Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00392760

Standard Name

CPD2 (CAP-D2 homolog)

Aliases

PreTt23504 | 42.m00238 | 3813.m01460 | CPDT2

Description

Condensin subunit; homolog of CAP-D2 or S. cerevisiae YCS4

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

No Data fetched for Gene Ontology Annotations

Domains

No Data fetched for Domains

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.5%

TetraMine Data

TTHERM_00392760

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_11482.1	9.997093137033517e-262	hypothetical protein (1495 aa)
Oxytricha	Contig17170.0.g39	6.996594825025754e-146	non-SMC mitotic condensation c omplex subunit 1
SGD	YLR272C	9.001992589090134e-64	YCS4 Subunit of the condensin complex; required for establis hment and maintenance of chrom osome condensation, chromosome segregation, chromatin bindin g of condensin, tRNA gene clus tering at the nucleolus, and s ilencing at the mating type lo cus
DictyBase	DDB_G0293984	5.000412888119721e-59	ncapD2 on chromosome: 6 positi on 3563765 to 3568484
Stentor Coeruleus	SteCoe_9969	7.095474162284704e-23
WormBase	WBGene00001087	0.000000000003998907168546896	locus:dpy-28 Condensin compl ex subunit 1 status:Confirme d UniProt:Q9U2M1 protein_i d:CAA16340.3

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:29237819: Howard-Till R, Loidl J (2018) Condensins promote chromosome individualization and segregation during mitosis, meiosis, and amitosis in Tetrahymena thermophila. Molecular biology of the cell 29(4):466-478

