Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00049310

Standard Name

CHD3 (Chromo-Helicase-DNA-binding domain 3 )

Aliases

PreTt11310 | 3.m01803 | 3824.m03069

Description

SNF2-related protein; SNF2 family N-terminal domain containing protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

• DNA binding (IEA) | GO:0003677
• nucleic acid binding (IEA) | GO:0003676
• ATP binding (IEA) | GO:0005524
• helicase activity (IEA) | GO:0004386

Domains

No Data fetched for Domains

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 10.9%

TetraMine Data

TTHERM_00049310

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Tetrahymena borealis	EI9_01628.1	9.997093137033517e-262	SNF2 family domain-containing protein (1496 aa)
WormBase	WBGene00000482	1.9995317320402142e-140	locus:chd-3 Chromodomain-hel icase-DNA-binding protein 3 ho molog status:Confirmed Uni Prot:Q22516 protein_id:CAA91 810.1
DictyBase	DDB_G0284171	7.0010636619989215e-130	chdA on chromosome: 4 position 1645755 to 1651739
Oxytricha	Contig16139.0.g36	6.001241942754875e-123	SNF2 family N-terminal domain
SGD	YOR304W	9.99679536751975e-103	ISW2 ATP-dependent DNA translo case involved in chromatin rem odeling; ATPase component that , with Itc1p, forms a complex required for repression of a-s pecific genes, INO1, and early meiotic genes during mitotic growth
Stentor Coeruleus	SteCoe_29714	2.2856936767186716e-49

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:17821280: Harrison JA, Fowler EH (1945) AN ANTIGEN-ANTIBODY REACTION WITH TETRAHYMENA WHICH RESULTS IN DYSTOMY. Science (New York, N.Y.) 102(2638):65-6

Sequences

>TTHERM_00049310(coding)
ATGTAGCGGTATATCAGCATTTTTTATTAAATAAATAATACTAAAGAAGAAGAAAATATA
AACTATAAAAAACAACCGCGAAAGTCCAAATTTACAAATAAAAAAAGAAAGAAAATATAA
ATCAAAGTAATTATCTTAATCATAATAAAAATTAAGCATTTTAAAAGAAATAAAGAAATA
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TTAGTAAGTAAATACTCAGCTGAAGAGCGTATTATTGAAATAGCTACTAGAAAGCTCTTG
TTAGAATCAATTATTATCAATCCTATTAATAAATTCACTAAAGAAGATTTTGAAACTATT
TTAAAGAATGGTACTTATGAAATGTTTAACAAAAATTTAGAAGAAAAGGATTAAGAATTT
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TTCAATTCATATAATTTCGAAACTGTTGATGAACGTCAAAAGCGTAATGATGAAGAAGAA
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GAAAAAGACAAAACTGTCTCAGAAAGTGATGGTGGCGCTGACGAAGTAGTTGAGAATTTT
GCTAAAAAGTAAAACTCTAAAAACAATAATACAGGAGCAGCTAGCAATGCAAATAATTAC
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ATATTAAAATATTTTGATGAAGAAATATATGCTAAATCACACATGAAATTTGCCAACATG
TCTGATATTGATCGTTTCTAGTTTGTACTTAATGGTTTTAATGAGTTCCATAGAATGGAA
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CTTAATTTATAAATATGGTAAATTATTTTCCATAAGTTTGACGAAAAGGAAGACAGAGAT
ATCAATACAATCGATTCCGAACTAGGACAAAAGTACGTTATTAGGAAATTATAGAACAGA
GCTAACAACATGATGAATTTCTTGCTTGATGTAGATGAAGGAAAGAAGGAAGAATGA

>TTHERM_00049310(protein)
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TDKHNINFLSTKDILIIKFKMGTRRRQQAVSNDESSSKQQEVTQRTLRTRTKKLKVVSDS
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ANNMMNFLLDVDEGKKEE

>TTHERM_00049310(gene)
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GACCGTTAAAAAACTATTGACTCTTTTAATTCAAAGGACTCTAAGGCTAAAATCTTCTTA
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TAAAAAATAATACACTGTTGTTGTTTAAAAAGAAGGATTTAAAGAAAAGAAATTTTTCTT
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AGCTCTTTTTTCCTTTATTTTTAAATTAATACA