Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00763040

Standard Name

MSH5 (Homolog of budding yeast MSH5)

Aliases

PreTt03295 | 126.m00093 | 3740.m00020

Description

MutS domain V protein; Meiotic pro-crossover factor along with MSH4; MutS domain V family protein

Genome Browser (Macronucleus)

GBrowse

Genome Browser (Micronucleus)

GBrowse

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF00488 ) MutS domain V
  • ( PF08181 ) DegQ (SacQ) family
  • ( TIGR00634 ) DNA repair protein RecN
  • ( PF02463 ) RecF/RecN/SMC N terminal domain
  • ( TIGR03058 ) chlorosome envelope protein H
  • ( TIGR00611 ) DNA replication and repair protein
  • ( TIGR00075 ) hydrogenase expression/formation protein HypD

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.1%

TetraMine Data

TTHERM_00763040

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Tetrahymena borealisEI9_15991.11.0003391709219401e-98hypothetical protein (920 aa)
WormBaseWBGene000034211.0000422327488734e-24locus:msh-5 MutS protein hom
olog 5 status:Confirmed Un
iProt:Q19272 protein_id:CAA9
8059.2
DictyBaseDDB_G02847476.996829646809514e-23msh5 on chromosome: 4 position
2423376 to 2426473
OxytrichaContig18281.0.g805.0013199114200274e-20MutS domain V
SGDYDL154W2.999758165421992e-18MSH5 Protein of the MutS famil
y, forms a dimer with Msh4p th
at facilitates crossovers betw
een homologs during meiosis; m
sh5-Y823H mutation confers tol
erance to DNA alkylating agent
s; homologs present in C. eleg
ans and humans
Stentor CoeruleusSteCoe_155850.0000000000002543665647376923

General Information

Paragraph NoGene NameParagraph Text
98MSH5Msh5 (together with Msh4) is required for normal chiasma formation
99MSH5The gene model is incorrect. Transcript is annotated as gene_000007168 in TFGD

Associated Literature

  1. Ref:28100637: Shodhan A, Kataoka K, Mochizuki K, Novatchkova M, Loidl J (2017) A Zip3-like protein plays a role in crossover formation in the SC-less meiosis of the protist Tetrahymena. Molecular biology of the cell 28(6):825-833
  2. Ref:25217051: Shodhan A, Lukaszewicz A, Novatchkova M, Loidl J (2014) Msh4 and Msh5 function in SC-independent chiasma formation during the streamlined meiosis of Tetrahymena. Genetics 198(3):983-93

Sequences

>TTHERM_00763040(coding)
ATGTGTTAAATAAGTATATTTTAAGAATAGAATAGTTTAGGTGTTAGTTATTATGATCCT
AAATAAAACAGAATATTCTGTTACTAGATAAATATACTAAATGAGGAAGAACATATATAA
AACCTTTTTTTATAGTTTGATAATATATATGCTCTAATAATACCATTAAATTTTAATGAA
AACTTAGTTTAAAGTGTAATAGAAAAATATTTTTTAACACAAAACAGACATTTGAATATT
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AATTTTGATAAAGATTTAAATTAATCGCTTTAAAATAGCCAAGAAATGACAATCAGTAAA
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TATCTAACTCTTTGCTAATAAATAGACATAGAGTAAAAAAACTTAATAAAATCATTAGGT
GGGTTATTATGCTTCCTGTTCAATAATTAGATTATTAATTTGAATTATTCGTTTTTTGAC
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GAAGGTTTTTCTTTGTTTTTACTATTCTCAAAATTTGTATACACTAAATTAGGACTGATT
AAATTAAAGCACCTATTTTTAACTCCTTCATTTGATTTGAAAACTCTATAATTAAGAAAT
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TTTTTAATATAAAATGAAATACTTAAAAACCGAAAACTTTTAGTATTTCAGAATCTATCA
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GAATAAGATTGCTGTGAAAATTCAAAAGAACAAAAACAGAATGCTTTGAAAAGTGATAAA
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CAATAAATTTTGTTATACAGTGAAGAAATAAATGCAGCTTAAGAATTTATAAGCGATCTA
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ACAAATGATTCTTCATTAGTTTTTTAAGAAATGAGGAATATATTAACAGAAATAACAATA
GGTGAAAAATAATTTATTTCTAACAGTTTTTGTGTTCACAATTTTGCTCAATATATGAAG
AACTAAAAAATATAAACTAATAATTTTTTAGATTCCTAGTTTAGTAATAGATTTACATTT
ATAACAGGTCCTAATTATGCAGGCAAAAGTGTTTTCTTAAAAAGTATCGGAATGATTACC
TATCTTGCTCATATTGGTAGCTTTATTCCTTGCAGATTTGCCAGAATAGGAATGATAGAT
AATATTTTTGTAAATACTTGCTAACATGATTCAGTTCTAAAATTCAATGGAGAGTCAGCA
TAGCAACTTTAATTCATAAACTACATTTTAAACTAAGCTACTAATAGAACTTTAATACTC
ATAGATGAATTCGGAAAAAATTTCAGGCTTAACGATAGTTTAAATTTAAATTACTCCCTA
GTTAAGTGCTTGACAGAAGATACATTCTAAGGTTTAAATGAAAAAATAACTTAAAAATAA
CATCCTTCTTTGTAATAAGAAGATAATGATTAAAACATTTTTTATTAATATTAAACTGAT
AATTCTTAAGTGGAAAATATTGATGAAATAAAATAGTAAAATTTGAGAGGTTTGAATGAG
TTTCAGTTTATACATTAAGACATTTAAAATGTTAATTTAATGGAACAATACAATAAAATT
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AACTATATAATTAGATTTGCATAAATGGAAGTATTAATATAATAAGGAAAAAATGTTTGC
AAACTTAATGAATTAAAGGAGAATATTAATGCTATGCAGAAGATTGTTCATGTATATAAA
CTAAATAAAGGTTTATCCTTAAAAAGTTGCTCCTCATTAGTTGCTAAGAATATTTTCAGA
GATAATGAATATCTTATTCATAGAATTAATGAAATAAATTAATTTATTTTAGAAGGAAAA
TTTTAAGTCTCGCCATAATAAAATGTTGAATAAATTCATCTTGAAAAGGTTTAAAAAGTT
ATAAATATTTTAAATTCTTTGAAAGAGTAATAAATTTAATGA


