Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00488350

Standard Name

COP1 (COat Protein (COP) complex subunit 1)

Aliases

PreTt08338 | 60.m00135

Description

COP1 coatomer subunit beta

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• COPI vesicle coat (IEA) | GO:0030126
• membrane coat (IEA) | GO:0030117

Molecular Function

• structural molecule activity (IEA) | GO:0005198
• protein binding (IEA) | GO:0005515

Biological Process

• vesicle-mediated transport (IEA) | GO:0016192
• intracellular protein transport (IEA) | GO:0006886

Domains

• ( PF03789 ) ELK domain
• ( PF02985 ) HEAT repeat
• ( PF01602 ) Adaptin N terminal region
• ( PF07718 ) Coatamer beta C-terminal region
• ( TIGR00741 ) ribosomal subunit interface protein
• ( PF08385 ) Dynein heavy chain, N-terminal region
• ( PF08752 ) Coatomer gamma subunit appendage domain
• ( TIGR01716 ) transcriptional activator, Rgg/GadR/MutR family, C-terminal

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 9.9%

TetraMine Data

TTHERM_00488350

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_13523.1	9.997093137033517e-262	adaptin N-terminal region fami ly protein (954 aa)
Oxytricha	Contig21140.0.g103	4.999394169176705e-180	Adaptin N terminal region
DictyBase	DDB_G0284735	1.9992336839414155e-150	copB on chromosome: 4 position 2394561 to 2397811
WormBase	WBGene00021292	9.996472444528484e-132	locus:copb-1 Coatomer subuni t beta status:Confirmed Un iProt:Q9TYL9 protein_id:CCD6 1981.1
SGD	YDR238C	9.998919090800975e-129	SEC26 Essential beta-coat prot ein of the COPI coatomer, invo lved in ER-to-Golgi protein tr afficking and maintenance of n ormal ER morphology; shares 43 % sequence identity with mamma lian beta-coat protein (beta-C OP)
Stentor Coeruleus	SteCoe_21807	8.074506789675094e-73

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00488350(coding)
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ATTAGAGCTGAATAAGAGCAGCTCACTCCTTAAGAAATTAAGACTCTTCTTATGGGAAAA
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AAAGGTGTAGTTGTAAGCATAGGATAAAAATATAGGTAATGA

>TTHERM_00488350(protein)
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FDKLTMTIITYLVPYQAENHDLKKILLYYWEIIEKVNKDGKLKDEMILVCNSLRSDLLHP
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NVSYIFPKVVKEVKKTISEENGKEFTKILLDFVEYCVFNFESVLDDVMNLINEVFLTNSG
LKQKTQDQVKRILTGIVTTYPQSRERLMSKLLERFRDISSPYIYNGVLWILGEYSSGEQV
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ARKQSVDASEQQDSQFRIILSQYSYIGSIAARTLLKLVFKIKLDAKKYNKYTSQILLVFC
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KRTDLEQQREEKKDSHIAKQPDDLIVIRALKGKQAEIGDLDLQDEEINQIEFKGVGEDND
FASKLNKLVQLTGYSDPIYAESFVYIHKYDIQFETLLINRTTKPLQKVQIEFFTQENDQK
RVIEKAQAVTLQPNQSAYVKTSLKFTSIDIGVIFGAINYENIAGIEQAYLITKEIDIDLI
DFVYPAEIDFNSYREMWAKYEWENRIVINPQKIEMLQFFLQFKEQFKLYMLNDEEEIKNA
TVICVNFYAKTKLGDDFLINISAESQNGSVTGTIRIRSKVKGVVVSIGQKYRQ

>TTHERM_00488350(gene)
ATGGCATCAGCAAATATATAATAAGCTAGCGAGCACAAAGAACGTTATTGTAGCATTTAT
ATTAGAGCTGAATAAGAGCAGCTCACTCCTTAAGAAATTAAGACTCTTCTTATGGGAAAA
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ATTTATATTAATTAAAACTAAAATTTATTTTAATGTCTAAAAAAGCGAGATGTTATAATT
CTTCCTCTAATTCAAAGAATAATTTAAATTATATATGCTTAACGACGAAGAGGAAATCAA
AAATGCTACAGTAATTTGTGTCAATTTCTATGCTAAGACCAAGCTAGGTAAAAAAATGAT
AAAGAAATAACTTTAAACTAAATTTAAATTATATAATATTAGGTGATGATTTCCTCATAA
ACATCAGCGCAGAGTCTCAAAATGGTTCTGTTACAGGAACAATTAGAATCAGAAGTAAAG
TTAAAGTAATTTTAATAATTTATCTAAATGAAGGTCGTTAACAATATATAATATAAAAAA
AGGGTGTAGTTGTAAGCATAGGATAAAAATATAGGTAATGA