Sequences

>TTHERM_00392760(coding)
ATGGTTGATTATTTCGTATTTCCTTATACTTACGAAGACATCTTGAAGTCTGCAGACGAG
AGATATTGCGTCAATGCGGAAGAATAGAGGAGAATAAAAAATATGGAAGATAAGAGAATG
AATAGAACCCTGAAAGAATTAGAATCTGCCTTTGTCGAGGACTATACTGAAATAAAGTAG
CACGAAAGATTCGATATACTCTACTTTCTGATCGATAATTTCGGCTCAAAAAATAGTGAA
TCTCCAAATTTAATCAAGTTTAGTCTATCCACAATTGAATAAACAGGAGAATTGCTTCTT
ACATATTTAAATTCGCATTTGAGAAGAGTAAAAGAGGATTGCTAGAATCAGAATATTGCT
CCTGAAGTACTTGCAGATGATAGACATTCTTTGAAAATGATTATATTTTTGACTACCTTC
TTCCTTAGAAACACATGCATAAGACGTATATCAACAATGAAGGAAGATAACAATGACGAA
GCTCATCAAAATAAGAAAGGCAAAAAGAATACAGGTGGAGAAGAAAATTATGATAATCTA
ATTGAAAAGCAAAGAATTTGCATAGATTTGCTATAGAAGACTCTTTAATTAGATCTCAAA
ACTCTTTACCAAAAGAAATCTATTGATGAGGAATTTTATAAATATTATTTGGCTACTGCT
TTAAGATTACTCGAAAGTAAGCCTTTCATTAGGGCAGAAAAGGCTCGTACCAATATATTT
GCTATTATTAGAACTGTCATGAGAGTATTTTCTGAGTATAACAAATAAGAATTGAAGCAA
GTTTAACTTAATTTCATTAATCTTATCTATGAAGACGAAAATTTAGTTCAGCCTATTGCA
GATTTTATAATTGATCTTTATAATGATAAAAATTTAATCTTTTCAAAGGAATTTACTTTC
GATTTGCTACAAATATTGGTCACTTTCTTGCAAGAAAAAACAAGCCCTTCTTCTGAAAAT
ACAGTATTTAAAAATGCTAGAGATTTCTTCTCTATTTTAAGTAACCACTTGCCTAAAATT
TTCATTAACAATTTATCATGCTTCTTGACATTATTTGATTCTGAATCCTATTTAATGCGT
AATACTGTCTGTGAAATTTTGGGAAATATTTTAAAAAATGTGCTTACTGCTTAAAACGAA
GAAGATGAGGAATTCATTTTAAATGAAGAATCAAAGATAAAGTAAAAAGAAAAACTTTTG
GATCGTTTAATTGACAGAGTTTATGATAAGCATGCTTACAGTCGTGCATAAGTCTTAACA
ATATTAGCCGATTTATGCGAGAACAATGCTATCCCACCTCAATTTTTACCATAAATATTA
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TTGATTAGCAGAGTAGTTAATTATTATGTTTATATCTACCAAACCAACAAAGATGGAAAG
TTTATCACAAAAGAATAAGTCATTAAAGAAATCAAAAAGCTTGATATGTAAAATTTATCA
TGTGCAGAATAGCTTGAAAAGATTGAAGAAAGACTCAGAGAAATCACTCAATCTGAAGAC
CCTGCTGAATTGCTTTTACAACAGGATGAAATTGAAAGCTTAACAACCAGACAAAAAAGT
ATAAAAGCTTAGATGGCTTAAATTGCTTAATTATAAAGCAGATATTAGGAATATTAAGAT
TTTTTGCATGCACTTGATATTCTTATCCCTATTTTAATTTAGCTTCTTGGTTCCAAGAGT
GTCTATGATGTTTTAGAAACTATTAGACTTTTGATGTACTTAAAGAAGTATAACATCACA
ACTAGCGAGCTTGGTATTAAGAAAATGATAGTTTTAATTTGGTCAAAGGAAAAAGCTGTC
AAAGAAGAAGTTATGCAAACATATTGGTCTATATACATGAATAATAAAGAACAAAAGCCT
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AGCTTTGAAGAATTGCTCTTAAGCATGATGGACACACATAAGATATCTTAAGAAGAACTT
AAAAGCTAGAATCTTAAGGCCTATCCTATTCAAGATTAGGTTTTTGCTGAAGTTTGGGAA
ATATTCACTAAAAATTTTAGACGTTTATGTGAAGCTGATCCTAACCGTGAAAGAACTGAG
CAAGAAAGTTTAGAATATGAAAAAGAACTTATTTTACAAAAAAAAGAGATGAGAAGTGCT
ATTCAAATTCTTCGTATTATCAGTAGCAGATAAAAGAGCAATTGGAGCATGAAACTTGAA
AGCTTTAAGAACATCCTCAATTACTATAAGAAATTCGTCAATAAAGTTGACTGGGTTATT
GTCAAAGAAATTGCTTGCATTTCAGAATAGGTAAAATCAGAAGATAACAAGGCTATTATT
GAGTCTATTGCTCAAATTTTAACAGTTCTTCTAATCAGGGGTCACGGAACTGAAGATTCT
GAGTGGTTCTTGTCATGTGAACAGATCATCAGATTGACATTTTTAACATTTACAAACCCA
GAAACTATCATAAAATATTTAATTAAAAAAATGAGCCAATTTTTGTTTGAAAAGAAAATT
GCTAATGAAGGTGGTGCTGTTGATGAAGAAGAAGATGAACCTAATTAGAATAAAGATGAC
TTAGAAATGCAGCTTGAGAAAGATAACAAAAAGGATGATGGAGTTTAAAAGCCTCTTACA
AGCAAAGCCTATGAGCATAAGCTAGCTCAAGTCTTGTACGTTGCAGGTAATAGTGCATTA
AAATTCTTGATGCATTGTGATAGAATCGAAGAATATTTGAATAAACGTAGAATAGAAGCT
GAAAACAACAAATAGAAGGAAATGTAAAATGATGCTAATGACAATGAAGATAAAGACATA
GATAAGATCAATGGAGGTTTCGAGGCTGAATTTGAAGAACATCAAAGAACTTTGCATAGT
ATTTAGGATAAACTCATCATCGAGTCTCCAATTTATAGCTACTTCTGTAGTATCGCAACA
AAAATATGTTGGAATATGTTCAATTCACTAAGTTTAGCTCAAAGAAGCGAAGCAGATAAT
ATCAATAATAAATTAAGAAGAAATGTTATTTTGGACAGAGTTGCAATGCTATGTTTAATT
AAATTTATGTGTGTTTCCTCTTAAGTATGTAAGAAAAATCTTGATTTAATTTTCAATATG
TTGGAATCTTAAGCTGATGCAATCGTTAAAACAAATATCTTAATTGGTATTGGTGACCTC
TATCATAGATATCCTATCATACTTGAAAGATACTTACACTTTGTCTACAAGTCACTTTCT
GACAAAGATGTTAGAGTTAGAAAGACCTGCTTGATGGTTATAACTCACTTAGTGCTTAAC
GATATGCTTAAGGTCAAAGCTGAAATCTCCTCTATTGCAATTCTAATTGAAGACTCTGAT
TAGAGAATTCAAAATATGGTTAAGTTATTCTTCCATGAGTTGAATAAGAAAGATCCCAAG
GCTATTTACAATTTGTTGCCTGAATTGATTGGCAGATTATCTACTGAGAATATTAATGAG
TCTATCTTTAATAACTTTTGTGAAAATGTGTTACCACATATCGATAAGGATAAATAAGCA
GAGTCTCTTGTTGATAAACTTTGCTAACGTTTCACTTTAGTTAACACTGAAAAGGAATGG
ATTAATATCTCTCATGCTCTTAAAATGTTCTCGTACAATGAAAAGAGCTTAAAGAAACTA
TTGGAACACTTTGAATCTAAATATAGAGAGAAATTGAATATTCCCATTATTTTAGAAAAC
TTCAAGGCAATAATCTTAAAAACCAAAAAAATGCCTCGTTAATCATAGGAGTAAAAGCAA
TTAATTGATGAACTTGACAGCAAAATATCTAATTTCAAAAAAGAGACTTTTGATGATAAA
AAATACAAGAAAGAGAAGCCTAAACCCAAACAAGCAGCTGGAACTAAAGGAAACTAAGCT
AACAAAGGAGCTGTAGGAAATGCCTAAAAGAAAGGAAAATAAAATGTTTAAGTACCCAAT
CCATAATAATCAAAGAAAGGTTAATAGTAAATGATGGAAATTGAGTCTGATGAAGAAGAA
GAAGCTGTATTTTAACCTAATAGAAGATCTCAACAATAACAACAGCAACAGCTTCGTGGA
GGACCTGGTAAAATTTTAAAATCTAATTTGGAAGAAGTGAAAAATGTTAAGAATGCTTTA
TTAGCAGCCAACCATCCAAATAACTAAAGGAACACCAAATAAAGGGCTGAACCTGAAGAA
ATTGATATTGAAGATGATGATTTTGATGAAGAGGAGGAAGAAGAGTTTGTTGGACATAAC
AGAGGTTAATCTAGCAGAGCTTAATAAAGTAATTAAAGAGCATCATCAAGAAATGTACAG
AGAAAATCGTTGAAAGAAGATTCAGATGATGATGACTTTGATGAGGAGTTTTGA