>TTHERM_00763040(protein)
MCQISIFQEQNSLGVSYYDPKQNRIFCYQINILNEEEHIQNLFLQFDNIYALIIPLNFNE
NLVQSVIEKYFLTQNRHLNIQRVLNCEYNFESCINKILQLNFDKDLNQSLQNSQEMTISK
NQQSISLQCDENFKNRNNKKYLTLCQQIDIEQKNLIKSLGGLLCFLFNNQIINLNYSFFD
IVFLKNINNQIHYNQYTLSYLNIFKEDIHPSMIKGKGQAKEGFSLFLLFSKFVYTKLGLI
KLKHLFLTPSFDLKTLQLRNQSIDFFYSQSGESIKKIKLNLQKCSNIKKVLSKLKQVQMN
FNDWYSFKITLQSTLNIMQLFLIQNEILKNRKLLVFQNLSDYLFQELQKLNSFLEKYLLF
SPKDGEIMIREGIVQELDDLLKIYDNLDEILSYYNSQEIIKLTNNNSNFNSQMMIQYFPQ
LGFFITIQNSNQFNNQVQVDDKVNFSQNKSYQDQQNNYSLEQDCCENSKEQKQNALKSDK
SFYQDGKQLDDDEVEEKQNQSQQNLKRTRSSNSLSSKNQGIENSQNLQQQYCLTNDYSYC
FTLQDALLFKNDLCNQLDLKYGDIQSRIIDIQRDIVREIEQQILLYSEEINAAQEFISDL
DLFFCLYQAAEVYNLRKPKLTNDSSLVFQEMRNILTEITIGEKQFISNSFCVHNFAQYMK
NQKIQTNNFLDSQFSNRFTFITGPNYAGKSVFLKSIGMITYLAHIGSFIPCRFARIGMID
NIFVNTCQHDSVLKFNGESAQQLQFINYILNQATNRTLILIDEFGKNFRLNDSLNLNYSL
VKCLTEDTFQGLNEKITQKQHPSLQQEDNDQNIFYQYQTDNSQVENIDEIKQQNLRGLNE
FQFIHQDIQNVNLMEQYNKIPITLMASHLSQLVNLCGLRENYIIRFAQMEVLIQQGKNVC
KLNELKENINAMQKIVHVYKLNKGLSLKSCSSLVAKNIFRDNEYLIHRINEINQFILEGK
FQVSPQQNVEQIHLEKVQKVINILNSLKEQQIQ


