Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00728870

Standard Name

CPH1 (homolog of CAP-H, BRN1 condensin gene)

Aliases

PreTt07289 | 118.m00117 | 3739.m00039

Description

condensin subunit, kleisin

Genome Browser (Macronucleus)

GBrowse

Genome Browser (Micronucleus)

GBrowse

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

Gene Expression Profile

  • Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.2%

TetraMine Data

TTHERM_00728870

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

SourceIdentifierScoreDescription
Tetrahymena borealisEI9_17942.14.999717172196908e-122hypothetical protein (294 aa)
OxytrichaContig18145.0.g344.999245259173412e-21Condensin complex subunit 2
DictyBaseDDB_G02920666.998542127613979e-20ncapH on chromosome: 6 positio
n 1141212 to 1144129
SGDYBL097W0.0000000006999585478469937BRN1 Subunit of the condensin
complex; required for chromoso
me condensation and for cluste
ring of tRNA genes at the nucl
eolus; may influence multiple
aspects of chromosome transmis
sion

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:29237819: Howard-Till R, Loidl J (2018) Condensins promote chromosome individualization and segregation during mitosis, meiosis, and amitosis in Tetrahymena thermophila. Molecular biology of the cell 29(4):466-478

Sequences

>TTHERM_00728870(coding)
ATGAATAAAAGTCACAAAGGTGGTAGATTACTTAAGAAAAAAATATTATAAGAAGTATAG
GAAAAAGATGATTATTATGACGACGAAGATTTATTAACTAATGAAGAATTAAAAATGATG
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ATAAACAAAGAAAATGCCTTCGAAATACCTCTTCCAGATGTTAAGAATATGTCTGATTTT
GCAAAGGTAAGCGAAGCTTCTTGGTAGAAATTATCTAGCTCTATCGATTCTGGTTCGAAG
ATATATGGATATAGAGTAGATAGCTTGCACTAAGAATCATTTAAGATGCTTAGTGGTTTG
ATTAGATCTGAGTTTATTAACAAAGATGAAGATCATCATGGCAAATAAGAGCAAGACAGT
GAAGACCTTATTAATAAAGAAAGGGAAAAGATATTTAAGAAAAATAAAAAGATAAATGAA
TCTACCATTGAAAAAAATTTATCTAACATTACATTGAATAAGTATGATATATAGTTTGAA
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GACAGATTATTTTCTTTATAAAATATGGCTATTAGAATGACTTAAATTGGAAGTGGATTA
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TGGCTTTTCAAGACAAGTTATTTTGACTTGAAAGAAATTGAAGAATAAGAAAGACTTGCT
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CTTGTTGCTATACTACACTTGTGCAATGAAAATAATCTGCAATTATATAATAATACCTAA
GATAATTTTCTCATCAAAAGAAATACTATCTAAGAATAACAATTGCAAGAAATGTCTTAA
GATTGA


>TTHERM_00728870(protein)
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LLNNIKIDSNLKLLIDSENFVHNLPQDSSARQSLDKDQQNTPMKKKSDKKKVKGLYKNEK
LSLQNIQIRSDLYELELCSGLENFVGNMLNLEDSNKKFNRTVIEENDEEYQQDNDDLNSH
KKLVDELVMNQNEQELINDIQMILTQTAKKGKTAMKMSQKSILNESQDSAFHQENQIIST
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FFNQIEKDKTQWMNPIDWKILNQKKNNIMVAEIPQTERNRTKRKNNQKDSEFRFDFFDEQ
EYKIEEVKGKNKKQRSAFKIFDTEITHLQLLSIDYHYKPQWLFKTSYFDLKEIEEQERLA
QQRLQEEEEQYKGFNGDDEYDIINQIDEYTLLGATPFRNTQMEVMNDNYDCTNTQANNNL
SQQNVNTQITSQYEHTQSYPESKNQQRKKQNVRKMKIQELKQRIWINLQDKIQDQVEISY
TDLINQLQLQKQEQASIQSCLVAILHLCNENNLQLYNNTQDNFLIKRNTIQEQQLQEMSQ
D