>TTHERM_00392760(protein)
MVDYFVFPYTYEDILKSADERYCVNAEEQRRIKNMEDKRMNRTLKELESAFVEDYTEIKQ
HERFDILYFLIDNFGSKNSESPNLIKFSLSTIEQTGELLLTYLNSHLRRVKEDCQNQNIA
PEVLADDRHSLKMIIFLTTFFLRNTCIRRISTMKEDNNDEAHQNKKGKKNTGGEENYDNL
IEKQRICIDLLQKTLQLDLKTLYQKKSIDEEFYKYYLATALRLLESKPFIRAEKARTNIF
AIIRTVMRVFSEYNKQELKQVQLNFINLIYEDENLVQPIADFIIDLYNDKNLIFSKEFTF
DLLQILVTFLQEKTSPSSENTVFKNARDFFSILSNHLPKIFINNLSCFLTLFDSESYLMR
NTVCEILGNILKNVLTAQNEEDEEFILNEESKIKQKEKLLDRLIDRVYDKHAYSRAQVLT
ILADLCENNAIPPQFLPQILKAAISRTRDVGAIVRRKALQLISRVVNYYVYIYQTNKDGK
FITKEQVIKEIKKLDMQNLSCAEQLEKIEERLREITQSEDPAELLLQQDEIESLTTRQKS
IKAQMAQIAQLQSRYQEYQDFLHALDILIPILIQLLGSKSVYDVLETIRLLMYLKKYNIT
TSELGIKKMIVLIWSKEKAVKEEVMQTYWSIYMNNKEQKPQRIAKNLINLMIDTNITEAS
SFEELLLSMMDTHKISQEELKSQNLKAYPIQDQVFAEVWEIFTKNFRRLCEADPNRERTE
QESLEYEKELILQKKEMRSAIQILRIISSRQKSNWSMKLESFKNILNYYKKFVNKVDWVI
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ETIIKYLIKKMSQFLFEKKIANEGGAVDEEEDEPNQNKDDLEMQLEKDNKKDDGVQKPLT
SKAYEHKLAQVLYVAGNSALKFLMHCDRIEEYLNKRRIEAENNKQKEMQNDANDNEDKDI
DKINGGFEAEFEEHQRTLHSIQDKLIIESPIYSYFCSIATKICWNMFNSLSLAQRSEADN
INNKLRRNVILDRVAMLCLIKFMCVSSQVCKKNLDLIFNMLESQADAIVKTNILIGIGDL
YHRYPIILERYLHFVYKSLSDKDVRVRKTCLMVITHLVLNDMLKVKAEISSIAILIEDSD
QRIQNMVKLFFHELNKKDPKAIYNLLPELIGRLSTENINESIFNNFCENVLPHIDKDKQA
ESLVDKLCQRFTLVNTEKEWINISHALKMFSYNEKSLKKLLEHFESKYREKLNIPIILEN
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RGQSSRAQQSNQRASSRNVQRKSLKEDSDDDDFDEEF