>TTHERM_00763040(gene)
ATGTGTTAAATAAGTATATTTTAAGAATAGAATAGTTTAGGTGTTAGTTATTATGATCCT
AAATAAAACAGAATATTCTGTTACTAGATAAATATACTAAATGAGGAAGAACATATATAA
AACCTTTTTTTATAGTTTGATAATATATATGCTCTAATAATACCATTAAATTTTAATGAA
AACTTAGTTTAAAGTGTAATAGAAAAATATTTTTTAACACAAAACAGACATTTGAATATT
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ATAGTATTTCTTAAAAACATAAATAATTAAATACATTACAATCAATACACTCTAAGTTAT
TTGAATATATTTAAAGAAGACATTCATCCATCAATGATTAAAGGTAAAGGTTAAGCTAAA
GAAGGTTTTTCTTTGTTTTTACTATTCTCAAAATTTGTATACACTAAATTAGGACTGATT
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ATTTTTACATTTTAAATATCATAATACTATTTCGGAATTAGACTTAAATTTATGATAATT
TATTACTTATATTTTAATTAAAATCAAGTTAAGAAATCAGTCAATAGATTTTTTTTATTC
TTAATCTGGAGAAAGCATTAAGAAAATTAAACTCAACCTCTAAAAGTGTTCAAATATTAA
AAAAGTTCTAAGTAAATTGAAATAAGTACAAATGAATTTTAATGATTGGTATAGCTTTAA
AATTACGCTGCAAAGCACATTAAACATAATGTAATTATTTTTAATATAAAATGAAATACT
TAAAAACCGAAAACTTTTAGTATTTCAGAATCTATCAGATTATTTATTTTAAGAACTACA
AAAATTGAATTCTTTTTTAGAAAAATATCTATTGTTCTCACCAAAAGATGGTGAAATTAT
GATAAGAGAAGGTATAGTATAAGAATTAGATGATCTTTTAAAAATATATGATAATTTAGA
TGAAATTTTAAGTTATTATAATAGTTAAGAAATAATTAAACTGACTAATAATAATTCGAA
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AAACTCTAATTAATTCAATAATCAAGTATAGGTCGATGATAAGGTTAACTTCTCTTAAAA
TAAAAGCTATCAGGATCAGGTATAGATATTTTTTTAAAAGTTTATTATATTAAAATTTAT
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AATGCAGCTTAAGAATTTATAAGCGATCTAGATCTTTTTTTTTGTTTGTATCAAGCTGCT
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TTTAATTTTTACAATTAAGTTATTCATAAATTTTAAGTTCCAAATAAATAAGTTATATAA
TTGCAATAAATGTTTACATATTTATAAAATTTACTATCCAATAGATCGGAATGATTACCT
ATCTTGCTCATATTGGTAGCTTTATTCCTTGCAGATTTGCCAGAATAGGAATGATAGATA
ATATTTTTGTAAATACTTGCTAACATGATTCAGTTCTAAAATTCAATGGAGAGTCAGCAT
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TAGATGAATTCGGAAAAAGTAATTTAATCAATAAACTGTATTTAAAACTTATTCTATTTT
GTATAGATTTCAGGCTTAACGATAGTTTAAATTTAAATTACTCCCTAGTTAAGTGCTTGA
CAGAAGATACATTCTAAGGTTTAAATGAAAAAATAACTTAAAAATAACATCCTTCTTTGT
AATAAGAAGATAATGATTAAAACATTTTTTATTAATATTAAACTGATAATTCTTAAGTGG
AAAATATTGATGAAATAAAATAGTAAAATTTGAGAGGTTTGAATGAGTTTCAGTTTATAC
ATTAAGACATTTAAAATGTTAATTTAATGGAACAATACAATAAAATTCCTATCACTCTGA
TGGCAAGCCACTTAAGTTAGCTTGTTAATTTGTGTGGACTGAGAGAAAACTATATAATTA
GATTTGCATAAATGGAAGTATTAATATAATAAGGAAAAAATGTTTGCAAACTTAATGAAT
TAAAGGAGAATATTAATGCTATGCAGAAGATTGTTCATGTATATAAACTAAATAAAGGTT
TATCCTTAAAAAGTTGCTCCTCATTAGTTGCTAAGAATATTTTCAGAGATAATGAATATC
TTATTCATAGAATTAATGAAATAAATTAATTTATTTTAGAAGGAAAATTTTAAGTCTCGC
CATAATAAAATGTTGAATAAATTCATCTTGAAAAGGTTTAAAAAGTTATAAATATTTTAA
ATTCTTTGAAAGAGTAATAAATTTAATGA