Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00683180

Standard Name

CHL1 (CHromosome Loss 1)

Aliases

PreTt16155 | 103.m00146 | 3734.m00058

Description

DNA repair helicase (rad3); DNA repair helicase; involved in nuclear excision repair; localizes to the micronucleus

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• micronucleus (IDA) | GO:0031040 | Ref:SUPR000143

Molecular Function

• ATP binding (IEA) | GO:0005524
• ATP-dependent DNA helicase activity (IEA) | GO:0004003
• DNA binding (IEA) | GO:0003677

Domains

• ( PF06733 ) DEAD_2
• ( PF03789 ) ELK domain
• ( TIGR00604 ) DNA repair helicase (rad3)
• ( PF02671 ) Paired amphipathic helix repeat
• ( PF07601 ) Protein of unknown function (DUF1562)

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.2%

TetraMine Data

TTHERM_00683180

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_17807.2	9.997093137033517e-262	DNA repair helicase (559 aa)
WormBase	WBGene00010839	4.9995060293141384e-98	locus:chl-1 status:Partially _confirmed UniProt:Q21489 protein_id:CAA88959.2
SGD	YPL008W	1.999022616705709e-90	CHL1 Probable DNA helicase inv olved in sister-chromatid cohe sion and genome integrity; int eracts with ECO1 and CTF18; mu tants are defective in silenci ng, rDNA recombination, aging and the heat shock response; F ANCJ-like helicase family memb er
Oxytricha	Contig5554.0.g99	5.9988196117913e-83	Helicase C-terminal domain
Stentor Coeruleus	SteCoe_25318	2.7487850079102147e-43
DictyBase	DDB_G0286621	6.0018235484001396e-36	fncJ on chromosome: 4 position 4729555 to 4732791

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:SUPR000143

Sequences

>TTHERM_00683180(coding)
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AATCCTTACGATATTTAATTAGAGTTTAGTTTGAACTTGTATGAGTCTTTGAATGTGAAG
AAGCTTTGTATATTTGAAAGTCCTACTGGTACAGGTAAGAGTTTGAGCTTAATTTGTGGC
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AGCTTGCCTGCATGGCTAACGAATATAAATGATATTAATAGAAGTATTTTTTACGAAAAA
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AATCTTTGCTTGAAATTTGATGAATAATCTAAACAATCTTTACAATAAATAGATGATTAT
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TTATCAAGTTGGATTAAAAAAAGAGTAAAGCCAGCTCATTCTTTTGAAAGTACCAAAAAA
AATATTAAAATTTTTTTCGAAAAAAAACAACAACATAAGATTTGA

>TTHERM_00683180(protein)
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NWKEEQGGDAEIDIESMIEDYKKSKSQIRQNNEQDENDNENTTIKIIYASRTHSQIKQFV
QEILKTKFKDMRVITLGSRQNLCLKFDEQSKQSLQQIDDYCQKAIGINKTDKSVPRCEYF
TNLKLLQDDIDYLFLHNIHTLDQMRSESLNNQVCPYYLSKRSVIDAEVICVPYVTLLDEN
MRINSNIDITNSIILFDESHNILESLSGINSVEVTYKRIFQAFVQLLTYYDKFCRRLNPK
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TQETRLGQKIHFFSQSPKYVPSQIPPQVNKSLKDINIQELLKNSPYMVVENVMNFLWKMQ
DSISKSEKYSIIIKNISKIEESSIQLMCLDVIEPLYKVIQESACVVLAGGTMEPLSEFEL
LINQVGKNNFKHFSCGHIIDEENCSVFCVSTLVEQSDKPLIFNYQNKKDDQLFQNSIDII
HQLAQTIPDGLVIFVQSYTFLEKLKSILLENQNLLQQIQQYKKIYMDDKDNSNNTILEKY
QKEINKEKEIGSKKNGAILISVIGGRLSEGINFSDQLARCVVVFGMPYSNIKSAELIEKM
NHYDSISKKNNFSFSGNDYYENLCMKSVNQAIGRSIRHKDDYSVILLIDQRFSQEKNINR
LSSWIKKRVKPAHSFESTKKNIKIFFEKKQQHKI