>TTHERM_00728870(gene)
ATGAATAAAAGTCACAAAGGTGGTAGATTACTTAAGAAAAAAATATTATAAGAAGTATAG
GAAAAAGATGATTATTATGACGACGAAGATTTATTAACTAATGAAGAATTAAAAATGATG
TAAGCAAATGCAAAAAATGCTAAGAATAAGATCTAAATTAGAGTTAAATCAGATAGTTTA
TTAAATGAATATTCGTACAAATAAAAAATGTTAGGAAAAACGAATAACTCCTTCTACTAA
AATAGAAATGGCATTAATACAAAAAAAATGAACAATTAAACTACTTATAAATCTGATAAA
TTAATTTTGGATGAAGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAAATGTATTAAGAGAATTAAACGTT
ATTGATGTTAAAGATATTTTAGAAGATGCACGTAGAAAATCAGAAGGTAATAATAACTAG
TAAAAAAAGAACTAAGATGCTCTATGCTTAATATTAGCTCAAATGCTTCTTAAAAATGTA
TTTTTTTATTTATCAATTCATTCAGCCTTTATTTTTTATATATGGTAATTTAAAAAAAAA
AATTAATAGAAAATAAACAAAGAAAATGCCTTCGAAATACCTCTTCCAGATGTTAAGAAT
ATGTCTGATTTTGCAAGTATTTTTTGAAATTATTTTATTTGATTATGTTAAATTAACTCC
TTTAAAAATACTTATAATGAATTTAAAAGAGGTAAGCGAAGCTTCTTGGTAGAAATTATC
TAGCTCTATCGATTCTGGTTCGAAGATATATGGATATAGAGTAGATAGCTTGCACTAAGA
ATCATTTAAGATGCTTAGTGGTTTGATTAGATCTGAGTTTATTAACAAAGATGAAGATCA
TCATGGCAAATAAGAGCAAGACAGTGAAGACCTTATTAATAAAGAAAGGGAAAAGATATT
TAAGAAAAATAAAAAGATAAATGAATCTACCATTGAAAAAAATTTATCTAACATTACATT
GAATAAGTATGATATATAGTTTGAAGTAGATCCTTTATTCTGCAAAACTAGTGAAAAATT
TGATGATAGCAGCTCTAAAGGAATTCTTTTAAATAATATAAAGGTAATTTTATTCAGAAT
TCTTTAATACAAATTTTTAAAAATTATTTAGATAGACTCTAATTTAAAATTATTAATTGA
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TCAAATGATTTTAACTCAAACAGCTAAGAAAGGAAAAACTGCCATGAAAATGAGTTAAAA
GAGCATATTAAACGAATCTCAAGACAGTGCATTTCATTAAGAAAACCAAATTATCTCAAC
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AAGTGAAAAATTAAGATAAAGTTAATTTCTTAATAGTACCAATAATTAAATGGAAGTTAT
TAATGAAGGGATACTCTGTAATGATAACCCATAAGATTATTATTAGTAATGTGATGATGA
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GGACAGATTATTTTCTTTATAAAATATGGCTATTAGAATGACTTAAATTGGAAGTGGATT
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TTATTTTGACTTGAAAGAAATTGAAGAATAAGAAAGACTTGCTTAATAAAGATTGTAAGA
AGAGGAAGAGTAATACAAAGGATTCAATGGTGACGATGAGTATGATATAATAAACTAAAT
TGATGAATATACATTATTAGGAGCAACTCCGTTTAGAAATACCTAAATGGAGGTTATGAA
TGACAATTACGATTGCACTAATACTTAAGCTAATAATAATTTATCTCAATAAAATGTAAA
TACATAGATTACAAGTTAATATGAGCACACTCAAAGTTATCCAGAAAGCAAAAATCAATA
AAGAAAAAGTAAGAAATTTTTTAAGATAAAAGCTTTTTTATATTTCCTTAAAAAAAATAA
ATAGAATAAAATGTTAGAAAAATGAAAATATAAGAACTTAAATAGAGAATTTGGATAAAT
TTATAGGACAAGATTTAAGACCAAGTTGAGGTAATCCAAACTTTTAATTTAAAATTTAGT
TTCTTATTTTAATAAATTAAAGATATCTTATACTGACTTGATTAATCAGCTTTAACTTCA
AAAGTAAGAATAGGCCTCTATCTAAAGTTGTCTTGTTGCTATACTACACTTGTGCAATGA
AAATAATCTGCAATTATATAATAATACCTAAGATAATTTTCTCATCAAAAGAAATACTAT
CTAAGAATAACAATTGCAAGAAATGTCTTAAGATTGA