>TTHERM_00392760(gene)
ATGGTTGATTATTTCGTATTTCCTTATACTTACGAAGACATCTTGAAGTCTGCAGACGAG
AGATATTGCGTCAATGCGGAAGAATAGAGGAGAATAAAAAATATGGAAGATAAGAGAATG
AATAGAACCCTGAAAGAATTAGAATCTGCCTTTGTCGAGGACTATACTGAAATAAAGTAG
CACGAAAGGTAAATTAATAATTGTTATCAAACAAACATCAGCAGTCATTTGCAAATATAA
ATTGAATAAAAATGAAAATTATTTTTAAGGATTAGCAAATATTAACCCTTATTAACGTAT
TTAAATTAGATTCGATATACTCTACTTTCTGATCGATAATTTCGGCTCAAAAAATAGTGA
ATCTCCAAATTTAATCAAGTTTAGTCTATCCACAATTGAATAAACAGGAGAATTGCTTCT
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AGCTCATCAAAATAAGAAAGGTAAGCTTTAAAATGAATGAATCAATTAACTATCAAACAA
AATGGAAATATGGAATTTAAAATAAACTAATAATTAAATAAATCAAAATATTCTATTCAA
ATAAAAATTAATAAATCCCTCTAAATTGATGAAATTTGAAAATTTTATTTGAAATAACAT
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GTAAGCCTTTCATTAGGGCAGAAAAGGCTCGTACCAATATATTTGCTATTATTAGAACTG
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TTAATCTTATCTATGAAGACGAAAATTTAGTTCAGCCTATTGCAGATTTTATAATTGATC
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TTGAAAACGAAATAAGTGATTATTCATTCATTCTATAATAAAAATAATAAGGTATTTAAA
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TTATCATGCTTCTTGACATTATTTGATTCTGAATCCTATTTAATGCGTAATACTGTCTGT
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TTATGCGAGAACAATGCTATCCCACCTCAATTTTTACCATAAATATTAAAAGCTGCTATT
AGCAGAACTAGAGATGTTGGTAAGTAAATTAAAATAAATTATAAATAAATAATATTTAAT
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TGCTGAATTGCTTTTACAACAGGATGAAATTGAAAGCTTAACAACCAGACAAAAAAGTAT
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TGCTGTTGATGAAGAAGAAGATGAACCTAATTAGAATAAAGATGACTTAGAAATGCAGCT
TGAGAAAGATAACAAAAAGGATGATGGAGTTTAAAAGCCTCTTACAAGCAAAGCCTATGA
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GAATATGTTCAATTCACTAAGTTTAGCTCAAAGAAGCGAAGCAGATAATATCAATAATAA
ATTAAGAAGAAATGTTATTTTGGACAGAGTTGCAATGCTATGTTTAATTAAATTTATGTG
TGTTTCCTCTTAAGTATGTAAGAAAAATCTTGATTTAATTTTCAATATGTTGGAATCTTA
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TCCTATCATACTTGAAAGATACTTACACTTTGTCTACAAGTCACTTTCTGACAAAGATGT
TAGAGTTAGAAAGACCTGCTTGATGGTTATAACTCACTTAGTGCTTAACGATATGCTTAA
GGTCAAAGCTGAAATCTCCTCTATTGCAATTCTAATTGAAGACTCTGATTAGAGGTATAT
CTAATATTTTATTTCCATTTAATTTATTTATTTACAATTAAAAATAATTTACCAAGAATT
CAAAATATGGTTAAGTTATTCTTCCATGAGTTGAATAAGAAAGATCCCAAGGCTATTTAC
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AATAACTTTTGTGAAAATGTGTTACCACATATCGATAAGGATAAATAAGCAGAGTCTCTT
GTTGATAAACTTTGCTAACGTTTCACTTTAGTTAACACTGAAAAGGAATGGATTAATATC
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GCTGTAGGAAATGCCTAAAAGAAAGGAAAATAAAATGTTTAAGTACCCAATCCATAATAA
TCAAAGAAAGGTTAATAGTAAATGATGGAAATTGAGTCTGATGAAGAAGAAGAAGCTGTA
TTTTAACCTAATAGAAGATCTCAACAATAACAACAGCAACAGCTTCGTGGAGGACCTGGT
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AACCATCCAAATAACTAAAGGAACACCAAATAAAGGGCTGAACCTGAAGAAATTGATATT
GAAGATGATGATTTTGATGAAGAGGAGGAAGAAGAGTTTGTTGGACATAACAGAGGTTAA
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