Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00193800

Standard Name

CHD1 (Chromo-Helicase-DNA-binding domain 1)

Aliases

PreTt06663 | 16.m00319

Description

SNF2-related protein

Genome Browser (Macronucleus)

Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• nucleus (IEA) | GO:0005634
• chromatin (IEA) | GO:0000785

Molecular Function

• DNA binding (IEA) | GO:0003677
• nucleic acid binding (IEA) | GO:0003676
• ATP binding (IEA) | GO:0005524
• helicase activity (IEA) | GO:0004386
• chromatin binding (IEA) | GO:0003682
• hydrolase activity (IEA) | GO:0016787

Biological Process

• chromatin assembly or disassembly (IEA) | GO:0006333

Domains

• ( PF00628 ) PHD-finger
• ( PF00439 ) Bromodomain
• ( PF00320 ) GATA zinc finger
• ( TIGR01612 ) rhoptry protein
• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( PF00176 ) SNF2 family N-terminal domain
• ( TIGR01784 ) conserved hypothetical protein
• ( TIGR00864 ) polycystin cation channel protein
• ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
• ( PF06304 ) Protein of unknown function (DUF1048)
• ( PF07599 ) Protein of unknown function (DUF1563)
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res
• ( PF00385 ) 'chromo' (CHRromatin Organization MOdifier) domain
• ( PF00130 ) Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1

Gene Expression Profile

• Tetrahymena Functional Genomics Database:

Change in Gene Expression

TMHMM

TMHMM

Signal Peptide

Signal Peptide Present?: No
Presense Probability: 27.3%

TetraMine Data

TTHERM_00193800

WebApollo

Fullscreen View

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for StockID

Homologs (v.2006 protein sequences)

Source	Identifier	Score	Description
Stentor Coeruleus	SteCoe_34011	0
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SGD	YER164W	3.998306063536528e-116	CHD1 Nucleosome remodeling fac tor that functions in regulati on of transcription elongation ; contains a chromo domain, a helicase domain and a DNA-bind ing domain; component of both the SAGA and SLIK complexes

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:9115421: Tsukiyama T, Wu C (1997) Chromatin remodeling and transcription. Current opinion in genetics & development 7(2):182-91
2. Ref:17821280: Harrison JA, Fowler EH (1945) AN ANTIGEN-ANTIBODY REACTION WITH TETRAHYMENA WHICH RESULTS IN DYSTOMY. Science (New York, N.Y.) 102(2638):65-6

Sequences

>TTHERM_00193800(coding)
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ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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AAAAATAATTAGATGTCAGGATCTGAGGATTCAATTGAAAATCAAAGTTCATTTGATGAT
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AATTATAATTGGTTGGCAGATGAAGGACTTAATTCTGCAAGCGTTGAAGAGGAACTCTCT
GTATATATTTCTGCAGAAGAAGCTGATGCATTATCTCTTTCAGTTGAGATAGATACCTTA
TATCTTGTGAAATGGAAAAATTTATCTTATCTTGAAAGCACTTGGGAACACGAGAGCATT
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GAAGCTTGGTATAGTAAAAGAAATGTTATTTTAGCTGATGAAATGGGTCTCGGTAAAACT
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AATTTAAATGCTGTTCTTTACTATGACCACTCTGGTTAGGAAGGCCGTAATTGTTGTAGA
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TTCCTCATAAATATTCCCTTTTAATTTATTGTTGTCGATGAAGCTCACAGACTTAAAAAT
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ACAGGTACTCCTATTTAAAATAACACAGAAGAACTATGGACTTTGCTTAATTACATTGAA
CCAAACAAATTTGCAAGTCTTCAAGAATTCAAAGAATAGTTTGGTGAGTTACAAAACAAA
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AAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCTTTAAAGTTTGTGAATTT
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AATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACTTCCATACTAAATATAAA
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ACCTTGCAAGATTTGGATGTTACTAATCCAGAAAATCAGAAATCTAAAAAGAATATTTCC
AATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTCAGATTTAGAATCAGATGAA
TTAGGCGTTGGTTCTGTAAATAACTTCCCATCAGAAAAAAAGACTGGAAGTAAAGACAAA
GAAAAAAGTTCAGAAAATGGTGGCAGCGGAGTAAGTAAAAAAGAAGACCTCTTCAAGAAA
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TCATTCCATAGTGAATGTAAAGAGAGAGTAGAAGCAGGATGGATTAATGAAAATGGTATG
ACAAGCGAAACTAGAATCGTACCTACTGAGGATCATTACGATGAAGAACGTCTTAAAAAA
ATGTTAAATATTAACTATACATGCAAGGATTGTGAAGCAAATACAGCTATCTGCTTTATT
TGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAATAAATAAAATAAGCGTATT
TAATAATAAAAATAAAAAATTATTGCAGAGAAAGAAAAGCAAAAGGACCCATCTAATGAA
ATAGTTGAGGAATCTGAGAATGAATTAGATGAAGATTATGACTTGGTTGAAGATGATTCA
GTATCATAAAAAACAAGTGATTTGACAAAATGCTCAACTGCTAATTGTAATAAATTTTAC
CATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACATTGATTCAAATAATAAACGT
TTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTCTGGAGATTCTATGGCTATT
TCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTGCTTTGAAAAAGCTAAGGTC
CTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCCTCATTAATATTATAAAAAC
ATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAGCTCATCATAATCAAATAAC
AACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAATGTATCTGCTAGTAACACT
AATACTAGATCCAAATCTGGTGCAACAAATAGCAACGATAACATTGTTGATGATACTTAA
CAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAGCACAAATAATAAAACTTCT
TCAAATAATTCATCCTAATAAAATGGTGTTAATTAAGCAAAGGAAGCTCTGGAAAAAGCC
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ATGACTCGTTCTCAAGAAAAAAATATTCAAAATTAACAATCCACAATTAGTTAATTCTTT
GGAAAAAAAGACAATAAACTTAAAGAAAAGTAAGACTAAAAAAATGTAAAATTAGAAGAT
TAAATAAATTAAGAAGGAGATGACTTAAATAACAGTCAAAATAATGGAAACTTAGAAAAC
GGAGAATAAGAATAGACTGTTGCTCCTAAACCTAAAGCTAAAAAGCCTGCTCCTCCCCCT
CCACCACCACCAAAAGAGCGTGAACCTCCTTAATTTTCATATGAAGACTTTAAGATCCCA
TCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGATTGGTGCAGATATTGTGGTGCA
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TATATAGCATGGAATCAAAAGAAGAAGTTGGATTTAAGGGCTTATAAAGAACTACCTACT
AAACCTATAAATCCTGATGACTAAACTGAGCTACATTTTATGAGTAGACTAAAATAAAAG
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GCTTCAAGTTCAGAAAAATAGGAATCAAAAAAAGAAACACCTGCCTCTAACACAAATAAA
AATGAAACAAAGACAGAGGAAGAAGATGGCTAAAAAATAAACAAGGTTTGA

>TTHERM_00193800(protein)
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>TTHERM_00193800(gene)
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ATTAATTTTTTATTAAGAAAAAAAATTAATTAGTGAATTTAAATTTATTAATTTTCTTAC
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ATCGTTTTATCACAAAAAAAACTTACGAGGCTGAAATGTTTGAACGTGCTACTAAAAAGC
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ATGCTGATGATGAAAAAAATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACT
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