA ACA TTA AAT TTA TTT TAA TAA TTA AAT TTA ATA GTA GAA AAA TGC GAA AGC GAA GTT GAA AAA GAA GAG GAA ACT TTA AAT CCA TTT AAT TTT GCT TTT TCT AAA AAA AAA TTT AAA AAG ACT TAA CAG GGT AGA TTT TTA ATT ATT TTA ATT TTA ATT AAT TAT GTC ATT TTT TTA AGA CTT AAT ATA GAC TTA GTA GAC AAA TTA AAC AGA ATA GGA TTC AAA GCT TTT GGA AAA TGA CTA AAA TTA ATA ACA ATA AAA GTT ATT AAA AAG TGA TTT CTA TCA AAG TTC TGA AAT AAA GTA TTG GCT TGA AGT TTA TGA TGA AAA GAG TTA GCA ATG GAT TTG TTT TGA TGC TGT TTA GAA TGA AAT TTT AGA AAG ATT CTA AAT TTT GTT AAA ATA AAA TAG TAT ACC TGT TTT ATT CAT AGT TGG ATA TAA TAA ATT AGA ATT TAA AAA TGA AAA ATT AAA AGA ATA TGT TCA TAA CAA AAG ATC TAT GAA AAA TTT GTT TTT ATT TGA TAT TAC TGA TAT ACA CTG TGA TAG GTA TCC GAA AAT TTA GGT AAG TAG AAG AGA GTT GAA TTT CGA TTA TTG GTG GAA AAA TCT TCT TTA ACA TGT TTC ATT TCT TGG AAA TCC AGA ATT ACT ATA AGA CGA ATA TGT AAA ATG TTA TTT ATA ATA AAT TAT ATT ATT TAT TAT ATA AAA AAT AGA AAC CCT AAG TAA TTA GTG AAA GAG AAA CAA AAA TAT AAA TGT AAA AAT CTT AAA TCC CTT AAT CAT ATC CTG AGT TTA AAG CAA GTG AAA TTT ATA TTA CTA AGT CAA TGC TTT AAA AGT ATT AAG GTT TAC ATC CAA ATG CAT AAA AGA CAA ATC TTA CAT TTA AAG ACG AAG ACG TAA GCA ACT ATG CTA TTA ACA TTT ATT ATA ATA AAT TAA TAA AAA AAA GGT ATA TTT TAA AGA ATA TGT CGT TGA TTT GCA TGC AAA AAC TAG ATG GAG ATC CTA CTA AAG ATC AGT TAA GCC TGA TGA GAA GCC TGT TAA ATA GGT TCA ATC GAT TTT AGG TAA CAA AAA AAT GGT AGA TTT GTT TGG ATT CTG GTA AAC TGA AGA GTT AGT ATA CAA AAT CAG AGA TGA TGG AAC TCT CCC AAG AAA TGA ATA TGG TAA CTG GGA GGT AAT TTT AAT TAA AAT TAT TAT AAT TTG TTT GTT TGA TTT AAA TTA AAT AAA AAT AAA ATT TAA TTT AAT TAA ACT CTC TCT TTA AAA TCA AAT TCT TAT TTA GAC GTT TGC TGG TGA TCC ACC TGA AGG AAC AGT TTT GAT TGA AAT CTA AGG ATT ACC TAA GTT GCT AAA AAA ACA TAA CAT AGA GTA TGT AGA AGC AGT TTG CGG ATT TGA ATC GAC AGC ATC TGG TAG ATC TCA TGT GGT TAA AAA TGG TAT ACT AGC CCA CAA GAA AGA TGA AGA AAG AAT AAG ATA AAT TTA TTA AGA TAA CTA TGA AAT TAT GAA AGC TCA GTA AGC AGA AAA TCT TAA AAA AGA GCT TAT GGG ATT TTG GAG AAA AAT ATT TAA AGG AGT TTT ACT GAA AAA GAG TAT TTC AGA TAG ATA AAA TAA AAT AAG TAT GTG A