>TTHERM_00683180(gene)
ATGAACAATAGAAGCACAAATAATGATTTAAAAGACAAAATTAAATAAAGCTTTCCTTAC
AATCCTTACGATATTTAATTAGAGTTTAGTTTGAACTTGTATGAGTCTTTGAATGTGAAG
AAGCTTTGTATATTTGAAAGTCCTACTGGTACAGGTAAGAGTTTGAGCTTAATTTGTGGC
GCGTTTAATTGGTTTAAAGATAACTAAGAAAACTACGATTTGATTAAAGGTTTCAAAGAA
AGGAGAGACAAAATTTTATTAGGAGAAGTCAATATAGATAGTAAAAAAGAAGAATCAAAT
AGCTTGCCTGCATGGCTAACGAATATAAATGATATTAATAGAAGTATTTTTTACGAAAAA
ATTTAAATATAAAAAAATAAATTAGCTTAAAAAGCAAAATCTCTTAAGGAATTTTAGATG
TTCAGAAAAGAAAAAATGAAGTGAATTAATTTTTTTAGAGAAAATATGTCTTAAAAAATA
TTTTTGTTTAATAAATTTTTAGAATAAGATATGAAGAGTACAAAAAAAATATTATCAAAT
AATAAAAGAACAATGAATAAGATAAAAAAGAGCATTAAGATGAAGATGAGTAATACTATG
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ATTACAAGAAATCTAAAAGTCAAATTAGATAAAACAATGAATAAGATGAAAATGATAATG
AAAACACTACTATAAAAATAATTTATGCTAGTAGAACTCATAGTTAGATAAAATAATTTG
TATAAGAAATATTGAAAACGAAATTTAAAGATATGAGAGTTATAACTTTAGGAAGTAGAT
AAAATCTTTGCTTGAAATTTGATGAATAATCTAAACAATCTTTACAATAAATAGATGATT
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AAATAATTACTTTCATTATTTCAAAAAGTAAGTTGGAGATAAAACAAACTATCAATTTAT
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ATATAATTTAATAAAATTAGTGGATGAAATTATTAATAAGTTAACATATAAAAATAAATA
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AAGAGACTAGATTAGGTTAAAAAATACACTTTTTTTCTCAATCTCCTAAATATGTTCCAT
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AATCAATTAAGTTGGAAAGAATAACTTTAAACACTTCTCATGTGGTCACATAATTGATGA
AGAAAATTGTTCTGTATTTTGTGTAAGCACTTTAGTTGAACAGTCTGATAAACCACTGAT
TTTCAATTACCAAAATAAAAAAGATGATTAATTATTTTAAAACTCAATAGATATTATTCA
TTAATTAGCTCAAACAATTCCTGACGGTCTAGTTATTTTTGTATAAAGCTATACGTTTCT
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TAAAAAAATATATATGGACGATAAAGATAATTCAAACAACACAATACTCGAAAAATACTA
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TTATAAAATTTACTTTATAGATCTAACTCTAATTTTTTTTAAAGGGATAAATTTTAGTGA
TTAACTTGCAAGGTGCGTTGTAGTATTTGGAATGCCCTATTCAAATATTAAAAGTGCCGA
ATTAATAGAAAAAATGAATCACTATGATTCCATATCAAAAAAAAATAACTTTAGCTTTAG
TGGAAATGATTATTATGAAAATTTGTGTATGAAATCTGTGAACTAAGCAATTGGCAGGTC
TATAAGACACAAAGATGATTATTCAGTTATACTCTTAATTGATTAGAGATTTTCTCAAGA
AAAAAATATCAATAGATTATCAAGTTGGATTAAAAAAAGAGTAAAGCCAGCTCATTCTTT
TGAAAGTACCAAAAAAAATATTAAAATTTTTTTCGAAAAAAAACAACAACATAAGATTTG
A