Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00728870

Standard Name

CPH1 (homolog of CAP-H, BRN1 condensin gene)

Aliases

PreTt07289 | 118.m00117 | 3739.m00039

Description

condensin subunit, kleisin

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

• ( PF04624 ) Dec-1 repeat
• ( PF05786 ) Barren protein
• ( PF06625 ) Protein of unknown function (DUF1151)

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.2%

TetraMine Data

TTHERM_00728870

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_17942.1	4.999717172196908e-122	hypothetical protein (294 aa)
Oxytricha	Contig18145.0.g34	4.999245259173412e-21	Condensin complex subunit 2
DictyBase	DDB_G0292066	6.998542127613979e-20	ncapH on chromosome: 6 positio n 1141212 to 1144129
SGD	YBL097W	0.0000000006999585478469937	BRN1 Subunit of the condensin complex; required for chromoso me condensation and for cluste ring of tRNA genes at the nucl eolus; may influence multiple aspects of chromosome transmis sion

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:29237819: Howard-Till R, Loidl J (2018) Condensins promote chromosome individualization and segregation during mitosis, meiosis, and amitosis in Tetrahymena thermophila. Molecular biology of the cell 29(4):466-478

Sequences

>TTHERM_00728870(coding)
ATGAATAAAAGTCACAAAGGTGGTAGATTACTTAAGAAAAAAATATTATAAGAAGTATAG
GAAAAAGATGATTATTATGACGACGAAGATTTATTAACTAATGAAGAATTAAAAATGATG
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ATAAACAAAGAAAATGCCTTCGAAATACCTCTTCCAGATGTTAAGAATATGTCTGATTTT
GCAAAGGTAAGCGAAGCTTCTTGGTAGAAATTATCTAGCTCTATCGATTCTGGTTCGAAG
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CTTGTTGCTATACTACACTTGTGCAATGAAAATAATCTGCAATTATATAATAATACCTAA
GATAATTTTCTCATCAAAAGAAATACTATCTAAGAATAACAATTGCAAGAAATGTCTTAA
GATTGA

>TTHERM_00728870(protein)
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FFNQIEKDKTQWMNPIDWKILNQKKNNIMVAEIPQTERNRTKRKNNQKDSEFRFDFFDEQ
EYKIEEVKGKNKKQRSAFKIFDTEITHLQLLSIDYHYKPQWLFKTSYFDLKEIEEQERLA
QQRLQEEEEQYKGFNGDDEYDIINQIDEYTLLGATPFRNTQMEVMNDNYDCTNTQANNNL
SQQNVNTQITSQYEHTQSYPESKNQQRKKQNVRKMKIQELKQRIWINLQDKIQDQVEISY
TDLINQLQLQKQEQASIQSCLVAILHLCNENNLQLYNNTQDNFLIKRNTIQEQQLQEMSQ
D

>TTHERM_00728870(gene)
ATGAATAAAAGTCACAAAGGTGGTAGATTACTTAAGAAAAAAATATTATAAGAAGTATAG
GAAAAAGATGATTATTATGACGACGAAGATTTATTAACTAATGAAGAATTAAAAATGATG
TAAGCAAATGCAAAAAATGCTAAGAATAAGATCTAAATTAGAGTTAAATCAGATAGTTTA
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AATAGAAATGGCATTAATACAAAAAAAATGAACAATTAAACTACTTATAAATCTGATAAA
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TTTTTTTATTTATCAATTCATTCAGCCTTTATTTTTTATATATGGTAATTTAAAAAAAAA
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TTTAAAAATACTTATAATGAATTTAAAAGAGGTAAGCGAAGCTTCTTGGTAGAAATTATC
TAGCTCTATCGATTCTGGTTCGAAGATATATGGATATAGAGTAGATAGCTTGCACTAAGA
ATCATTTAAGATGCTTAGTGGTTTGATTAGATCTGAGTTTATTAACAAAGATGAAGATCA
TCATGGCAAATAAGAGCAAGACAGTGAAGACCTTATTAATAAAGAAAGGGAAAAGATATT
TAAGAAAAATAAAAAGATAAATGAATCTACCATTGAAAAAAATTTATCTAACATTACATT
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TGATGATAGCAGCTCTAAAGGAATTCTTTTAAATAATATAAAGGTAATTTTATTCAGAAT
TCTTTAATACAAATTTTTAAAAATTATTTAGATAGACTCTAATTTAAAATTATTAATTGA
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TTATAGGACAAGATTTAAGACCAAGTTGAGGTAATCCAAACTTTTAATTTAAAATTTAGT
TTCTTATTTTAATAAATTAAAGATATCTTATACTGACTTGATTAATCAGCTTTAACTTCA
AAAGTAAGAATAGGCCTCTATCTAAAGTTGTCTTGTTGCTATACTACACTTGTGCAATGA
AAATAATCTGCAATTATATAATAATACCTAAGATAATTTTCTCATCAAAAGAAATACTAT
CTAAGAATAACAATTGCAAGAAATGTCTTAAGATTGA